More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5742 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  100 
 
 		 235 aa  473  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  75.44 
 
 		 229 aa  367  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  77.09 
 
 		 227 aa  364  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  72.69 
 
 		 231 aa  352  2.9999999999999997e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  74.45 
 
 		 227 aa  338  4e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  74.01 
 
 		 227 aa  328  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  74.89 
 
 		 231 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5179  hypothetical protein  75.33 
 
 		 231 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  70.22 
 
 		 234 aa  308  5e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  70.93 
 
 		 227 aa  305  4.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  70.04 
 
 		 227 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4321  hypothetical protein  66.96 
 
 		 227 aa  300  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0876  hypothetical protein  75.77 
 
 		 231 aa  293  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.41177  normal  0.375435 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  67.84 
 
 		 227 aa  292  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6374  hypothetical protein  69.6 
 
 		 227 aa  286  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0543151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  62.61 
 
 		 246 aa  280  1e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4375  hypothetical protein  66.08 
 
 		 230 aa  277  1e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  60.09 
 
 		 237 aa  273  2.0000000000000002e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  59.19 
 
 		 237 aa  266  2.9999999999999995e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  59.19 
 
 		 237 aa  266  2.9999999999999995e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  59.19 
 
 		 237 aa  266  2.9999999999999995e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31280  hypothetical protein  59.13 
 
 		 238 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  58.56 
 
 		 233 aa  254  7e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  57.92 
 
 		 224 aa  252  4.0000000000000004e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  58.88 
 
 		 228 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0329  hypothetical protein  57.83 
 
 		 244 aa  251  7e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.535978  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03235  hypothetical protein  63.59 
 
 		 219 aa  250  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4205  hypothetical protein  59.91 
 
 		 237 aa  238  8e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.980622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1361  hypothetical protein  55.22 
 
 		 238 aa  234  6e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3204  hypothetical protein  56.96 
 
 		 238 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.699518  normal  0.0338051 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2514  hypothetical protein  56.96 
 
 		 238 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2027  hypothetical protein  55.65 
 
 		 238 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3942  hypothetical protein  56.56 
 
 		 225 aa  227  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  44.89 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4023  Dimethylmenaquinone methyltransferase  47.69 
 
 		 198 aa  170  2e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0575059 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0461  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.47 
 
 		 231 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6375  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.67 
 
 		 224 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.830889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4544  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.28 
 
 		 224 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0521479 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7652  demethylmenaquinone methyltransferase  42.58 
 
 		 224 aa  161  8.000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  43.56 
 
 		 216 aa  158  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2677  Dimethylmenaquinone methyltransferase  43.15 
 
 		 216 aa  154  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.19975  normal  0.0722579 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  42.72 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  41.09 
 
 		 211 aa  152  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0200  dimethylmenaquinone methyltransferase  43.65 
 
 		 208 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.23529  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4781  dimethylmenaquinone methyltransferase  42.31 
 
 		 220 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593242  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.95 
 
 		 229 aa  138  7.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.56 
 
 		 212 aa  137  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.2 
 
 		 225 aa  134  8e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.92 
 
 		 231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.32 
 
 		 232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  32.58 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  33.64 
 
 		 224 aa  128  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.62 
 
 		 232 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.62 
 
 		 232 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.05 
 
 		 232 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.93 
 
 		 204 aa  126  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.05 
 
 		 232 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.2 
 
 		 187 aa  126  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.11 
 
 		 232 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.15 
 
 		 233 aa  125  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  35.32 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.15 
 
 		 208 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  32.32 
 
 		 212 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.81 
 
 		 232 aa  122  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.57 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.31 
 
 		 232 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  31.34 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38 
 
 		 209 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  32.16 
 
 		 225 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.46 
 
 		 450 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.72 
 
 		 225 aa  119  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7077  hypothetical protein  34.03 
 
 		 224 aa  119  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5004  Dimethylmenaquinone methyltransferase  46.15 
 
 		 219 aa  119  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.205814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.92 
 
 		 228 aa  118  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  32.81 
 
 		 212 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.88 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.12 
 
 		 205 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.82 
 
 		 232 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4165  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.94 
 
 		 196 aa  115  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777049  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6118  hypothetical protein  37.44 
 
 		 222 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4429  hypothetical protein  35.35 
 
 		 224 aa  115  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.436944 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.74 
 
 		 237 aa  114  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3664  hypothetical protein  31.46 
 
 		 248 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4868  hypothetical protein  31.92 
 
 		 247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.158749 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.83 
 
 		 229 aa  110  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.96 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  37.3 
 
 		 215 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3908  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.42 
 
 		 203 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4448  Dimethylmenaquinone methyltransferase  37.21 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  35.35 
 
 		 222 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1928  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.8 
 
 		 205 aa  107  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.787476  hitchhiker  0.00228762 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3170  demethylmenaquinone methyltransferase  37.89 
 
 		 203 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.685896  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.35 
 
 		 231 aa  105  8e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3023  hypothetical protein  31.67 
 
 		 275 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  35.71 
 
 		 213 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2644  hypothetical protein  35.81 
 
 		 529 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.452342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.62 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1224  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.35 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2615  hypothetical protein  35.81 
 
 		 509 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2659  hypothetical protein  35.81 
 
 		 509 aa  103  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0329856  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>