More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6040 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6040  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  531  1e-150  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2692  transcriptional regulator, LysR family  51.69 
 
 		 312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1341  transcriptional regulator, LysR family  53.95 
 
 		 299 aa  251  7e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6399  LysR family transcriptional regulator  57.68 
 
 		 313 aa  233  4.0000000000000004e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0179787 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0524  transcriptional regulator, LysR family  53.16 
 
 		 304 aa  218  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.264315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18090  transcriptional regulator  49.83 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.132657  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0053  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.488501 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4390  LysR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 317 aa  208  7e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3750  transcriptional regulator, LysR family  51.68 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195821  hitchhiker  0.00432039 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5154  transcriptional regulator, LysR family  48.98 
 
 		 309 aa  200  1.9999999999999998e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12305  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4601  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.685719 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0579  LysR substrate-binding protein  42.81 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2095  transcriptional regulator, LysR family  47.35 
 
 		 309 aa  165  8e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 311 aa  159  7e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 319 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2159  LysR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11030  transcriptional regulator  43.43 
 
 		 313 aa  149  5e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2350  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35.38 
 
 		 293 aa  139  7.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4857  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  41.83 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 318 aa  135  9e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2875  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3257  translation initiation factor IF-2  34.47 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.22333 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 303 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0698  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  32.84 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 		 322 aa  122  7e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1014  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 290 aa  119  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5262  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0804009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  22.1 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2273  transcriptional regulator LysR family  34.84 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.351493  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.75 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 328 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0434  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 304 aa  116  6e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0959  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 296 aa  115  6e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1679  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 292 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2178  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0606  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.85701  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1976  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.59481  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  29.35 
 
 		 319 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  29.18 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 322 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 319 aa  112  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  29.18 
 
 		 314 aa  112  5e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0108  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 320 aa  112  5e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.375048 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.17 
 
 		 290 aa  112  7.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 312 aa  112  8.000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.93 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  30.98 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  26.45 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2038  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.101358  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.7 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>