More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0876 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0876  hypothetical protein  100 
 
 		 231 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.41177  normal  0.375435 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  91.34 
 
 		 231 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  83.7 
 
 		 229 aa  397  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  84.14 
 
 		 227 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5179  hypothetical protein  91.34 
 
 		 231 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  80.09 
 
 		 231 aa  381  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  85.02 
 
 		 227 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  75.77 
 
 		 235 aa  341  5.999999999999999e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  74.11 
 
 		 234 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  75.77 
 
 		 227 aa  333  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  74.89 
 
 		 227 aa  330  1e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4321  hypothetical protein  74.89 
 
 		 227 aa  330  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  75.33 
 
 		 227 aa  326  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  70.48 
 
 		 227 aa  321  6e-87  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6374  hypothetical protein  76.65 
 
 		 227 aa  311  4.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0543151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  69.37 
 
 		 246 aa  308  2.9999999999999997e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4375  hypothetical protein  66.81 
 
 		 230 aa  281  4.0000000000000003e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  55.95 
 
 		 237 aa  264  8e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  55.95 
 
 		 237 aa  264  8e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  55.95 
 
 		 237 aa  264  8e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  57.4 
 
 		 237 aa  261  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  58.11 
 
 		 233 aa  259  3e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  57.47 
 
 		 224 aa  255  4e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31280  hypothetical protein  55.41 
 
 		 238 aa  249  3e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03235  hypothetical protein  64.52 
 
 		 219 aa  248  6e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  55.16 
 
 		 228 aa  247  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0329  hypothetical protein  57.14 
 
 		 244 aa  245  4e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.535978  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4205  hypothetical protein  62.61 
 
 		 237 aa  244  6e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.980622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1361  hypothetical protein  55.84 
 
 		 238 aa  235  4e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3942  hypothetical protein  57.47 
 
 		 225 aa  228  5e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3204  hypothetical protein  55.84 
 
 		 238 aa  225  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.699518  normal  0.0338051 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2514  hypothetical protein  55.84 
 
 		 238 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2027  hypothetical protein  54.11 
 
 		 238 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  44 
 
 		 230 aa  187  2e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0461  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.71 
 
 		 231 aa  155  6e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  41.58 
 
 		 216 aa  152  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4544  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.63 
 
 		 224 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0521479 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4023  Dimethylmenaquinone methyltransferase  43.52 
 
 		 198 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0575059 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6375  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.05 
 
 		 224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.830889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7652  demethylmenaquinone methyltransferase  42.11 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.18 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2677  Dimethylmenaquinone methyltransferase  40.49 
 
 		 216 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.19975  normal  0.0722579 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  36 
 
 		 211 aa  134  8e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.32 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0200  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.69 
 
 		 208 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.23529  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.82 
 
 		 232 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.88 
 
 		 187 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  34.43 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.03 
 
 		 225 aa  123  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.8 
 
 		 225 aa  123  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.15 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7077  hypothetical protein  34.76 
 
 		 224 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  28.96 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.68 
 
 		 212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  32.71 
 
 		 224 aa  119  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  30.33 
 
 		 212 aa  118  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.17 
 
 		 208 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4868  hypothetical protein  30.84 
 
 		 247 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.158749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  40.84 
 
 		 231 aa  116  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.25 
 
 		 232 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  38.25 
 
 		 232 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6118  hypothetical protein  34.47 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.75 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.82 
 
 		 232 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5004  Dimethylmenaquinone methyltransferase  42.67 
 
 		 219 aa  113  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.205814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  34.29 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  32.31 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3078  hypothetical protein  35 
 
 		 215 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.177547  normal  0.0349255 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3664  hypothetical protein  30.37 
 
 		 248 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  29.38 
 
 		 212 aa  112  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.74 
 
 		 233 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.61 
 
 		 228 aa  112  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.31 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.42 
 
 		 450 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4781  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.92 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593242  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  33.98 
 
 		 222 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4165  Dimethylmenaquinone methyltransferase  37.08 
 
 		 196 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777049  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.68 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.68 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3023  hypothetical protein  29.86 
 
 		 275 aa  104  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4448  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.38 
 
 		 236 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4429  hypothetical protein  32.96 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.436944 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.48 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.16 
 
 		 232 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.88 
 
 		 232 aa  103  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04570  Dimethylmenaquinone methyltransferase  30.61 
 
 		 231 aa  102  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05389  hypothetical protein  38.24 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.969658 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.68 
 
 		 232 aa  102  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1224  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.67 
 
 		 226 aa  102  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2429  putative dimethylmenaquinone methyltransferase  32.28 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.433884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  32.61 
 
 		 213 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.92 
 
 		 232 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0455  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  33.86 
 
 		 428 aa  99  6e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.26 
 
 		 207 aa  98.2  8e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1837  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.78 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.44 
 
 		 236 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5797  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.85 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121139 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.95 
 
 		 229 aa  96.7  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2046  hypothetical protein  28.96 
 
 		 267 aa  96.3  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.63945  normal  0.154833 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2666  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.88 
 
 		 207 aa  95.9  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>