142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1349 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 356 aa  726    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  73.7 
 
 		 373 aa  521  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  72.83 
 
 		 349 aa  515  1.0000000000000001e-145  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  68.97 
 
 		 356 aa  490  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  66.28 
 
 		 353 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  57.99 
 
 		 350 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  50 
 
 		 353 aa  354  1e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2199  2-selenouridine synthase  58.63 
 
 		 281 aa  332  8e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  48.9 
 
 		 359 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  46.26 
 
 		 359 aa  325  6e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  46.26 
 
 		 359 aa  325  6e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  46.26 
 
 		 359 aa  325  9e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  50.16 
 
 		 366 aa  323  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  48.39 
 
 		 346 aa  317  2e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  50.16 
 
 		 375 aa  316  4e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  50.16 
 
 		 375 aa  315  6e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  49.7 
 
 		 359 aa  315  9.999999999999999e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  50.49 
 
 		 377 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  49.51 
 
 		 355 aa  310  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  50.16 
 
 		 375 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  50.16 
 
 		 375 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  50.16 
 
 		 375 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  49.19 
 
 		 375 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  43.15 
 
 		 365 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  42.6 
 
 		 358 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  48.04 
 
 		 355 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  43.79 
 
 		 352 aa  295  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  45.22 
 
 		 352 aa  289  5.0000000000000004e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  49.02 
 
 		 353 aa  288  1e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  42.6 
 
 		 353 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  48.2 
 
 		 371 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  49.51 
 
 		 350 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  48.85 
 
 		 350 aa  265  7e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  45.7 
 
 		 347 aa  264  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  44.18 
 
 		 348 aa  254  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  49.51 
 
 		 365 aa  249  7e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  47.84 
 
 		 353 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  39.88 
 
 		 353 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  40.2 
 
 		 295 aa  212  9e-54  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  38.25 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  41.02 
 
 		 335 aa  196  7e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  39.46 
 
 		 358 aa  194  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  39.87 
 
 		 338 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  38.04 
 
 		 344 aa  185  9e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  35.82 
 
 		 346 aa  181  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  34.93 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  40.84 
 
 		 344 aa  177  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  36.6 
 
 		 339 aa  176  6e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  35.91 
 
 		 353 aa  175  9e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  32.52 
 
 		 356 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  32.82 
 
 		 356 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  37.7 
 
 		 346 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  33.77 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  33.44 
 
 		 354 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  40.24 
 
 		 347 aa  170  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  40.89 
 
 		 347 aa  168  1e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  37.25 
 
 		 349 aa  168  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  33.72 
 
 		 346 aa  166  6.9999999999999995e-40  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  41.85 
 
 		 346 aa  165  9e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  31.6 
 
 		 342 aa  164  3e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  32.21 
 
 		 350 aa  163  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  31.08 
 
 		 350 aa  162  9e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  33.72 
 
 		 346 aa  162  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  33.99 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  34.63 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  33.63 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  38.18 
 
 		 344 aa  157  4e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  31.12 
 
 		 347 aa  156  6e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 375 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  33.45 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 367 aa  145  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  35.11 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  30.16 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  35.71 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14782  predicted protein  38.76 
 
 		 342 aa  139  1e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.597893 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  33.89 
 
 		 367 aa  138  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  35.02 
 
 		 350 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  35.47 
 
 		 361 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  35.43 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  36.61 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  31.69 
 
 		 384 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  31.69 
 
 		 369 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  30.93 
 
 		 369 aa  132  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  35.39 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  31.5 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  35.08 
 
 		 376 aa  130  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  31.08 
 
 		 365 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  31.21 
 
 		 365 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  34.69 
 
 		 366 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  35.22 
 
 		 366 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  35.41 
 
 		 365 aa  129  7.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  31.56 
 
 		 364 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  33.88 
 
 		 369 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  35.1 
 
 		 368 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  33.88 
 
 		 368 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  33.88 
 
 		 368 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  33.88 
 
 		 368 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  34.15 
 
 		 370 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  35.08 
 
 		 372 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  33.33 
 
 		 370 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>