179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1827 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1827  cytochrome c class I  100 
 
 
280 aa  561  1.0000000000000001e-159  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1810  cytochrome c class I  47.64 
 
 
294 aa  194  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.101949 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0963  cytochrome c, class I  46.61 
 
 
268 aa  186  4e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0745087 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3107  cytochrome c, class I  45.07 
 
 
305 aa  183  3e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510771  normal  0.352992 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2676  hypothetical protein  41.4 
 
 
269 aa  172  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.543217 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1295  cytochrome c class I  37.59 
 
 
276 aa  167  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.669902 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1447  cytochrome c class I  40.65 
 
 
284 aa  168  1e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0356963  normal  0.171198 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16190  cytochrome c, mono- and diheme variants family  40.28 
 
 
263 aa  167  2e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.188569  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14180  cytochrome c, mono- and diheme variants family  41.82 
 
 
266 aa  167  2e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.616928  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1891  cytochrome c class I  41.12 
 
 
259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.527374  hitchhiker  0.000337472 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15700  cytochrome c, mono- and diheme variants family  40.19 
 
 
259 aa  160  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.871134  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2210  cytochrome c, class I  40 
 
 
262 aa  156  4e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0119453  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3294  cytochrome c, class I  40.38 
 
 
277 aa  155  6e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.79873  normal  0.176806 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4119  cytochrome c class I  37.24 
 
 
271 aa  154  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.83541 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3526  cytochrome c class I  41.31 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021541 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1374  cytochrome c class I  38.97 
 
 
270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.317055  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2076  cytochrome c class I  42.99 
 
 
261 aa  151  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1678  cytochrome c class I  39.63 
 
 
289 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.250223 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3251  cytochrome c class I  39.11 
 
 
277 aa  151  1e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0775555 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3341  cytochrome c class I  37.8 
 
 
295 aa  150  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10680  cytochrome c, mono- and diheme variants family  39.19 
 
 
275 aa  149  5e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0523281  normal  0.768267 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1947  cytochrome c class I  38.86 
 
 
262 aa  149  6e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000151337 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3056  cytochrome c class I  40 
 
 
295 aa  148  7e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.294486  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12130  cytochrome c, mono- and diheme variants family  37.04 
 
 
256 aa  145  8.000000000000001e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.298886  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3062  cytochrome c class I  37.92 
 
 
303 aa  143  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0184477  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3249  cytochrome c class I  39.91 
 
 
255 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00726195  hitchhiker  0.0000284914 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2955  cytochrome c, class I  39.82 
 
 
278 aa  139  7e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.136352  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2009  cytochrome c class I  39.63 
 
 
259 aa  138  7.999999999999999e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3558  cytochrome c, class I  39.82 
 
 
273 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0912153 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3292  cytochrome c, class I  36.8 
 
 
272 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.250177  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3354  cytochrome c, class I  36.8 
 
 
272 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0582943  normal  0.0591201 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3303  cytochrome c, class I  36.8 
 
 
272 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12222  ubiquinol-cytochrome C reductase qcrC (cytochrome C subunit)  36.65 
 
 
280 aa  135  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3135  cytochrome c, class I  38.43 
 
 
289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1021  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome c subunit  31.87 
 
 
307 aa  133  3e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.121328  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3134  cytochrome c class I  31.08 
 
 
311 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2693  cytochrome c class I  31.6 
 
 
306 aa  123  3e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.714589  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2038  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  30.29 
 
 
304 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0645844  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1152  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.65 
 
 
307 aa  62.8  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.67748  normal  0.0615842 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2602  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.85 
 
 
308 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000191523  normal  0.411563 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2041  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  34.88 
 
 
304 aa  59.3  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112855  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1279  cytochrome C oxidase subunit III  32.28 
 
 
326 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.55862 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.33 
 
 
308 aa  58.5  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.240618 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1107  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.42 
 
