More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4274 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4274  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  100 
 
 
295 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.347219  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1143  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  98.3 
 
 
295 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.200546 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1177  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  97.96 
 
 
295 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.383553  normal  0.478459 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1160  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  93.88 
 
 
295 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.206524  normal  0.0135112 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1251  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  82.53 
 
 
298 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3196  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  77.89 
 
 
296 aa  462  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00788547 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21180  putative 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  75.77 
 
 
296 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.542348 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1807  putative 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  76.03 
 
 
296 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1953  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.88 
 
 
297 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1316  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.18 
 
 
296 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.823499  normal  0.0105684 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1977  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.07 
 
 
287 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0142603 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5264  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.43 
 
 
287 aa  239  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.764411  normal  0.268691 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1286  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.21 
 
 
297 aa  235  9e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.648289  normal  0.934383 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6125  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.23 
 
 
264 aa  234  9e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3270  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.18 
 
 
298 aa  225  7e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0614086 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.6 
 
 
300 aa  222  7e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1940  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.79 
 
 
297 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.300274  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.96 
 
 
296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1933  oxidoreductase protein  42.31 
 
 
290 aa  212  7e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.508408  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3343  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  40.27 
 
 
303 aa  206  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1704  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.45 
 
 
308 aa  205  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.542696  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6400  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.87 
 
 
297 aa  205  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1867  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.29 
 
 
287 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0147455 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1712  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.98 
 
 
298 aa  202  6e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.032164  normal  0.768061 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2076  oxidoreductase  44.52 
 
 
315 aa  201  8e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2375  hypothetical protein  44.52 
 
 
312 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.870155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2417  hypothetical protein  44.52 
 
 
295 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3990  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  40.27 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0081  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
292 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.280871 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3510  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.900889  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3607  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  0.959534 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3546  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.370176  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2972  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.33 
 
 
310 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.856928  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4513  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.22 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0726743  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0261  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  46.05 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0646517 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.19 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  38.19 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  38.19 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5161  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  44.24 
 
 
297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5035  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.74 
 
 
294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  36.68 
 
 
296 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0594  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.07 
 
 
299 aa  194  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.84188  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5561  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.01 
 
 
283 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8654  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  43.22 
 
 
295 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0845  tartronate semialdehyde reductase  39.79 
 
 
294 aa  192  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1123  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.99 
 
 
299 aa  192  8e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.356226 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0957  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.66 
 
 
305 aa  191  9e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.54 
 
 
297 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0693  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  44.12 
 
 
305 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.682361  normal  0.0958689 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.35 
 
 
309 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3393  tartronate semialdehyde reductase  41.35 
 
 
294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6412  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.5 
 
 
297 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524368  normal  0.397204 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0811  tartronate semialdehyde reductase  38.41 
 
 
294 aa  188  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3379  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.65 
 
 
291 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0410434 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2389  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  36.11 
 
 
289 aa  187  2e-46  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4859  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.97 
 
 
297 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748222  normal  0.158599 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0958  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.33 
 
 
299 aa  186  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4299  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.06 
 
 
297 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.06 
 
 
297 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0721878  normal  0.335239 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2523  6-phosphogluconate dehydrogenase  43.73 
 
 
281 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.254793  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1570  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.06 
 
 
297 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101448  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.35 
 
 
293 aa  185  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0245  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.85 
 
 
304 aa  185  8e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43420  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.58 
 
 
296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.164862  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3624  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.2 
 
 
297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3294  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.93 
 
 
286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.738468  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3690  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.78 
 
 
292 aa  182  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1159  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.63 
 
 
292 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.997729  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3153  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  35.31 
 
 
304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.636013 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1523  putative dehydrogenase  44.48 
 
 
297 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.041306  normal  0.892116 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2693  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.24 
 
 
294 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1297  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.32 
 
 
294 aa  182  8.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3283  transmembrane 2-hydroxy-3-oxopropionate reductase oxidoreductase protein  37.12 
 
 
303 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3553  tartronate semialdehyde reductase  42.26 
 
 
294 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.59 
 
 
294 aa  181  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2927  tartronate semialdehyde reductase  40.54 
 
 
299 aa  180  2e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.378474 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6528  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  39.23 
 
 
297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.186276  normal  0.100696 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3480  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  34.98 
 
 
304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3337  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.84 
 
 
297 aa  179  4.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.456248  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2233  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.55 
 
 
294 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3038  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.76 
 
 
295 aa  179  7e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1600  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.28 
 
 
293 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.36162  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0565  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  40.62 
 
 
297 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.340404 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3102  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.88 
 
 
293 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3567  tartronate semialdehyde reductase  37.15 
 
 
296 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.795052 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0699  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  36.98 
 
 
286 aa  178  1e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000621245 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2429  oxidoreductase protein  37.93 
 
 
298 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1632  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  37.63 
 
 
303 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3456  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  43.28 
 
 
291 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.236209  normal  0.0188789 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3089  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  36.75 
 
 
297 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3437  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  38.69 
 
 
292 aa  177  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1333  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  34.91 
 
 
299 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000839454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>