More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3448 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3448  putative oxidoreductase  100 
 
 		 475 aa  978    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0584145  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3028  putative oxidoreductase  73.53 
 
 		 453 aa  647    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00065642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3280  putative oxidoreductase  72.4 
 
 		 453 aa  635    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0565301 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2360  putative oxidoreductase  70.2 
 
 		 453 aa  647    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2057  putative oxidoreductase  66.37 
 
 		 450 aa  593  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0749543  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0189  putative oxidoreductase  63.37 
 
 		 445 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2713  putative oxidoreductase  63.84 
 
 		 446 aa  546  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0283  putative oxidoreductase  59.87 
 
 		 501 aa  544  1e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0366  putative oxidoreductase  58.76 
 
 		 500 aa  545  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0297  putative oxidoreductase  59.91 
 
 		 498 aa  542  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.284933  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1822  glutamate synthase subunit beta  63.51 
 
 		 443 aa  544  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1362  putative oxidoreductase  62.01 
 
 		 445 aa  544  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1501  putative oxidoreductase  63.62 
 
 		 444 aa  532  1e-150  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1456  putative oxidoreductase  63.74 
 
 		 443 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2861  glutamate synthase subunit beta  55.03 
 
 		 455 aa  487  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2198  putative oxidoreductase  55.48 
 
 		 440 aa  482  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4019  putative oxidoreductase  56.07 
 
 		 448 aa  473  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0044  glutamate synthase subunit beta  54.21 
 
 		 472 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4152  glutamate synthase subunit beta  52.69 
 
 		 477 aa  465  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0966  glutamate synthase subunit beta  55.91 
 
 		 451 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6036  putative oxidoreductase  57.71 
 
 		 455 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1596  putative oxidoreductase  53.64 
 
 		 445 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6711  putative oxidoreductase  53.64 
 
 		 445 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717012  normal  0.546311 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6235  putative oxidoreductase  53.64 
 
 		 445 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0391718  normal  0.166247 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6655  putative oxidoreductase  52.85 
 
 		 445 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.349895  normal  0.0132597 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5966  putative oxidoreductase  53.5 
 
 		 445 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.592617 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5722  putative oxidoreductase  53.5 
 
 		 445 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.265057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3442  putative oxidoreductase  51.38 
 
 		 481 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2690  putative oxidoreductase  53.04 
 
 		 449 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1428  putative oxidoreductase  53.04 
 
 		 449 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5350  putative oxidoreductase  53.04 
 
 		 445 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.236159 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1801  putative oxidoreductase  49.03 
 
 		 478 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.539789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4037  putative oxidoreductase  50.68 
 
 		 455 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.239048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3639  putative oxidoreductase  50.46 
 
 		 455 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.624822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1835  putative oxidoreductase  50 
 
 		 455 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.127421 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0542  putative oxidoreductase  50.7 
 
 		 455 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1535  putative oxidoreductase  51.87 
 
 		 449 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05750  putative oxidoreductase  50 
 
 		 455 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3447  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  44.57 
 
 		 453 aa  362  6e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00401797  normal  0.0849799 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1890  FAD dependent oxidoreductase  44.21 
 
 		 440 aa  333  6e-90  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00119586  hitchhiker  0.00883124 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2109  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  42.82 
 
 		 445 aa  322  8e-87  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.544287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2212  putative oxidoreductase  40.59 
 
 		 465 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0262  putative oxidoreductase  38.6 
 
 		 462 aa  299  9e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2582  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40.62 
 
 		 457 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1328  putative oxidoreductase  36.69 
 
 		 455 aa  261  2e-68  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.100001  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2830  putative oxidoreductase  34.62 
 
 		 469 aa  246  6e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00165731  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0651  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.95 
 
 		 466 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.990694  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1163  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.51 
 
 		 457 aa  243  5e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0372  sulfide dehydrogenase (flavoprotein) subunit SudA  33.92 
 
 		 464 aa  243  5e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.63559  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0551  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.58 
 
