More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1606 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1606  2-nitropropane dioxygenase, NPD  100 
 
 		 366 aa  725    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.433617  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1628  2-nitropropane dioxygenase NPD  98.09 
 
 		 366 aa  709    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.879013 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1549  2-nitropropane dioxygenase NPD  89.07 
 
 		 366 aa  617  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.486705  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4869  2-nitropropane dioxygenase, NPD  91.53 
 
 		 366 aa  615  1e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.171146 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4144  2-nitropropane dioxygenase NPD  75.76 
 
 		 366 aa  486  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  70.08 
 
 		 376 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.241888  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7097  2-nitropropane dioxygenase NPD  69.7 
 
 		 366 aa  427  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3136  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.76 
 
 		 351 aa  402  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.278577  normal  0.604759 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0279  2-nitropropane dioxygenase NPD  60.11 
 
 		 357 aa  382  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6745  2-nitropropane dioxygenase NPD  61.89 
 
 		 367 aa  381  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.566568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0896  hypothetical protein  58.4 
 
 		 351 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09580  hypothetical protein  57.83 
 
 		 351 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3310  2-nitropropane dioxygenase, NPD  59.88 
 
 		 350 aa  366  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1318  2-nitropropane dioxygenase NPD  63.14 
 
 		 354 aa  358  5e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1176  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.14 
 
 		 348 aa  340  2e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2459  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.24 
 
 		 353 aa  340  2e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.36207 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8522  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.3 
 
 		 351 aa  332  6e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3785  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.73 
 
 		 359 aa  298  8e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.109724  hitchhiker  0.000233096 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0471  dioxygenase  44.87 
 
 		 359 aa  251  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0476  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.57 
 
 		 353 aa  250  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3814  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.93 
 
 		 349 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2942  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.81 
 
 		 350 aa  249  6e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0445  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.93 
 
 		 349 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4010  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.22 
 
 		 349 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3888  2-nitropropane dioxygenase NPD  44.15 
 
 		 349 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3371  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.35 
 
 		 354 aa  245  9e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.940632  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3247  dioxygenase  46.59 
 
 		 352 aa  245  9e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0319665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.7 
 
 		 353 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2774  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.45 
 
 		 344 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0562  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.9 
 
 		 378 aa  243  3e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000315665 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1908  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.23 
 
 		 350 aa  243  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.430969  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4714  putative 2-nitropropane dioxygenase  42.42 
 
 		 358 aa  242  6e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0474  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.4 
 
 		 353 aa  241  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000711  enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FMN)  40.4 
 
 		 356 aa  238  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00491947  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.01 
 
 		 363 aa  233  3e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3007  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.62 
 
 		 353 aa  232  8.000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  38.94 
 
 		 364 aa  232  1e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.89 
 
 		 353 aa  230  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.917216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  38.38 
 
 		 365 aa  229  5e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4565  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.74 
 
 		 381 aa  229  7e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.190968 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4574  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.17 
 
 		 360 aa  229  8e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  38.1 
 
 		 364 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  38.38 
 
 		 364 aa  228  9e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  38.1 
 
 		 364 aa  228  9e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.38 
 
 		 378 aa  228  9e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4738  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.06 
 
 		 350 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.217628  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  38.1 
 
 		 364 aa  227  3e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  38.53 
 
 		 364 aa  227  3e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3542  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.56 
 
 		 361 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0130805 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3196  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.62 
 
 		 358 aa  226  6e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  37.96 
 
 		 363 aa  225  8e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3902  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.27 
 
 		 346 aa  225  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.721372  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5538  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.41 
 
 		 364 aa  224  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485511  normal  0.0535988 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5278  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.64 
 
 		 350 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  38.24 
 
 		 363 aa  224  3e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3305  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.45 
 
 		 352 aa  220  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2091  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.6 
 
 		 362 aa  219  5e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1015  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.78 
 
 		 367 aa  219  7e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6840  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.72 
 
 		 361 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437449  normal  0.0843125 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3827  hypothetical protein  42.9 
 
 		 361 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3082  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.08 
 
 		 354 aa  216  5e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926981  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6375  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.64 
 
 		 353 aa  216  5.9999999999999996e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2755  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.3 
 
 		 359 aa  215  9e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0669905  normal  0.0255247 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0271  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.85 
 
 		 365 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1943  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.24 
 
 		 361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2147  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.98 
 
 		 354 aa  213  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2656  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.13 
 
 		 352 aa  212  7e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0351221 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4822  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.72 
 
 		 356 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3745  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.72 
 
 		 356 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2259  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.11 
 
 		 371 aa  212  9e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.392208 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4328  putative 2-nitropropane dioxygenase  43.54 
 
 		 368 aa  212  9e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1140  hypothetical protein  41.19 
 
 		 355 aa  211  1e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0392  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.63 
 
 		 366 aa  209  5e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5205  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.35 
 
 		 350 aa  209  6e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.512596  normal  0.256944 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2972  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  38.01 
 
 		 359 aa  209  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24605  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3522  2-nitropropane dioxygenase NPD  41.87 
 
 		 358 aa  209  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0118514  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0781  2-nitropropane dioxygenase, NPD  42.98 
 
 		 382 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267134  normal  0.0688656 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.17 
 
 		 358 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.769638  normal  0.0464074 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0817  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.93 
 
 		 356 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0207  2-nitropropane dioxygenase NPD  45.58 
 
 		 356 aa  206  7e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.78 
 
 		 348 aa  205  9e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0127053 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1135  hypothetical protein  41.04 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.47 
 
 		 355 aa  204  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3019  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.64 
 
 		 358 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2278  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.47 
 
 		 356 aa  204  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0823525  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.47 
 
 		 355 aa  204  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2734  putative oxidoreductase protein  38.95 
 
 		 348 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1878  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.36 
 
 		 361 aa  200  3e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.842086 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3992  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.77 
 
 		 361 aa  199  7e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4343  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.52 
 
 		 354 aa  199  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  hitchhiker  0.000436527 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2392  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.06 
 
 		 363 aa  198  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895701 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5374  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.77 
 
 		 356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.143868  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3454  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.06 
 
 		 356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.06 
 
 		 356 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.688478 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0014  2-nitropropane dioxygenase protein  39.39 
 
 		 347 aa  197  3e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.859986  hitchhiker  0.00286829 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2684  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.43 
 
 		 344 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0188  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.81 
 
 		 354 aa  195  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05464  oxidoreductase protein  41.21 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.103651 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0024  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.24 
 
 		 351 aa  191  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00178014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3501  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.92 
 
 		 356 aa  190  4e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>