More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6486 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  601  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  62.59 
 
 		 296 aa  364  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6203  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 298 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  57.68 
 
 		 296 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  55.24 
 
 		 323 aa  293  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  53.98 
 
 		 298 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  51.22 
 
 		 297 aa  293  3e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  53.98 
 
 		 298 aa  293  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 299 aa  291  8e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  53.72 
 
 		 335 aa  286  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 295 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 302 aa  281  9e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 302 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 302 aa  279  3e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 302 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 302 aa  278  8e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  51.21 
 
 		 302 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 300 aa  275  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  53.21 
 
 		 309 aa  275  6e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.11 
 
 		 299 aa  269  5e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  48.75 
 
 		 299 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 		 294 aa  245  8e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2500  transcriptional regulator, LysR family  47.22 
 
 		 297 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5767  LysR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 275 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2391  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 297 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0830106  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0036  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 318 aa  207  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 316 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  41.18 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  37.54 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  37.54 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  37.54 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  37.54 
 
 		 301 aa  192  6e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 297 aa  192  7e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.63 
 
 		 297 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 297 aa  192  8e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  37.54 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 297 aa  192  8e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 297 aa  192  8e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  37.63 
 
 		 297 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  38.3 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  38.3 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  38.3 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  38.3 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  38.3 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 296 aa  189  5e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  41.76 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 328 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 289 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 293 aa  185  7e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 328 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 328 aa  185  9e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  39.3 
 
 		 308 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 321 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 294 aa  182  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  39.66 
 
 		 331 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 307 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 329 aa  181  2e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.32 
 
 		 329 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.32 
 
 		 315 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  39.32 
 
 		 315 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  39.32 
 
 		 315 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  38.87 
 
 		 337 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 306 aa  179  7e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  38.91 
 
 		 311 aa  178  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  40.07 
 
 		 320 aa  177  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>