 		 479 aa  240  5e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0038  putative oxidoreductase  35.48 
 
 		 465 aa  238  2e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.237423  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06470  glutamate synthase (NADPH) small subunit  34.2 
 
 		 476 aa  236  9e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000571005  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0035  putative oxidoreductase  35.07 
 
 		 465 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0177614  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_36  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.04 
 
 		 465 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.800256  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1828  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.89 
 
 		 448 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.756124 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2411  putative oxidoreductase  35.35 
 
 		 471 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000146466  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2545  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  33.93 
 
 		 464 aa  233  5e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000029955  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2002  putative oxidoreductase  35.06 
 
 		 480 aa  233  7.000000000000001e-60  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.14117  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3057  putative oxidoreductase  34.45 
 
 		 470 aa  232  9e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0752  putative oxidoreductase  32.75 
 
 		 470 aa  232  1e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000025302  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0227  putative oxidoreductase  35.62 
 
 		 469 aa  231  2e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.967797 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2825  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  36.64 
 
 		 699 aa  229  9e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2033  glutamate synthase, small subunit  32.04 
 
 		 462 aa  229  1e-58  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000276272 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0644  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  32.24 
 
 		 474 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000739676  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1071  putative oxidoreductase  35.25 
 
 		 468 aa  226  6e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.188657  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3501  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.75 
 
 		 463 aa  226  9e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.860483  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1282  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.76 
 
 		 447 aa  224  2e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1151  putative oxidoreductase  33.85 
 
 		 468 aa  224  2e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0550  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  33.41 
 
 		 463 aa  225  2e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0167  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.82 
 
 		 465 aa  223  6e-57  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.609581  normal  0.315729 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2596  putative oxidoreductase  33.77 
 
 		 469 aa  223  6e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.712045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0020  putative oxidoreductase  33.56 
 
 		 469 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0473  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36 
 
 		 996 aa  221  3e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0317  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.6 
 
 		 469 aa  219  7e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000287651  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1310  putative oxidoreductase  35.22 
 
 		 413 aa  219  7e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1737  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  35.85 
 
 		 654 aa  219  1e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0256396 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2150  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  33.56 
 
 		 480 aa  219  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.60175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0021  putative oxidoreductase  33.11 
 
 		 469 aa  218  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0537  putative oxidoreductase  33.26 
 
 		 480 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0436  putative oxidoreductase  32.22 
 
 		 482 aa  216  5e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.259877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0084  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  33.11 
 
 		 476 aa  216  9.999999999999999e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0715068  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1304  putative oxidoreductase  33.85 
 
 		 468 aa  215  1.9999999999999998e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0539  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.55 
 
 		 483 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000497626  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0493  putative oxidoreductase  33.33 
 
 		 477 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0661627  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0344  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  35.22 
 
 		 658 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1068  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.85 
 
 		 461 aa  213  9e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000664223  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3635  putative oxidoreductase  33.12 
 
 		 476 aa  212  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000713283  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1138  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  33.18 
 
 		 458 aa  212  1e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0580  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  34.06 
 
 		 653 aa  211  2e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000307705  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0489  putative oxidoreductase  32.35 
 
 		 482 aa  211  3e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1693  putative oxidoreductase  33.33 
 
 		 483 aa  210  4e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1900  putative bifunctional 2-polyprenylphenol hydroxylase/glutamate synthase subunit beta  33.78 
 
 		 747 aa  209  7e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.22072  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0825  putative oxidoreductase  34.68 
 
 		 412 aa  209  7e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0337  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  33.26 
 
 		 467 aa  209  1e-52  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1517  putative oxidoreductase  33.41 
 
 		 463 aa  209  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3278  putative oxidoreductase  34.68 
 
 		 412 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.598108 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1512  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.68 
 
 		 412 aa  208  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1502  putative oxidoreductase  34.68 
 
 		 412 aa  208  2e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2293  putative oxidoreductase  34.68 
 
 		 412 aa  208  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262467 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2280  putative oxidoreductase  34.68 
 
 		 412 aa  208  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>