More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_1638 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
235 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.02 
 
 
235 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4885  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.91 
 
 
235 aa  430  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155643  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5126  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.69 
 
 
236 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.85 
 
 
236 aa  366  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.235673  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.85 
 
 
236 aa  363  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.42 
 
 
236 aa  362  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.330644  normal  0.646383 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.03 
 
 
236 aa  349  3e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281414  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0302  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.8 
 
 
236 aa  340  9e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186456  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.09 
 
 
236 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.823656 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.8 
 
 
236 aa  332  3e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.96 
 
 
237 aa  325  5e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.95 
 
 
236 aa  321  7e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206698  normal  0.50217 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.95 
 
 
236 aa  319  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.52 
 
 
236 aa  317  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.81 
 
 
237 aa  313  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.09 
 
 
236 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.345333 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.95 
 
 
237 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.138862 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
241 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.183827 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.37 
 
 
241 aa  226  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
241 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.682168  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.08 
 
 
241 aa  222  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0818645 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  45.45 
 
 
243 aa  207  9e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
247 aa  205  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
246 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3225  bacilysin biosynthesis oxidoreductase BacC  44.77 
 
 
242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.21 
 
 
244 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.977766  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
244 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.626733  normal  0.253561 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3892  putative oxidoreductase  43.8 
 
 
244 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.300054  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
248 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
253 aa  162  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
256 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
244 aa  157  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
257 aa  151  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
244 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202963  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
252 aa  137  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
260 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
255 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185948  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.88 
 
 
258 aa  131  7.999999999999999e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1438  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.66 
 
 
245 aa  129  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.47 
 
 
258 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
256 aa  129  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.73 
 
 
244 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.05 
 
 
239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
263 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
262 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
260 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0123  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0201969  normal  0.963829 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
253 aa  126  3e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
251 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  35.89 
 
 
251 aa  125  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
261 aa  125  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
253 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
248 aa  125  7e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
262 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
274 aa  124  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5032  gluconate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 
252 aa  125  8.000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  32.79 
 
 
256 aa  124  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3466  glucose 1-dehydrogenase  33.47 
 
 
247 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0764776  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.64 
 
 
247 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
252 aa  124  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
254 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1783  glucose 1-dehydrogenase  33.06 
 
 
247 aa  124  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.88349  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
249 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
262 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.89 
 
 
244 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
262 aa  123  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
269 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  35.83 
 
 
254 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
254 aa  122  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.88 
 
 
246 aa  122  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
248 aa  122  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.88 
 
 
246 aa  122  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.4 
 
 
249 aa  122  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
246 aa  122  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
253 aa  122  7e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1874  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.37 
 
 
245 aa  121  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00756891  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.43 
 
 
245 aa  121  9e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
252 aa  121  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.06 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
287 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
265 aa  120  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.27 
 
 
249 aa  120  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.2 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  33.99 
 
 
269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.264326 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.06 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.42 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  34.14 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
262 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
233 aa  119  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>