130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5902 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  74.56 
 
 
427 aa  656    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  71.53 
 
 
431 aa  642    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  93 
 
 
431 aa  791    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  72.36 
 
 
429 aa  646    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  74.06 
 
 
426 aa  653    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  70.94 
 
 
435 aa  648    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
433 aa  892    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  90.05 
 
 
431 aa  787    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  72.77 
 
 
422 aa  643    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  73.05 
 
 
420 aa  634  1e-180  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  69.41 
 
 
433 aa  624  1e-178  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  70.87 
 
 
415 aa  625  1e-178  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  69.52 
 
 
429 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  57.72 
 
 
432 aa  522  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  57.38 
 
 
429 aa  519  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  57.24 
 
 
432 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  59.04 
 
 
421 aa  500  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  57.59 
 
 
421 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  57.35 
 
 
421 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  48.02 
 
 
421 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  46 
 
 
435 aa  368  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  35.34 
 
 
428 aa  283  4.0000000000000003e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  35.73 
 
 
398 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  38.73 
 
 
405 aa  278  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  35.19 
 
 
412 aa  277  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  35.22 
 
 
398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  34.97 
 
 
435 aa  273  6e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  35.84 
 
 
396 aa  263  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  33.25 
 
 
423 aa  245  9.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  33 
 
 
427 aa  241  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  31.31 
 
 
437 aa  188  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  31.62 
 
 
406 aa  185  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  30.69 
 
 
389 aa  107  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  30.15 
 
 
392 aa  89.4  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 
369 aa  80.5  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  22.5 
 
 
345 aa  66.2  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.18 
 
 
348 aa  60.5  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.18 
 
 
348 aa  60.5  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 
351 aa  59.3  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4497  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
353 aa  57.4  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4498  extracellular solute-binding protein  24.36 
 
 
352 aa  57.8  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 
355 aa  56.6  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1703  extracellular solute-binding protein family 1  22.95 
 
 
398 aa  55.8  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  25.7 
 
 
360 aa  55.8  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  21.7 
 
 
374 aa  54.7  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0940  ABC putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein PotF  21.11 
 
 
373 aa  54.3  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.147346  normal  0.325606 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2372  extracellular solute-binding protein  22.9 
 
 
367 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.984752  normal  0.0187734 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4664  extracellular solute-binding protein family 1  21.11 
 
 
373 aa  53.9  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.969317  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  20.89 
 
 
360 aa  53.5  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.44 
 
 
360 aa  53.1  0.000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  22.78 
 
 
348 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  21.5 
 
 
348 aa  52.8  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7525  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  21.15 
 
 
372 aa  50.8  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.874813 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2309  extracellular solute-binding protein family 1  23.14 
 
 
366 aa  50.1  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103433  normal  0.0970832 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2276  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  22.39 
 
 
364 aa  49.7  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.327871  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  21.39 
 
 
371 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  21.59 
 
 
362 aa  49.3  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1367  transcription factor jumonji, jmjC  22.89 
 
 
365 aa  48.5  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1950  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.97 
 
 
366 aa  48.5  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.17949  normal  0.9413 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0726  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  21.32 
 
 
409 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0634  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  20.8 
 
 
406 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.820893  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0926  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.22 
 
 
370 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00859  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.22 
 
 
370 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2788  extracellular solute-binding protein family 1  22.22 
 
 
370 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2020  putrescine ABC transport system, binding exported protein  21.32 
 
 
373 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00865  hypothetical protein  22.22 
 
 
370 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2386  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.29 
 
 
369 aa  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0107  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.62 
 
 
356 aa  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.26345  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0957  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.22 
 
 
370 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2742  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.22 
 
 
370 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.602994  normal  0.252845 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1010  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.22 
 
 
370 aa  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.274464  normal  0.285031 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1672  extracellular solute-binding protein  22.02 
 
 
364 aa  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0285778  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2477  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  22.22 
 
 
370 aa  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.996224  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1301  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.62 
 
 
364 aa  47.8  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.803761  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1788  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.62 
 
 
364 aa  47.8  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  19.41 
 
 
364 aa  47  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1704  extracellular solute-binding protein family 1  22.5 
 
 
354 aa  47  0.0007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.11 
 
 
361 aa  46.6  0.0008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0344  extracellular solute-binding protein  21.09 
 
 
346 aa  47  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1058  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  23.62 
 
 
484 aa  46.6  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.363669  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 
343 aa  46.6  0.0009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0281  putative polyamine-binding lipoprotein  21.88 
 
 
412 aa  46.2  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.565719  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2310  putrescine-binding periplasmic protein precursor  22.19 
 
 
364 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5050  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.36 
 
 
364 aa  45.8  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388938  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2123  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  22.19 
 
 
364 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.44987  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2179  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein  22.19 
 
 
364 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0022  extracellular solute-binding protein  21.93 
 
 
417 aa  45.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.68503  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  20.33 
 
 
348 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1767  extracellular solute-binding protein  22.32 
 
 
364 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910155  normal  0.511303 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6181  extracellular solute-binding protein family 1  19.24 
 
 
369 aa  46.2  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  20.33 
 
 
348 aa  45.8  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  20.33 
 
 
348 aa  45.8  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1287  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  20.64 
 
 
355 aa  45.4  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.180605  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  20.33 
 
 
348 aa  45.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4755  extracellular solute-binding protein  21.5 
 
 
350 aa  45.4  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  21.15 
 
 
357 aa  45.4  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  22.88 
 
 
357 aa  45.4  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  20.33 
 
 
348 aa  45.8  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2287  putrescine transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  21.74 
 
 
369 aa  45.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  20.67 
 
 
366 aa  45.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>