More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0081 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0081  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  100 
 
 
292 aa  587  1e-167  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.280871 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1933  oxidoreductase protein  56.25 
 
 
290 aa  335  5e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.508408  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  51.03 
 
 
296 aa  298  8e-80  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  51.61 
 
 
300 aa  290  2e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00459  tartronate semialdehyde reductase, NADH-dependent  51.22 
 
 
292 aa  289  4e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00464  hypothetical protein  51.22 
 
 
292 aa  289  4e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3103  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  51.22 
 
 
292 aa  288  6e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0583  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  51.22 
 
 
292 aa  288  6e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0546  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  51.22 
 
 
292 aa  288  6e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3113  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  51.22 
 
 
292 aa  288  6e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.327741 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0552  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  51.22 
 
 
292 aa  287  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0610  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  50.87 
 
 
292 aa  287  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  50.69 
 
 
309 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0573  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.83 
 
 
292 aa  285  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0566  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.83 
 
 
292 aa  285  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0568  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.83 
 
 
292 aa  285  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3379  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  50.51 
 
 
291 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0410434 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0627  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.83 
 
 
292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  50 
 
 
297 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5561  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  48.24 
 
 
283 aa  280  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0594  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.69 
 
 
299 aa  280  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.84188  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3340  NADP oxidoreductase, coenzyme F420-dependent:6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  53.82 
 
 
287 aa  280  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0040559 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4859  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  48.6 
 
 
297 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748222  normal  0.158599 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3295  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  52.43 
 
 
293 aa  279  4e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.168978  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4299  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.5 
 
 
297 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1570  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.5 
 
 
297 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101448  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.5 
 
 
297 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0721878  normal  0.335239 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.8 
 
 
294 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0958  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.83 
 
 
299 aa  273  2.0000000000000002e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1777  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  50.17 
 
 
295 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581987  normal  0.552551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3831  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.9 
 
 
296 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45020  putative oxidoreductase  47.9 
 
 
296 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.820061  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3339  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  48.78 
 
 
284 aa  271  8.000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384515 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase GcxR  48.26 
 
 
295 aa  271  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.902474  normal  0.691773 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0172  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.9 
 
 
309 aa  270  2e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.798657  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3624  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.45 
 
 
297 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  48.77 
 
 
293 aa  269  5e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3343  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  50.35 
 
 
303 aa  268  7e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1133  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.88 
 
 
301 aa  268  8e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24797 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2233  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.37 
 
 
294 aa  267  1e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1596  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.55 
 
 
297 aa  267  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00205037  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2771  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.39 
 
 
296 aa  267  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.489794 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1600  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.02 
 
 
293 aa  267  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.36162  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3990  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  50 
 
 
303 aa  265  8.999999999999999e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2369  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.34 
 
 
292 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3089  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.83 
 
 
297 aa  262  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3102  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.67 
 
 
293 aa  262  4.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1159  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.21 
 
 
292 aa  261  1e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.997729  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3294  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.32 
 
 
286 aa  260  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.738468  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6528  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.77 
 
 
297 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.186276  normal  0.100696 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0693  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  47.86 
 
 
305 aa  259  3e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.682361  normal  0.0958689 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43420  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.5 
 
 
296 aa  259  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.164862  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.5 
 
 
294 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.167544  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2119  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.83 
 
 
304 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0276919 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1123  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.99 
 
 
299 aa  259  3e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.356226 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4563  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.27 
 
 
309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92371  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1409  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.47 
 
 
284 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0135816  normal  0.686311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2693  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.96 
 
 
294 aa  258  9e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2429  oxidoreductase protein  47.22 
 
 
298 aa  258  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1632  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.06 
 
 
303 aa  255  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1500  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.71 
 
 
299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.921564  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0975  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  48.28 
 
 
299 aa  253  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247687  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1297  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.15 
 
 
294 aa  252  6e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1817  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.2 
 
 
297 aa  251  7e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6206  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  48.26 
 
 
293 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.107985  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1789  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.2 
 
 
297 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1394  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.5 
 
 
296 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125188  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2462  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.37 
 
 
302 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394551  normal  0.60461 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0957  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.71 
 
 
305 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0845  tartronate semialdehyde reductase  44.6 
 
 
294 aa  250  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6199  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.55 
 
 
297 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0390445  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1880  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.55 
 
 
297 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.109553  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5180  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.2 
 
 
297 aa  249  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.312851  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1903  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.2 
 
 
297 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00006568 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3956  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.7 
 
 
302 aa  248  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1780  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.13 
 
 
302 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0294223  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3450  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.41 
 
 
307 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2389  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  42.36 
 
 
289 aa  246  4e-64  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1800  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  46.79 
 
 
288 aa  246  4e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1622  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.13 
 
 
302 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.438237  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3510  tartronate semialdehyde reductase  42.51 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.900889  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3607  tartronate semialdehyde reductase  42.51 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  0.959534 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3546  tartronate semialdehyde reductase  42.51 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.370176  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3153  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.58 
 
 
304 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.636013 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  42.51 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  42.51 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0261  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  46.5 
 
 
305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0646517 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  42.86 
 
 
296 aa  243  3e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.86 
 
 
296 aa  243  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  42.86 
 
 
294 aa  243  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  42.86 
 
 
294 aa  243  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  42.86 
 
 
294 aa  243  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.21 
 
 
294 aa  243  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0860064 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  42.86 
 
 
296 aa  243  3e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  42.86 
 
 
294 aa  243  3e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  42.86 
 
 
296 aa  243  3e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  42.86 
 
 
294 aa  243  3e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0811  tartronate semialdehyde reductase  43.55 
 
 
294 aa  241  7e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3480  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.24 
 
 
304 aa  241  7.999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4629  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.18 
 
 
292 aa  241  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0195507  hitchhiker  0.00760416 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>