More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6400 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6400  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  100 
 
 
297 aa  599  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5161  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  63.14 
 
 
297 aa  355  5e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1523  putative dehydrogenase  64.58 
 
 
297 aa  330  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.041306  normal  0.892116 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0902  putative dehydrogenase  61.43 
 
 
301 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.192068 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1286  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.8 
 
 
297 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.648289  normal  0.934383 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1316  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.59 
 
 
296 aa  246  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.823499  normal  0.0105684 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1953  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.57 
 
 
297 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1977  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.43 
 
 
287 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0142603 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5264  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.14 
 
 
287 aa  235  7e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.764411  normal  0.268691 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6125  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.62 
 
 
264 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1940  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.53 
 
 
297 aa  225  7e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.300274  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3270  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.67 
 
 
298 aa  223  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21180  putative 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  49.43 
 
 
296 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.542348 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1807  putative 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  47.91 
 
 
296 aa  215  7e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3196  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  48.86 
 
 
296 aa  215  8e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00788547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1251  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  48.29 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2076  oxidoreductase  46.92 
 
 
315 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2375  hypothetical protein  47.6 
 
 
312 aa  211  9e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2417  hypothetical protein  47.92 
 
 
295 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1867  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.43 
 
 
287 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0147455 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1143  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.56 
 
 
295 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.200546 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1160  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.61 
 
 
295 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.206524  normal  0.0135112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1177  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  42.21 
 
 
295 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.383553  normal  0.478459 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4274  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  41.87 
 
 
295 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347219  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2316  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  39.09 
 
 
355 aa  203  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.16521 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2523  6-phosphogluconate dehydrogenase  46.74 
 
 
281 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.254793  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3337  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.56 
 
 
297 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1632  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.96 
 
 
303 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1500  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.93 
 
 
299 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.921564  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1933  oxidoreductase protein  38.68 
 
 
290 aa  174  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.508408  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0957  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.31 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0699  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  38.27 
 
 
286 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000621245 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5561  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.24 
 
 
283 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0958  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.81 
 
 
299 aa  171  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.65 
 
 
293 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2119  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.45 
 
 
304 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0276919 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.25 
 
 
309 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4859  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.21 
 
 
297 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748222  normal  0.158599 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3294  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.77 
 
 
286 aa  170  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.738468  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0594  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.76 
 
 
299 aa  169  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.84188  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6412  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.41 
 
 
297 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524368  normal  0.397204 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.28 
 
 
297 aa  168  8e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3379  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.54 
 
 
291 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0410434 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0172  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.31 
 
 
309 aa  167  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.798657  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5035  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.24 
 
 
294 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4513  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.73 
 
 
297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0726743  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6528  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.25 
 
 
297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.186276  normal  0.100696 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1265  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  37.18 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.92382  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  37.41 
 
 
296 aa  166  5e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2821  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  38.11 
 
 
289 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.54 
 
 
294 aa  166  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0693  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  38.68 
 
 
305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.682361  normal  0.0958689 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0261  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  37.06 
 
 
305 aa  165  8e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0646517 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1159  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.44 
 
 
292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.997729  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3339  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  40.77 
 
 
284 aa  163  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384515 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3351  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.7 
 
 
303 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561404  hitchhiker  0.00525216 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.7 
 
 
303 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3990  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  35.29 
 
 
303 aa  160  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0236  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  36.82 
 
 
284 aa  160  2e-38  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.355607  normal  0.156106 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0081  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.49 
 
 
292 aa  160  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.280871 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2389  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  35.27 
 
 
289 aa  159  4e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2429  oxidoreductase protein  35.86 
 
 
298 aa  159  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1570  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.36 
 
 
297 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101448  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3760  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.95 
 
 
293 aa  159  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814396  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.09 
 
 
294 aa  159  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0860064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.71 
 
 
297 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0721878  normal  0.335239 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3956  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.31 
 
 
302 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.11 
 
 
300 aa  159  7e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2693  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.89 
 
 
294 aa  159  7e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2433  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.44 
 
 
295 aa  158  8e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2487  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.07 
 
 
288 aa  158  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3624  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.66 
 
 
297 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4299  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.01 
 
 
297 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2233  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.24 
 
 
294 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1123  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.24 
 
 
299 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.356226 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3102  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.06 
 
 
293 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2771  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.06 
 
 
296 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.489794 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3343  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.26 
 
 
303 aa  156  4e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  37.19 
 
 
296 aa  155  8e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.19 
 
 
296 aa  155  8e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  37.19 
 
 
296 aa  155  8e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  37.19 
 
 
294 aa  155  8e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  37.19 
 
 
294 aa  155  8e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  37.19 
 
 
294 aa  155  8e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6206  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.65 
 
 
293 aa  155  8e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.107985  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  37.19 
 
 
294 aa  155  8e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  37.19 
 
 
296 aa  155  8e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  37.19 
 
 
294 aa  155  8e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43420  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.24 
 
 
296 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.164862  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0210  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  35.38 
 
 
284 aa  154  1e-36  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.866351  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1600  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.06 
 
 
293 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.36162  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0845  tartronate semialdehyde reductase  36.59 
 
 
294 aa  155  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3153  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.33 
 
 
304 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.636013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3831  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.11 
 
 
296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45020  putative oxidoreductase  36.11 
 
 
296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.820061  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.07 
 
 
296 aa  153  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5720  oxidoredutase  39.22 
 
 
290 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132132  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  36.49 
 
 
296 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  36.49 
 
 
296 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3480  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.99 
 
 
304 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>