More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1123 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1123  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  100 
 
 
299 aa  591  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.356226 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3102  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  77.66 
 
 
293 aa  454  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1600  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  77.66 
 
 
293 aa  451  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.36162  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1133  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  73.22 
 
 
301 aa  437  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24797 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0594  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  72.16 
 
 
299 aa  430  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.84188  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0975  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  75.92 
 
 
299 aa  427  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247687  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2369  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  71.92 
 
 
292 aa  421  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3956  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  74 
 
 
302 aa  420  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0958  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  68.73 
 
 
299 aa  416  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3153  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  70.9 
 
 
304 aa  414  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.636013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3480  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  70.57 
 
 
304 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3293  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  69.33 
 
 
306 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1632  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  69.02 
 
 
303 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4563  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.89 
 
 
309 aa  401  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92371  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0957  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  68.24 
 
 
305 aa  401  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3450  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  68.79 
 
 
307 aa  402  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  69.86 
 
 
293 aa  401  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3089  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  68.04 
 
 
297 aa  403  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3283  transmembrane 2-hydroxy-3-oxopropionate reductase oxidoreductase protein  68.9 
 
 
303 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1500  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.67 
 
 
299 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.921564  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1159  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  67.81 
 
 
292 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.997729  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00459  tartronate semialdehyde reductase, NADH-dependent  67.47 
 
 
292 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3103  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  67.47 
 
 
292 aa  396  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3113  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  67.47 
 
 
292 aa  396  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.327741 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1297  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  70.34 
 
 
294 aa  394  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0546  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  67.47 
 
 
292 aa  396  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2462  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  67.79 
 
 
302 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394551  normal  0.60461 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0610  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  67.81 
 
 
292 aa  395  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0552  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  67.47 
 
 
292 aa  395  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2119  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.55 
 
 
304 aa  397  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0276919 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00464  hypothetical protein  67.47 
 
 
292 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4629  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  71.72 
 
 
292 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0195507  hitchhiker  0.00760416 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4497  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  71.72 
 
 
292 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0494062  normal  0.295932 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0583  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  67.12 
 
 
292 aa  394  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1394  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  67.47 
 
 
296 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125188  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5180  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.89 
 
 
297 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.312851  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1903  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.55 
 
 
297 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00006568 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1780  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.78 
 
 
302 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0294223  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1789  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.55 
 
 
297 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1817  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.55 
 
 
297 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6199  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.21 
 
 
297 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0390445  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1880  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.21 
 
 
297 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.109553  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0573  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  64.73 
 
 
292 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1622  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  65.65 
 
 
302 aa  381  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.438237  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0566  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  64.73 
 
 
292 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1777  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  68.73 
 
 
295 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581987  normal  0.552551 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0568  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  64.73 
 
 
292 aa  381  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0627  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  64.73 
 
 
292 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  65.41 
 
 
294 aa  378  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0860064 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2426  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  65.4 
 
 
301 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2171  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  65.05 
 
 
301 aa  375  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2301  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  65.4 
 
 
301 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6528  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  65.28 
 
 
297 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.186276  normal  0.100696 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4859  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.21 
 
 
297 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748222  normal  0.158599 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4299  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.32 
 
 
297 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1570  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.32 
 
 
297 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101448  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6206  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  69.52 
 
 
293 aa  373  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.107985  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2261  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  65.05 
 
 
301 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.35206  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.67 
 
 
297 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0721878  normal  0.335239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3624  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.32 
 
 
297 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0172  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  61.22 
 
 
309 aa  369  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.798657  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  68.15 
 
 
294 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0485372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3379  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  63.07 
 
 
291 aa  362  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0410434 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45020  putative oxidoreductase  63.57 
 
 
296 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.820061  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3831  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  63.57 
 
 
296 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase GcxR  63.1 
 
 
295 aa  353  2e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.902474  normal  0.691773 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2771  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  63.57 
 
 
296 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.489794 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  64.26 
 
 
294 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.167544  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5561  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  61.48 
 
 
283 aa  352  5.9999999999999994e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1596  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  66.9 
 
 
297 aa  350  2e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00205037  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43420  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  62.94 
 
 
296 aa  343  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.164862  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  57.09 
 
 
294 aa  334  1e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  54.12 
 
 
300 aa  301  1e-80  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  50.87 
 
 
296 aa  294  1e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  50.17 
 
 
297 aa  272  5.000000000000001e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1933  oxidoreductase protein  51.56 
 
 
290 aa  269  4e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.508408  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0081  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.9 
 
 
292 aa  268  7e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.280871 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  48.3 
 
 
309 aa  263  2e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  47.81 
 
 
296 aa  263  3e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3295  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  53.12 
 
 
293 aa  256  3e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.168978  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1409  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.64 
 
 
284 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0135816  normal  0.686311 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
296 aa  249  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.24 
 
 
296 aa  249  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
296 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
296 aa  249  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
294 aa  249  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
294 aa  249  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3510  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
296 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.900889  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
294 aa  249  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3546  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
296 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.370176  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  45.24 
 
 
296 aa  249  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3607  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
296 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  0.959534 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
294 aa  249  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
296 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  45.24 
 
 
294 aa  249  3e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0845  tartronate semialdehyde reductase  47.6 
 
 
294 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0811  tartronate semialdehyde reductase  46.23 
 
 
294 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3393  tartronate semialdehyde reductase  47.6 
 
 
294 aa  240  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3340  NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent:6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  50 
 
 
287 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040559 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3553  tartronate semialdehyde reductase  47.6 
 
 
294 aa  236  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>