More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5537 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
241 aa  487  1e-137  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.06 
 
 
241 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.183827 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.07 
 
 
241 aa  335  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0818645 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.83 
 
 
241 aa  329  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.682168  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.74 
 
 
237 aa  238  9e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.16 
 
 
237 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.138862 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
237 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.42 
 
 
236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.345333 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5126  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
236 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
236 aa  228  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4885  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.37 
 
 
235 aa  228  8e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155643  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.37 
 
 
235 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0302  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
236 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186456  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
246 aa  223  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  46.31 
 
 
243 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.7 
 
 
235 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.76 
 
 
236 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
236 aa  215  4e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.76 
 
 
236 aa  215  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.330644  normal  0.646383 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3225  bacilysin biosynthesis oxidoreductase BacC  45.68 
 
 
242 aa  214  8e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.03 
 
 
236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.235673  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.03 
 
 
236 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281414  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 
236 aa  208  8e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.823656 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.73 
 
 
236 aa  202  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
247 aa  200  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206698  normal  0.50217 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
248 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3892  putative oxidoreductase  44.03 
 
 
244 aa  194  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.300054  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
244 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.977766  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
244 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.626733  normal  0.253561 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.32 
 
 
244 aa  164  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
253 aa  160  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
244 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202963  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
256 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.86 
 
 
257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
260 aa  123  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
255 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  32.54 
 
 
265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2748  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.6 
 
 
250 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
262 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
262 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2932  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
250 aa  118  7e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.13 
 
 
263 aa  118  7e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2840  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
250 aa  118  7e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
261 aa  117  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
262 aa  116  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
267 aa  116  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.239754  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
260 aa  115  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
253 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  32.69 
 
 
269 aa  115  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
249 aa  115  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
254 aa  115  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
252 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0824  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.88 
 
 
243 aa  114  8.999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
262 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1589  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.65 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.511722  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2737  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.79 
 
 
249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.277769  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.59 
 
 
272 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.287432  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
245 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
245 aa  113  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.795595  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
257 aa  113  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.34 
 
 
266 aa  113  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_34089  predicted protein  32.39 
 
 
268 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1561  short chain dehydrogenase  32.78 
 
 
516 aa  112  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.636243  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
248 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
257 aa  112  7.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.522598  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
250 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  32.66 
 
 
257 aa  111  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.728081  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7123  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
269 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0408  glucose-1-dehydrogenase  32.54 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2807  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.87 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.422647 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  32.1 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  30.65 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1384  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.981738  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.598625  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
260 aa  109  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4547  glucose-1-dehydrogenase  32.14 
 
 
261 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
261 aa  109  3e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.499955 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.5 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4852  glucose-1-dehydrogenase  31.35 
 
 
261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>