More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5720 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5720  oxidoredutase  100 
 
 
290 aa  578  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132132  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  54.93 
 
 
303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3760  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  51.56 
 
 
293 aa  260  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.814396  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3742  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  48.77 
 
 
303 aa  255  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3351  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  52.46 
 
 
303 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561404  hitchhiker  0.00525216 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2487  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  50.88 
 
 
288 aa  244  8e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8654  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  49.3 
 
 
295 aa  242  7e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1704  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.65 
 
 
308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542696  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2972  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.4 
 
 
310 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.856928  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0565  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  49.66 
 
 
297 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.340404 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5561  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.24 
 
 
283 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1712  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.68 
 
 
298 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.032164  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43420  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.64 
 
 
296 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.164862  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1500  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.71 
 
 
299 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.921564  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3038  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.69 
 
 
295 aa  208  9e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2771  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.91 
 
 
296 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.489794 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1632  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.75 
 
 
303 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.18 
 
 
296 aa  206  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1159  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.1 
 
 
292 aa  206  4e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.997729  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.56 
 
 
294 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.167544  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3831  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.56 
 
 
296 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.28 
 
 
309 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45020  putative oxidoreductase  42.56 
 
 
296 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.820061  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.18 
 
 
297 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0721878  normal  0.335239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3379  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.72 
 
 
291 aa  202  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0410434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3624  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.87 
 
 
297 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1570  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.52 
 
 
297 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101448  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.14 
 
 
294 aa  202  7e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0860064 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4299  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.18 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1596  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.87 
 
 
297 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00205037  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6898  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  47 
 
 
296 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2369  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.96 
 
 
292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.96 
 
 
300 aa  200  3e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase GcxR  41.43 
 
 
295 aa  199  6e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.902474  normal  0.691773 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6528  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.01 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.186276  normal  0.100696 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2171  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.86 
 
 
301 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3450  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.16 
 
 
307 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0295  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  47 
 
 
280 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1751  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  47.55 
 
 
315 aa  196  5.000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0594  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.86 
 
 
299 aa  196  5.000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.84188  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3456  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  45.74 
 
 
291 aa  195  7e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.236209  normal  0.0188789 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4859  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.01 
 
 
297 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748222  normal  0.158599 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1297  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.75 
 
 
294 aa  195  8.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3293  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.76 
 
 
306 aa  195  9e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  40.28 
 
 
296 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3089  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.61 
 
 
297 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2119  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.76 
 
 
304 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0276919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1409  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.81 
 
 
284 aa  193  2e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0135816  normal  0.686311 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1600  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.91 
 
 
293 aa  193  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.36162  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3102  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.87 
 
 
293 aa  192  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1394  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.01 
 
 
296 aa  192  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125188  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.56 
 
 
294 aa  192  5e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0485372  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0958  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.91 
 
 
299 aa  192  5e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0172  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.86 
 
 
309 aa  192  6e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.798657  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1133  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.66 
 
 
301 aa  191  8e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24797 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3153  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.51 
 
 
304 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.636013 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1789  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.11 
 
 
297 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1780  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.75 
 
 
302 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0294223  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.19 
 
 
297 aa  189  4e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3283  transmembrane 2-hydroxy-3-oxopropionate reductase oxidoreductase protein  42.11 
 
 
303 aa  189  5e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1817  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.75 
 
 
297 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00459  tartronate semialdehyde reductase, NADH-dependent  41.2 
 
 
292 aa  189  7e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3480  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.16 
 
 
304 aa  189  7e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00464  hypothetical protein  41.2 
 
 
292 aa  189  7e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2462  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.4 
 
 
302 aa  188  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394551  normal  0.60461 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3103  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
292 aa  187  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1777  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.36 
 
 
295 aa  187  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581987  normal  0.552551 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0546  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
292 aa  187  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0610  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.01 
 
 
292 aa  187  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3113  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
292 aa  187  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.327741 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0566  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
292 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0573  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
292 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1903  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.75 
 
 
297 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00006568 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2426  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.11 
 
 
301 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0552  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
292 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6199  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.75 
 
 
297 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0390445  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2301  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.11 
 
 
301 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0568  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
292 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1880  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.75 
 
 
297 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.109553  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.46 
 
 
293 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0583  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
292 aa  186  3e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5180  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.4 
 
 
297 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.312851  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0627  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
292 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2261  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.75 
 
 
301 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.35206  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1622  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.35 
 
 
302 aa  185  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.438237  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0245  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.37 
 
 
304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1123  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.96 
 
 
299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.356226 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0975  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.49 
 
 
299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247687  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.21 
 
 
294 aa  182  6e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3956  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.93 
 
 
302 aa  182  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4563  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.48 
 
 
309 aa  180  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92371  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3690  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.52 
 
 
292 aa  176  3e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1265  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.72 
 
 
292 aa  176  5e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0957  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.1 
 
 
305 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6206  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.51 
 
 
293 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.107985  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1933  oxidoreductase protein  38.54 
 
 
290 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.508408  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08160  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.14 
 
 
298 aa  171  2e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1177  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  43.19 
 
 
295 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.383553  normal  0.478459 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3437  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.48 
 
 
292 aa  168  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4629  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.61 
 
 
292 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0195507  hitchhiker  0.00760416 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>