More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0843 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
280 aa  575  1.0000000000000001e-163  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  50 
 
 
286 aa  268  5.9999999999999995e-71  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  48.73 
 
 
284 aa  261  1e-68  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.86 
 
 
283 aa  244  9.999999999999999e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.39 
 
 
275 aa  237  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  44.48 
 
 
292 aa  236  2e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.79 
 
 
279 aa  228  6e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.91 
 
 
269 aa  223  2e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.73 
 
 
269 aa  219  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  43.02 
 
 
271 aa  209  4e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.58 
 
 
276 aa  195  8.000000000000001e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.43 
 
 
279 aa  190  2e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.43 
 
 
282 aa  190  2.9999999999999997e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  40.66 
 
 
280 aa  188  8e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.43 
 
 
272 aa  187  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  38.73 
 
 
303 aa  187  2e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.15 
 
 
267 aa  186  3e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.86 
 
 
307 aa  186  5e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.76 
 
 
321 aa  185  8e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.86 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  41.06 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.84 
 
 
267 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  41.6 
 
 
269 aa  179  2.9999999999999997e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.96 
 
 
272 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  37.5 
 
 
268 aa  175  6e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.85 
 
 
269 aa  169  7e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.73 
 
 
273 aa  168  8e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  37.69 
 
 
275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.24 
 
 
284 aa  161  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.07 
 
 
304 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.4 
 
 
332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  37.16 
 
 
267 aa  152  5e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  34.92 
 
 
316 aa  143  3e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.97 
 
 
268 aa  142  8e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  32.6 
 
 
288 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.83 
 
 
270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.16 
 
 
283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
275 aa  138  8.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.81 
 
 
292 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.09 
 
 
270 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.09 
 
 
270 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.2 
 
 
266 aa  135  9e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.4 
 
 
268 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.71 
 
 
268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.24 
 
 
268 aa  107  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.39 
 
 
266 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.91 
 
 
269 aa  102  6e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.78 
 
 
269 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.18 
 
 
269 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  34.03 
 
 
276 aa  97.1  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  34.03 
 
 
226 aa  96.7  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.62 
 
 
316 aa  96.3  5e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.12 
 
 
269 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  33.5 
 
 
279 aa  93.2  4e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.68 
 
 
275 aa  93.2  4e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.18 
 
 
285 aa  93.2  5e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3250  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  26.69 
 
 
254 aa  92.8  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.65 
 
 
275 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0334  rRNA methylase  27.62 
 
 
257 aa  90.5  3e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.693845  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.34 
 
 
274 aa  89.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  24.35 
 
 
265 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  24.64 
 
 
265 aa  89  8e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  24.52 
 
 
254 aa  88.6  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  24.52 
 
 
254 aa  88.6  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.81 
 
 
274 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.52 
 
 
254 aa  88.2  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  24.52 
 
 
254 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.6 
 
 
178 aa  87.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  24.52 
 
 
254 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  24.14 
 
 
254 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  24.14 
 
 
254 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  23.91 
 
 
265 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.49 
 
 
269 aa  87  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1606  RNA methyltransferase  31.02 
 
 
247 aa  85.9  7e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0012787  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0766  hypothetical protein  33.11 
 
 
177 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  26.26 
 
 
271 aa  84.7  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  25.97 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.82 
 
 
272 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.09 
 
 
256 aa  83.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.08 
 
 
277 aa  82.8  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.132475  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.87 
 
 
250 aa  82.8  0.000000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0221  RNA methyltransferase  35.57 
 
 
226 aa  82.8  0.000000000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.67 
 
 
291 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  32.09 
 
 
256 aa  82  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.36 
 
 
245 aa  82  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1107  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.25 
 
 
260 aa  82  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0712  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.28 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.57 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13461  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.5 
 
 
285 aa  79  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0757278  normal  0.982465 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1908  RNA methyltransferase TrmH, group 3  33.33 
 
 
226 aa  78.2  0.0000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  31.55 
 
 
256 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  23.96 
 
 
389 aa  77.8  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0060  RNA methyltransferase  29.73 
 
 
256 aa  77.8  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.024169  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0146  RNA methylase  27.81 
 
 
176 aa  77.8  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0581  RNA methyltransferase  32.12 
 
 
246 aa  78.2  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.61599  hitchhiker  0.0000000000000171085 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  31.55 
 
 
245 aa  78.2  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.34 
 
 
296 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.12917  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0526  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  26.42 
 
 
246 aa  77  0.0000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0065  RNA methyltransferase TrmH, group 3  31.12 
 
 
256 aa  76.6  0.0000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000946676  normal  0.572135 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0561  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  25.13 
 
 
254 aa  76.6  0.0000000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>