288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0317 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  100 
 
 		 230 aa  460  1e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  51.63 
 
 		 239 aa  221  7e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  44.59 
 
 		 227 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  46.88 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  46.64 
 
 		 247 aa  181  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  43.97 
 
 		 246 aa  179  4e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  49.78 
 
 		 237 aa  177  9e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  46.9 
 
 		 241 aa  169  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  43.5 
 
 		 243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  41.2 
 
 		 262 aa  159  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  45.5 
 
 		 241 aa  155  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  35.43 
 
 		 204 aa  156  3e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  41.82 
 
 		 246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  42.53 
 
 		 233 aa  153  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  40.36 
 
 		 243 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  40.99 
 
 		 244 aa  149  4e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  40.35 
 
 		 245 aa  148  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  44.4 
 
 		 268 aa  148  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  39.91 
 
 		 243 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  39.57 
 
 		 241 aa  144  9e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  44.14 
 
 		 238 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  40.26 
 
 		 240 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  41.13 
 
 		 240 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  42.86 
 
 		 255 aa  142  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  39.19 
 
 		 244 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  40.36 
 
 		 246 aa  139  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  39.11 
 
 		 241 aa  138  6e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  39.73 
 
 		 242 aa  138  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  42.5 
 
 		 258 aa  135  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  41.07 
 
 		 230 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  37.78 
 
 		 241 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  34.25 
 
 		 234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  32.26 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  38.6 
 
 		 259 aa  133  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  34.25 
 
 		 234 aa  132  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  38.12 
 
 		 237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  38.12 
 
 		 263 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  39.51 
 
 		 247 aa  129  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  39.27 
 
 		 227 aa  129  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  37.5 
 
 		 251 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  39.49 
 
 		 266 aa  128  9.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  38.86 
 
 		 299 aa  126  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  38.75 
 
 		 242 aa  125  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1977  hypothetical protein  36.36 
 
 		 231 aa  124  8.000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  36.94 
 
 		 268 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0669  ComF family protein  44.64 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  36.94 
 
 		 274 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0504  putative competence protein  44.64 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0486  putative competence protein  44.64 
 
 		 255 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  37.93 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1419  ComF family protein  44.64 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0359  putative competence protein F-related protein  40.17 
 
 		 240 aa  123  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.332104 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3200  ComF family protein  44.64 
 
 		 242 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  35.09 
 
 		 249 aa  123  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0173  ComF family protein  44.64 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  37.16 
 
 		 233 aa  123  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2846  ComF family protein  44.64 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  36.94 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  37.44 
 
 		 261 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  38.33 
 
 		 261 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  34.48 
 
 		 245 aa  122  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  37.55 
 
 		 238 aa  122  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  36.84 
 
 		 243 aa  122  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0541  phosphoribosyltransferase  38.86 
 
 		 269 aa  122  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  39.13 
 
 		 237 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  36.49 
 
 		 235 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  32.93 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  35.62 
 
 		 252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  36.36 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  40 
 
 		 222 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  35.51 
 
 		 233 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  35.09 
 
 		 262 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  34.53 
 
 		 233 aa  116  3e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000115929  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  39.29 
 
 		 231 aa  115  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  28.14 
 
 		 245 aa  115  5e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  36.84 
 
 		 233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  36.04 
 
 		 262 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  37.77 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  31.14 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  35.71 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0964  competence protein F  41.23 
 
 		 238 aa  112  5e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.186379  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  33.05 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  38.63 
 
 		 242 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  32.75 
 
 		 258 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  33.18 
 
 		 233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  36 
 
 		 293 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  34.68 
 
 		 263 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  32.31 
 
 		 258 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  35.14 
 
 		 263 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  37.77 
 
 		 250 aa  108  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  35.14 
 
 		 263 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0218  competence protein,-like protein  28.57 
 
 		 273 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0828937  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  38.33 
 
 		 257 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  34.23 
 
 		 263 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2767  phosphoribosyltransferase  37.5 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  32.76 
 
 		 270 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3749  gluconate periplasmic binding protein  36.07 
 
 		 233 aa  106  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0164  gluconate periplasmic binding protein  36.07 
 
 		 233 aa  106  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  35.81 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3989  gluconate periplasmic binding protein  36.07 
 
 		 233 aa  106  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>