115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0018 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0018  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 
451 aa  910    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6088  hypothetical protein  61.11 
 
 
479 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5744  hypothetical protein  62.13 
 
 
449 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6108  hypothetical protein  62.13 
 
 
449 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6590  hypothetical protein  61.68 
 
 
449 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.923372  normal  0.0775109 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7580  hypothetical protein  60.45 
 
 
479 aa  488  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298723  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3095  hypothetical protein  44.04 
 
 
440 aa  276  7e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138742  decreased coverage  0.0000000261203 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2444  hypothetical protein  48.66 
 
 
415 aa  271  2e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2043  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  44.71 
 
 
446 aa  268  1e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2145  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.76 
 
 
482 aa  198  1.0000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.082634  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1389  RNA-directed DNA polymerase  43.92 
 
 
632 aa  190  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.297268  normal  0.184717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.42 
 
 
598 aa  188  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0115995  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4096  RNA-directed DNA polymerase  33.84 
 
 
503 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.559536  decreased coverage  0.00132116 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1151  retron-type reverse transcriptase  31.32 
 
 
482 aa  167  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1568  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.21 
 
 
449 aa  164  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.296067 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0160  RNA-directed DNA polymerase  44.96 
 
 
658 aa  158  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.346916  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1015  hypothetical protein  28.01 
 
 
541 aa  136  8e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1363  RNA-directed DNA polymerase  28.65 
 
 
380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00831  retron EC86 RNA-directed DNA polymerase-like protein  29.83 
 
 
320 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00839  hypothetical protein  29.83 
 
 
320 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1181  RNA-directed DNA polymerase  30.92 
 
 
382 aa  127  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.334694  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2352  RNA-directed DNA polymerase  28.43 
 
 
594 aa  127  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3254  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.94 
 
 
364 aa  124  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00964612 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2238  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.05 
 
 
338 aa  124  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.928564  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2277  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.05 
 
 
338 aa  124  3e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0004  RNA-directed DNA polymerase  32.1 
 
 
324 aa  121  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00169574  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5150  RNA-directed DNA polymerase  29.89 
 
 
584 aa  118  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0800  RNA-directed DNA polymerase  26.99 
 
 
377 aa  114  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.725182 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3648  ribonuclease H  28.92 
 
 
563 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.620848  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0934  Ribonuclease H  28.12 
 
 
568 aa  107  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0735383  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1202  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.84 
 
 
343 aa  96.3  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0293  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.17 
 
 
315 aa  80.9  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.127138 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004302  putative reverse transcriptase  27.05 
 
 
321 aa  80.5  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1473  retron reverse transcriptase  27.37 
 
 
323 aa  80.1  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1962  RNA-directed DNA polymerase  24.61 
 
 
323 aa  73.9  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3930  retron reverse transcriptase  23.23 
 
 
393 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.772371  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3418  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.92 
 
 
332 aa  73.6  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.339292  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2611  retron-type reverse transcriptase  28.22 
 
 
383 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2371  reverse transcriptase  20.31 
 
 
316 aa  67.8  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1440  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.45 
 
 
394 aa  66.6  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1397  retron reverse transcriptase  24.77 
 
 
323 aa  65.1  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2428  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.65 
 
 
310 aa  62  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464026  normal  0.0789669 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3598  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  23.23 
 
 
374 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3135  putative reverse transcriptase  24.55 
 
 
236 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4833  hypothetical protein  28.14 
 
 
339 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0502  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.95 
 
 
400 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  31.64 
 
 
461 aa  52.4  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0183  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.43 
 
 
467 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0252  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.43 
 
 
467 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.486482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0645  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.43 
 
 
467 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0867872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1333  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.43 
 
 
467 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0724737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.43 
 
 
467 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2376  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.43 
 
 
467 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3888  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.43 
 
 
467 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.248408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4139  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.43 
 
 
467 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.813307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4251  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.43 
 
 
467 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.90502  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1235  GBSi1, group II intron, maturase  25.6 
 
 
425 aa  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00153428  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1212  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.36 
 
 
455 aa  47  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.835307  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.52 
 
 
475 aa  47  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2660  putative reverse transcriptase-maturase- endonucleas  29.21 
 
 
455 aa  46.6  0.0009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0690  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.57 
 
 
429 aa  45.8  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2250  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.57 
 
 
429 aa  45.8  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.461169  normal  0.551741 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3822  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.57 
 
 
429 aa  45.8  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.424359 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0056  reverse transcriptase  27.06 
 
 
405 aa  45.8  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06379  RNA-directed DNA polymerase  25.08 
 
 
367 aa  45.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0269  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.61 
 
 
429 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0904325 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0791  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.61 
 
 
455 aa  45.8  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.589173  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1723  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.25 
 
 
420 aa  45.1  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2180  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.5 
 
 
434 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00037099  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02426  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  45.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02490  RNA-directed DNA polymerase  25.08 
 
 
430 aa  45.1  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03017  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.7  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03266  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.7  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05916  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.7  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1956  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.61 
 
 
429 aa  45.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00339995  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2008  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.61 
 
 
429 aa  45.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3561  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.61 
 
 
429 aa  45.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.296264  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3727  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.77 
 
 
465 aa  44.3  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00759  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.7  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01811  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.7  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02652  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.7  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02975  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.7  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03030  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.3  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03119  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.7  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03670  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.7  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04800  RNA-directed DNA polymerase  25.72 
 
 
430 aa  44.7  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>