More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2927 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2927  tartronate semialdehyde reductase  100 
 
 
299 aa  591  1e-168  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.378474 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0845  tartronate semialdehyde reductase  67.92 
 
 
294 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02941  hypothetical protein  65.53 
 
 
296 aa  373  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02990  tartronate semialdehyde reductase  65.53 
 
 
296 aa  373  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0580  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  65.53 
 
 
296 aa  373  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4437  tartronate semialdehyde reductase  65.53 
 
 
294 aa  373  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211957 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3314  tartronate semialdehyde reductase  65.53 
 
 
294 aa  373  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3393  tartronate semialdehyde reductase  66.89 
 
 
294 aa  372  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0575  tartronate semialdehyde reductase  65.53 
 
 
296 aa  373  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3233  tartronate semialdehyde reductase  65.53 
 
 
294 aa  373  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3603  tartronate semialdehyde reductase  65.53 
 
 
294 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3420  tartronate semialdehyde reductase  65.53 
 
 
294 aa  373  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0811  tartronate semialdehyde reductase  66.21 
 
 
294 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3441  tartronate semialdehyde reductase  64.16 
 
 
296 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3607  tartronate semialdehyde reductase  64.16 
 
 
296 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.680577  normal  0.959534 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3510  tartronate semialdehyde reductase  64.16 
 
 
296 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.900889  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3438  tartronate semialdehyde reductase  64.16 
 
 
296 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3546  tartronate semialdehyde reductase  64.16 
 
 
296 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.370176  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1173  tartronate semialdehyde reductase  61.09 
 
 
296 aa  362  5.0000000000000005e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3553  tartronate semialdehyde reductase  67.58 
 
 
294 aa  360  2e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3567  tartronate semialdehyde reductase  63.82 
 
 
296 aa  357  9.999999999999999e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.795052 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1923  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.48 
 
 
296 aa  276  3e-73  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238794  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2614  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  49.48 
 
 
300 aa  271  1e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3990  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  47.6 
 
 
303 aa  264  1e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3343  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  47.26 
 
 
303 aa  262  4.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1714  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.42 
 
 
309 aa  255  8e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.280932  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2852  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.17 
 
 
297 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0134215  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0081  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.95 
 
 
292 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.280871 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.11 
 
 
297 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0721878  normal  0.335239 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1570  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.43 
 
 
297 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101448  normal  0.880113 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5561  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.62 
 
 
283 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4299  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.43 
 
 
297 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3624  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.43 
 
 
297 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4859  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.95 
 
 
297 aa  238  9e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.748222  normal  0.158599 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0594  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.18 
 
 
299 aa  237  2e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.84188  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6528  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.48 
 
 
297 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.186276  normal  0.100696 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0722  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.67 
 
 
296 aa  236  3e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0245  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.71 
 
 
304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1600  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.05 
 
 
293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.36162  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0957  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.85 
 
 
305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1297  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.1 
 
 
294 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0555  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.21 
 
 
299 aa  232  5e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.32 
 
 
294 aa  232  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0860064 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43420  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.39 
 
 
296 aa  232  6e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.164862  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1632  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.81 
 
 
303 aa  231  8.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0699  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  46.32 
 
 
286 aa  231  1e-59  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000621245 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0958  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.49 
 
 
299 aa  231  1e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3831  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.54 
 
 
296 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45020  putative oxidoreductase  43.54 
 
 
296 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.820061  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3089  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.28 
 
 
297 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3437  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.1 
 
 
292 aa  229  5e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1500  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43 
 
 
299 aa  229  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.921564  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2171  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.52 
 
 
301 aa  229  6e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2301  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.52 
 
 
301 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2426  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.52 
 
 
301 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0261  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  43.49 
 
 
305 aa  228  1e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0646517 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1394  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.19 
 
 
296 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.125188  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3379  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.25 
 
 
291 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0410434 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3456  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  47.5 
 
 
291 aa  227  2e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.236209  normal  0.0188789 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3690  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.1 
 
 
292 aa  227  2e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1933  oxidoreductase protein  43.36 
 
 
290 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.508408  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1159  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.02 
 
 
292 aa  226  3e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2261  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.19 
 
 
301 aa  226  3e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.35206  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.4 
 
 
294 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7094  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.52 
 
 
293 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.444897  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2369  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.54 
 
 
292 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4729  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  47.22 
 
 
301 aa  224  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0209  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding  41.81 
 
 
294 aa  224  2e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2161  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase  38.64 
 
 
299 aa  223  3e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00387864 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2310  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.1 
 
 
294 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.167544  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5726  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  45.76 
 
 
305 aa  223  3e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1622  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.24 
 
 
302 aa  222  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.438237  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3102  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43.54 
 
 
293 aa  222  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5347  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding protein  45.42 
 
 
305 aa  221  8e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224641  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5436  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  45.42 
 
 
305 aa  221  8e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.790109 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2771  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.71 
 
 
296 aa  221  8e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.489794 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1596  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.42 
 
 
297 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00205037  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0975  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  45.27 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247687  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1777  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.34 
 
 
295 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581987  normal  0.552551 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6206  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  46.55 
 
 
293 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.107985  normal  0.646779 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4864  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase GcxR  41.84 
 
 
295 aa  219  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.902474  normal  0.691773 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0172  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.23 
 
 
309 aa  219  5e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.798657  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1817  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.19 
 
 
297 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1800  6-phosphogluconate dehydrogenase NAD-binding protein  44.74 
 
 
288 aa  219  6e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0460  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43 
 
 
294 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0485372  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2119  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.86 
 
 
304 aa  217  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0276919 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1789  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.19 
 
 
297 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1133  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.27 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24797 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1123  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  44.72 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.356226 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08160  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  42.56 
 
 
298 aa  216  5e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2462  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.96 
 
 
302 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.394551  normal  0.60461 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3450  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.86 
 
 
307 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3153  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.95 
 
 
304 aa  215  8e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.636013 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1780  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.55 
 
 
302 aa  215  8e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0294223  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1903  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.2 
 
 
297 aa  214  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00006568 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3293  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  41.25 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6199  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.86 
 
 
297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0390445  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1880  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.86 
 
 
297 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.109553  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5180  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  40.53 
 
 
297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.312851  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4563  2-hydroxy-3-oxopropionate reductase  43 
 
 
309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92371  normal  0.386042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>