 
307 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.1867  normal  0.890058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1200  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  32.42 
 
 
307 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.944048  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1848  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.18 
 
 
318 aa  58.9  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149886  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0456  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.23 
 
 
312 aa  58.2  0.0000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.844005  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3273  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.94 
 
 
293 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288519  normal  0.62826 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1794  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.51 
 
 
325 aa  57.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.448855  normal  0.0580758 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1787  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.26 
 
 
296 aa  57.4  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.832372  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1824  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  30.89 
 
 
317 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3662  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.16 
 
 
294 aa  56.2  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.839971 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1845  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.89 
 
 
349 aa  55.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0775  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit III  27.27 
 
 
374 aa  54.3  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0709529  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1003  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.57 
 
 
304 aa  54.7  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2013  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.42 
 
 
324 aa  54.3  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00187341  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2114  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.85 
 
 
293 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1087  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.57 
 
 
304 aa  54.7  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497321  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1050  cytochrome c oxidase, subunit CcoP  30.11 
 
 
326 aa  54.3  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.26248  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5233  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.85 
 
 
293 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.558245  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0781  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.27 
 
 
382 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279912  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2217  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.4 
 
 
318 aa  53.1  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.04222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1988  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.76 
 
 
323 aa  53.1  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0376  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  35.65 
 
 
287 aa  53.1  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2821  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.18 
 
 
303 aa  52.8  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.106321  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2214  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.25 
 
 
322 aa  52.4  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1529  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.33 
 
 
296 aa  52.8  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02300  hypothetical protein  29.27 
 
 
324 aa  52.4  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2778  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28 
 
 
305 aa  52  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.452004  normal  0.247491 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1933  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.57 
 
 
305 aa  52.4  0.000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0570892  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1615  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.99 
 
 
313 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0748863  normal  0.0271548 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1992  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.11 
 
 
323 aa  52  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0360  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  34.78 
 
 
287 aa  52  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19980  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.18 
 
 
306 aa  52  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2422  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.89 
 
 
325 aa  51.6  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000195931  hitchhiker  0.0000802746 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0634  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.84 
 
 
304 aa  51.6  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1798  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.5 
 
 
292 aa  51.6  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1916  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  32.8 
 
 
282 aa  50.8  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003470  cytochrome c oxidase subunit CcoP  31.65 
 
 
324 aa  50.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.204703  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2419  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.27 
 
 
298 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.203271  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1526  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.86 
 
 
311 aa  50.8  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1610  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  29.59 
 
 
325 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00269268  hitchhiker  0.0066634 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.4 
 
 
313 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49464  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0905  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  29.89 
 
 
287 aa  50.4  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.269734  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0017  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.4 
 
 
293 aa  50.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0466  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  33.06 
 
 
287 aa  50.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00151581  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0726  cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit III  29.51 
 
 
287 aa  50.1  0.00004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2253  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  30.83 
 
 
298 aa  50.1  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.168664  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2607  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  31.07 
 
 
332 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00078494  normal  0.780558 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2475  putative cytochrome C oxidase (subunit III) transmembrane protein  28.57 
 
 
307 aa  49.7  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.48971  normal  0.0879223 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44360  putative cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.19 
 
 
308 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.922379  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0664  cytochrome c oxidase  27.93 
 
 
287 aa  49.7  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1167  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  27.43 
 
 
304 aa  49.3  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4258  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  28.99 
 
 
325 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.816603 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  28.19 
 
 
308 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2440  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  25.67 
 
 
288 aa  49.3  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.132686  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2009  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.04 
 
 
322 aa  48.9  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0902386  hitchhiker  0.0000000272898 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1966  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.04 
 
 
322 aa  48.9  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00926304  hitchhiker  0.00889683 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1956  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  24.75 
 
 
322 aa  48.9  0.00008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5923  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit III  26.98 
 
 
293 aa  48.9  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.123388  normal  0.389873 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>