50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2380 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2380  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 107 aa  219  9e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0935  XRE family transcriptional regulator  88.79 
 
 		 107 aa  197  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.438859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2260  XRE family transcriptional regulator  98.9 
 
 		 91 aa  185  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.237375  normal  0.775485 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3340  Fis family transcriptional regulator  74.44 
 
 		 115 aa  139  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0220976  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4303  XRE family transcriptional regulator  61.32 
 
 		 106 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1383  hypothetical protein  63.16 
 
 		 102 aa  123  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1883  XRE family transcriptional regulator  63.81 
 
 		 109 aa  123  8.000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.393297  normal  0.613719 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2510  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 109 aa  118  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.782316  normal  0.106202 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 111 aa  97.8  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2814  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 113 aa  93.6  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.500947  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1130  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 109 aa  92.8  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2858  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 111 aa  82.8  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.699702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3843  XRE family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 112 aa  81.6  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0917  XRE family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 109 aa  79.7  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2770  transcriptional regulator, XRE family  44.33 
 
 		 115 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3745  XRE family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 106 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0603031  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2804  XRE family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 117 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3587  XRE family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 105 aa  73.6  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400871  normal  0.443277 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0766  transcriptional regulator, XRE family  38.38 
 
 		 111 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135908  normal  0.0218259 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1046  hypothetical protein  47.5 
 
 		 277 aa  71.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0843  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 112 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.107177  normal  0.529462 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1135  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 		 114 aa  67  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00125994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4350  transcriptional regulator  36.54 
 
 		 116 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.149583  n/a   
 
 
-
 
NC_011723  PCC8801_4541  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 109 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  normal  1  normal  0.800191 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0069  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 112 aa  60.8  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00141281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3690  XRE family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 108 aa  60.5  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7058  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 104 aa  57.8  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0731  hypothetical protein  31.03 
 
 		 111 aa  53.1  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0267154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5524  helix-turn-helix domain-containing protein  39.44 
 
 		 92 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.280888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2925  hypothetical protein  32.63 
 
 		 106 aa  50.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0944333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1024  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 93 aa  50.1  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  30.77 
 
 		 95 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3466  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 90 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1304  hypothetical protein  31.25 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0120517  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1358  helix-turn-helix domain-containing protein  31.4 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4450  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 119 aa  48.9  0.00003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0549  transcriptional regulator, XRE family  31.4 
 
 		 94 aa  47  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  34.33 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  34.33 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0997  hypothetical protein  30.68 
 
 		 100 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.293899 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6342  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 86 aa  44.3  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.112314  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0038  hypothetical protein  29.89 
 
 		 100 aa  43.5  0.0008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.203606  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0795  hypothetical protein  30.14 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3475  hypothetical protein  31.51 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0241764  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_002978  WD0931  hypothetical protein  34.15 
 
 		 91 aa  42.7  0.002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0970466  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1137  hypothetical protein  37.04 
 
 		 100 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.532665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0281  hypothetical protein  27.4 
 
 		 108 aa  40.4  0.008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4385  hypothetical protein  25.53 
 
 		 112 aa  40  0.009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2004  hypothetical protein  29.11 
 
 		 95 aa  40.4  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>