More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3337 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3337  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  100 
 
 
297 aa  593  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6412  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  61.51 
 
 
297 aa  352  4e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524368  normal  0.397204 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4513  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  60.88 
 
 
297 aa  351  8e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0726743  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2433  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  63.95 
 
 
295 aa  339  2.9999999999999998e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5035  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  52.36 
 
 
294 aa  276  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1592  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  57.39 
 
 
294 aa  226  4e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.942864  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3990  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  40.55 
 
 
303 aa  195  7e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3343  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  40.07 
 
 
303 aa  193  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6400  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.62 
 
 
297 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3126  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.7 
 
 
300 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0554322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1143  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
295 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.200546 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4274  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.84 
 
 
295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347219  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21180  putative 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.67 
 
 
296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.542348 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0261  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  39.72 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0646517 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1177  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.79 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.383553  normal  0.478459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1807  putative 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.01 
 
 
296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1160  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  37.33 
 
 
295 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.206524  normal  0.0135112 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3196  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.41 
 
 
296 aa  182  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00788547 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.14 
 
 
300 aa  181  1e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1251  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  36.64 
 
 
298 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.21 
 
 
303 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0518605 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1286  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.65 
 
 
297 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.648289  normal  0.934383 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1316  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.87 
 
 
296 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.823499  normal  0.0105684 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3351  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.51 
 
 
303 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.561404  hitchhiker  0.00525216 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1953  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.16 
 
 
297 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5264  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.27 
 
 
287 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.764411  normal  0.268691 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3270  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.37 
 
 
298 aa  172  9e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1977  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.18 
 
 
287 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0142603 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6125  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.93 
 
 
264 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  35.29 
 
 
296 aa  168  8e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5161  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  39.43 
 
 
297 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2161  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  34.26 
 
 
299 aa  167  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00387864 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0081  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.66 
 
 
292 aa  167  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.280871 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2487  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.48 
 
 
288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3294  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.41 
 
 
286 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.738468  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5347  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding protein  39.86 
 
 
305 aa  166  5e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224641  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5436  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  39.86 
 
 
305 aa  166  5e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.790109 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1704  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.86 
 
 
308 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542696  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  34.48 
 
 
296 aa  165  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.48 
 
 
296 aa  165  8e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  34.48 
 
 
296 aa  165  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  34.48 
 
 
294 aa  165  8e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  34.48 
 
 
294 aa  165  8e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  34.48 
 
 
294 aa  165  8e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  34.48 
 
 
294 aa  165  8e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  34.48 
 
 
296 aa  165  8e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  34.48 
 
 
294 aa  165  8e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5726  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  39.51 
 
 
305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0811  tartronate semialdehyde reductase  36.9 
 
 
294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3379  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.46 
 
 
291 aa  162  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0410434 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2076  oxidoreductase  38.87 
 
 
315 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2369  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.01 
 
 
292 aa  161  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1940  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.16 
 
 
297 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.300274  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  33.79 
 
 
296 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3546  tartronate semialdehyde reductase  33.79 
 
 
296 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.370176  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  33.79 
 
 
296 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0845  tartronate semialdehyde reductase  35.52 
 
 
294 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3510  tartronate semialdehyde reductase  33.79 
 
 
296 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.900889  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3607  tartronate semialdehyde reductase  33.79 
 
 
296 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  0.959534 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2389  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  31.38 
 
 
289 aa  159  4e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2316  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  33.14 
 
 
355 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.16521 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2085  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  34.36 
 
 
308 aa  159  5e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0209  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  31.38 
 
 
294 aa  159  7e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0236  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  35.77 
 
 
284 aa  158  1e-37  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.355607  normal  0.156106 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2626  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  36.3 
 
 
299 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.180751 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3038  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.84 
 
 
295 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.09 
 
 
297 aa  157  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.21 
 
 
309 aa  156  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1265  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  35.77 
 
 
284 aa  157  3e-37  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.92382  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5561  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.04 
 
 
283 aa  156  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3690  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.27 
 
 
292 aa  156  4e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2693  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.93 
 
 
294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08160  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.94 
 
 
298 aa  155  8e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3437  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.01 
 
 
292 aa  155  9e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2233  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.59 
 
 
294 aa  154  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0172  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.8 
 
 
309 aa  154  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.798657  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1523  putative dehydrogenase  39.5 
 
 
297 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.041306  normal  0.892116 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3742  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.3 
 
 
303 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3393  tartronate semialdehyde reductase  35.86 
 
 
294 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1159  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.46 
 
 
292 aa  154  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.997729  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0295  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  38.21 
 
 
280 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2375  hypothetical protein  38.16 
 
 
312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1867  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.91 
 
 
287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0147455 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2972  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.46 
 
 
310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.856928  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6528  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.55 
 
 
297 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.186276  normal  0.100696 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0594  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.13 
 
 
299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.84188  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2417  hypothetical protein  38.16 
 
 
295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3553  tartronate semialdehyde reductase  36.55 
 
 
294 aa  152  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3450  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.92 
 
 
307 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0699  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  34.67 
 
 
286 aa  152  7e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000621245 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2429  oxidoreductase protein  35.29 
 
 
298 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1570  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.48 
 
 
297 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101448  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.28 
 
 
296 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.6 
 
 
294 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3624  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.14 
 
 
297 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3480  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.93 
 
 
304 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3567  tartronate semialdehyde reductase  34.48 
 
 
296 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.795052 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4859  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.93 
 
 
297 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748222  normal  0.158599 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1751  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  38.73 
 
 
315 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.14 
 
 
297 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0721878  normal  0.335239 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>