More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0538 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  100 
 
 
287 aa  561  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  72.82 
 
 
289 aa  411  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.94 
 
 
289 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.82 
 
 
308 aa  392  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  69.29 
 
 
288 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.06 
 
 
298 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.06 
 
 
298 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  66.54 
 
 
298 aa  354  1e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.55 
 
 
292 aa  342  4e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.48 
 
 
292 aa  338  7e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.73 
 
 
303 aa  328  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  67.73 
 
 
303 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  63.7 
 
 
292 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  58.49 
 
 
288 aa  301  8.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
292 aa  298  5e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.61 
 
 
288 aa  295  7e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.13 
 
 
287 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.75 
 
 
287 aa  292  4e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.38 
 
 
287 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60 
 
 
287 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.22 
 
 
311 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.63 
 
 
295 aa  288  9e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.63 
 
 
295 aa  288  9e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  60.22 
 
 
288 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.85 
 
 
292 aa  286  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.11 
 
 
288 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.54 
 
 
295 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  61.66 
 
 
292 aa  285  8e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.02 
 
 
290 aa  285  9e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.12 
 
 
300 aa  282  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.19 
 
 
295 aa  282  6.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  60.47 
 
 
292 aa  281  9e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.63 
 
 
295 aa  280  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.63 
 
 
295 aa  279  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.78 
 
 
294 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  60.75 
 
 
288 aa  268  8e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  60.75 
 
 
578 aa  266  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  54.95 
 
 
281 aa  265  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.04 
 
 
270 aa  261  1e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.11 
 
 
288 aa  261  1e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.61 
 
 
288 aa  257  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  54.78 
 
 
313 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  54.78 
 
 
323 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  54.78 
 
 
323 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  54.78 
 
 
323 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.81 
 
 
296 aa  247  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  54.78 
 
 
313 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  54.78 
 
 
323 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.66 
 
 
288 aa  242  6e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  74.83 
 
 
187 aa  224  9e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  60.1 
 
 
239 aa  205  7e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  32.14 
 
 
252 aa  122  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.42 
 
 
263 aa  119  3.9999999999999996e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  31.54 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  32.02 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
259 aa  110  3e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
245 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.41 
 
 
264 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0191984  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
245 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.73 
 
 
266 aa  105  8e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
302 aa  104  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.4 
 
 
269 aa  104  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.95 
 
 
377 aa  103  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
275 aa  103  3e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.96 
 
 
319 aa  102  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.38 
 
 
315 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.33 
 
 
259 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.76 
 
 
264 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  29.32 
 
 
272 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0233  ABC transporter, permease protein  28.88 
 
 
241 aa  100  4e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1746  putative molybdenum ABC transporter, solute-binding protein  24.59 
 
 
249 aa  100  4e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000716411  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  27.93 
 
 
264 aa  99.8  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.22 
 
 
263 aa  99.8  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.93 
 
 
264 aa  99.8  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.08 
 
 
254 aa  99.4  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1684  ABC transporter permease  29.29 
 
 
262 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.1 
 
 
277 aa  99.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  30 
 
 
286 aa  99  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.29 
 
 
265 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  28.87 
 
 
262 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
264 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.63 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.6 
 
 
253 aa  97.4  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0876322  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.99 
 
 
265 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1129  taurine transport system permease protein TauC  28.05 
 
 
241 aa  97.8  2e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.774255  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.33 
 
 
264 aa  97.1  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.14 
 
 
263 aa  97.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  33.98 
 
 
253 aa  96.7  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.18 
 
 
279 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.588836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.87 
 
 
265 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0722896  normal  0.022026 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.15 
 
 
253 aa  96.3  5e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.51 
 
 
298 aa  96.3  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.30367  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.29 
 
 
260 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
300 aa  96.3  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.292938  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
284 aa  95.9  8e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.27836  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1031  sulfonate ABC transporter, permease protein  29.67 
 
 
261 aa  95.5  8e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.51 
 
 
265 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
294 aa  95.5  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.136656  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.88 
 
 
279 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  30.17 
 
 
285 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>