More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5375 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5375  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
342 aa  672    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.67 
 
 
340 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1856  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
337 aa  275  6e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.35 
 
 
344 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3265  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.46 
 
 
329 aa  253  4.0000000000000004e-66  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 
338 aa  240  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0390  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
336 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.721542  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.66 
 
 
358 aa  218  8.999999999999998e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  34.34 
 
 
339 aa  218  1e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
336 aa  217  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1353  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.35 
 
 
334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  32.83 
 
 
333 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1098  peptide ABC transporter, permease protein  36.83 
 
 
336 aa  210  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4050  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.63 
 
 
337 aa  209  5e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.208624  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0454  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
335 aa  209  7e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.948745  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
383 aa  208  8e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
316 aa  207  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00583871  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1687  inner membrane ABC transporter permease protein yddR  36.45 
 
 
340 aa  207  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.930254  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1029  dipeptide ABC transporter, permease protein  35.28 
 
 
357 aa  207  2e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.234633  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3866  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
346 aa  207  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
334 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1001  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.61 
 
 
316 aa  206  5e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1571  inner membrane ABC transporter permease protein yddR  35.84 
 
 
340 aa  206  6e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0717  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  34.13 
 
 
337 aa  206  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.529173  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01444  D-ala-D-ala transporter subunit  36.14 
 
 
340 aa  205  9e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.982069  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
340 aa  205  9e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0198405  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2098  inner membrane ABC transporter permease protein yddR  36.14 
 
 
340 aa  205  9e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0808  oligopeptide ABC transporter, permease  35.61 
 
 
316 aa  205  9e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.282065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
340 aa  205  9e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01456  hypothetical protein  36.14 
 
 
340 aa  205  9e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1675  inner membrane ABC transporter permease protein yddR  36.14 
 
 
340 aa  205  9e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.925292  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4120  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
338 aa  204  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0727691 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0823  oligopeptide ABC transporter, permease  35.31 
 
 
316 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.164685  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.33 
 
 
333 aa  204  2e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3370  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.72 
 
 
352 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0997  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.61 
 
 
316 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.28482e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0946  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.34 
 
 
316 aa  203  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.170303  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.14 
 
 
347 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1341  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
352 aa  202  5e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.238943  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.12 
 
 
306 aa  202  6e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4385  oligopeptide ABC transporter, permease protein  34.34 
 
 
316 aa  202  8e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02052e-22 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
334 aa  202  8e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.25 
 
 
352 aa  201  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0522734  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2947  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  35.5 
 
 
338 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.728806  normal  0.808903 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
337 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.298379  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2419  ABC transporter D-Ala-D-Ala-binding inner membrane protein  33.14 
 
 
341 aa  200  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.279427  hitchhiker  0.0000166625 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5773  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.61 
 
 
364 aa  199  3.9999999999999996e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0859  oligopeptide ABC transporter permease  35.31 
 
 
316 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0909  oligopeptide ABC transporter permease protein  35.31 
 
 
316 aa  199  6e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0836804  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
336 aa  199  7e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.23 
 
 
342 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.162218  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0196  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  35.07 
 
 
356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0448682 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
355 aa  197  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.857231 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.36 
 
 
356 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.64 
 
 
335 aa  195  1e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.905382  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.63 
 
 
342 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.240236  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
346 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
334 aa  194  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.143224 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2705  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
345 aa  194  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  33.23 
 
 
336 aa  192  6e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.93 
 
 
360 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.245336 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0776  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  33.43 
 
 
320 aa  192  6e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000429836  hitchhiker  0.000000000000473305 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
336 aa  192  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.54 
 
 
337 aa  192  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.678107  normal  0.316578 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0480  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.05 
 
 
334 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00673258  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0926  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.76 
 
 
335 aa  191  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0268081  normal  0.497052 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
335 aa  191  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.72 
 
 
351 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100967  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1249  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
352 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  34.28 
 
 
335 aa  190  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.25 
 
 
369 aa  189  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.166157  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
315 aa  188  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.56 
 
 
356 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  33.96 
 
 
335 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  33.23 
 
 
335 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1918  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.63 
 
 
333 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  32.91 
 
 
335 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.1929 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
335 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1081  peptide ABC transporter, permease protein  34.94 
 
 
337 aa  187  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.446829  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.63 
 
 
361 aa  186  4e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  33.96 
 
 
335 aa  186  5e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1782  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
335 aa  185  9e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00282517  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.65 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.699223  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1879  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.54 
 
 
356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1189  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.44 
 
 
335 aa  183  3e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0375099  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8180  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  34.22 
 
 
313 aa  183  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.119694  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36520  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  36.42 
 
 
341 aa  183  4.0000000000000006e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.445478  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  32.28 
 
 
334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.14 
 
 
334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.56 
 
 
365 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.285903  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0217  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.24 
 
 
334 aa  182  6e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.584066 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3249  dipeptide ABC transporter, permease protein DppB, putative  34.03 
 
 
345 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0957202  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
334 aa  182  7e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.136383 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
335 aa  181  1e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.03 
 
 
336 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>