More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3618 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3618  protein TolQ  100 
 
 		 239 aa  478  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3204  protein TolQ  87.45 
 
 		 239 aa  427  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.129492  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3499  protein TolQ  87.45 
 
 		 239 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.130049 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2630  Tol-Pal system TolQ  82.5 
 
 		 239 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1215  Tol-Pal system TolQ  75.42 
 
 		 236 aa  375  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.21017  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1700  tolQ protein  75.32 
 
 		 236 aa  370  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1642  protein TolQ  74.89 
 
 		 236 aa  369  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3174  MotA/TolQ/ExbB proton channel  72.27 
 
 		 243 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3059  Tol-Pal system TolQ  66.67 
 
 		 274 aa  317  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421006  normal  0.170634 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4754  MotA/TolQ/ExbB proton channel  65.94 
 
 		 237 aa  308  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2720  MotA/TolQ/ExbB proton channel  64.63 
 
 		 237 aa  302  3.0000000000000004e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1308  protein TolQ  65.18 
 
 		 236 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3515  MotA/TolQ/ExbB proton channel  64.19 
 
 		 237 aa  301  7.000000000000001e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0208141  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4150  MotA/TolQ/ExbB proton channel  64.86 
 
 		 227 aa  300  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00529693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1809  MotA/TolQ/ExbB proton channel  62.88 
 
 		 237 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  0.488626 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3390  protein TolQ  66.22 
 
 		 238 aa  299  3e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.431246  normal  0.281119 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6884  TolQ protein  65.93 
 
 		 237 aa  299  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0859687  normal  0.084864 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4433  protein TolQ  64.41 
 
 		 238 aa  291  7e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0339426  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5305  protein TolQ  63.72 
 
 		 238 aa  289  3e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.442812  normal  0.461474 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0747  protein TolQ  63.27 
 
 		 238 aa  288  6e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5230  protein TolQ  63.27 
 
 		 238 aa  288  6e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.811663  normal  0.0703567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4763  protein TolQ  63.27 
 
 		 238 aa  288  6e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2119  Tol-Pal system TolQ  60.27 
 
 		 241 aa  279  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.145493  normal  0.278172 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0923  protein TolQ  59.05 
 
 		 248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130209 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0147  protein TolQ  54.74 
 
 		 235 aa  271  7e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0273  protein TolQ  56.9 
 
 		 241 aa  271  9e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.673317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0683  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.38 
 
 		 231 aa  231  6e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.303112  normal  0.112554 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1091  MotA/TolQ/ExbB proton channel  52.23 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1214  protein TolQ  51.5 
 
 		 238 aa  214  9e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2902  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.48 
 
 		 238 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.0078158  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0559  MotA/TolQ/ExbB proton channel  50.43 
 
 		 232 aa  210  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.794955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0672  biopolymer transport protein, TolQ  49.13 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00353274  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2325  MotA/TolQ/ExbB proton channel  49.13 
 
 		 232 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.928005  normal  0.316985 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0970  MotA/TolQ/ExbB proton channel  53.68 
 
 		 230 aa  205  5e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.495072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2368  MotA/TolQ/ExbB proton channel  51.95 
 
 		 231 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4430  protein TolQ  48.26 
 
 		 232 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.46646 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1604  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.93 
 
 		 228 aa  198  7e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00156809  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2751  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  47.47 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1782  protein TolQ  47.47 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000921899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2541  protein TolQ  47.47 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000245733  hitchhiker  0.00000309411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1739  Tol-Pal system TolQ  47.47 
 
 		 228 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000243293  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2534  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.47 
 
 		 228 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000101898  normal  0.114902 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1743  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47 
 
 		 228 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000915639  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2443  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.47 
 
 		 228 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000858501  normal  0.237078 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2567  Tol-Pal system TolQ  46.79 
 
 		 229 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000576197  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2371  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.47 
 
 		 228 aa  194  7e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00211275  normal  0.155674 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1524  MotA/TolQ/ExbB proton channel  47.25 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0123133  normal  0.884869 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2734  protein TolQ  47.25 
 
 		 229 aa  191  9e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  hitchhiker  0.000106629 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1391  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.95 
 
 		 229 aa  189  4e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000787618  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0563  protein TolQ  46.15 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.533269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2463  protein TolQ  45.7 
 
 		 234 aa  187  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0263661  normal  0.458025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2191  Tol-Pal system TolQ  45.21 
 
 		 226 aa  186  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000779627  normal  0.358656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1854  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.95 
 
 		 229 aa  184  7e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0235502  normal  0.794171 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2532  peptidase A8, signal peptidase II  45.33 
 
 		 231 aa  184  8e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00489789  normal  0.411252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3975  tolQ protein  45.16 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0234616  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1412  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.16 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0108204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1459  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.04 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00757308  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1108  Tol-Pal system TolQ  50 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00793891  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2214  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.92 
 
 		 232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01607  hypothetical protein  44.5 
 
 		 232 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1274  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.64 
 
 		 231 aa  182  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.232758  normal  0.304845 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2419  MotA/TolQ/ExbB proton channel  48.13 
 
 		 222 aa  182  3e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1219  biopolymer transport protein TolQ  44.24 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4539  TolQ protein  44.7 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4199  protein TolQ  44.24 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.40323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51750  TolQ protein  44.7 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.438505  hitchhiker  0.0000223597 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1248  Tol-Pal system, TolQ  44.24 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.216384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3996  protein TolQ  44.24 
 
 		 231 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.523638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1432  tolQ protein  45.21 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136252  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0471  MotA/TolQ/ExbB proton channel  45.41 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.564154  normal  0.664917 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4405  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.7 
 
 		 221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0344768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2232  TolQ protein  43.89 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0724  MotA/TolQ/ExbB proton channel  44.04 
 
 		 227 aa  179  4.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.49682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2227  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.89 
 
 		 233 aa  178  7e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.260682  hitchhiker  0.000349255 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2954  transmembrane protein/ biopolymer transport  42.6 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0172322  normal  0.721905 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2941  protein TolQ  44.59 
 
 		 236 aa  176  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0413  TolQ  40.55 
 
 		 237 aa  177  2e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0635098  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1761  TolQ protein  40.55 
 
 		 237 aa  177  2e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1895  TolQ protein, inner membrane component  45.87 
 
 		 228 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2922  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.99 
 
 		 230 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2136  Tol-Pal system, TolQ  42.49 
 
 		 232 aa  176  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1376  tolQ protein  44.55 
 
 		 225 aa  175  6e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0482994  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2078  tolQ protein  44.55 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1946  tolQ protein  44.55 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2664  tolQ protein  44.55 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0830  tolQ protein  44.55 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3200  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  44.55 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.949255  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3238  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  44.55 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.923457  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0331  MotA/TolQ/ExbB proton channel  43.04 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0399463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0681  protein TolQ  43.69 
 
 		 230 aa  174  9e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.458824  normal  0.677661 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3253  tolQ protein  44.55 
 
 		 262 aa  174  9e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1226  tolQ protein  42.41 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369592  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0725  protein TolQ  43.69 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.750364  normal  0.0773075 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02687  tolQ protein  47.25 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000858548  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1246  colicin uptake protein TolQ  43.12 
 
 		 228 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0152271  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1014  MotA/TolQ/ExbB proton channel  40.97 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.362797  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0245  MotA/TolQ/ExbB proton channel  42.73 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3090  colicin uptake protein TolQ  42.66 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1728  tolQ protein  42.79 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2905  colicin uptake protein TolQ  42.2 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.045905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>