More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1045 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 117 aa  243  4e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  87.39 
 
 		 132 aa  211  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  87.39 
 
 		 135 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  87.39 
 
 		 132 aa  211  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  83.02 
 
 		 117 aa  198  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  83.02 
 
 		 131 aa  196  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  85.85 
 
 		 117 aa  195  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  55.86 
 
 		 155 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  55.86 
 
 		 155 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3118  30S ribosomal protein S6  53.77 
 
 		 152 aa  134  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  52.21 
 
 		 145 aa  130  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  54.72 
 
 		 153 aa  129  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  51.35 
 
 		 151 aa  129  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  51.85 
 
 		 134 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  51.85 
 
 		 134 aa  125  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  52.38 
 
 		 154 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  50.48 
 
 		 155 aa  124  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  51.92 
 
 		 156 aa  123  9e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  51.92 
 
 		 148 aa  123  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  51.89 
 
 		 160 aa  123  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  47.41 
 
 		 117 aa  122  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  51.28 
 
 		 126 aa  121  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  50.96 
 
 		 151 aa  121  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 147 aa  120  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0898  30S ribosomal protein S6  51.89 
 
 		 146 aa  120  7e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0179425 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  50.48 
 
 		 148 aa  120  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 		 160 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 		 159 aa  118  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 		 158 aa  117  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 		 151 aa  116  9e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 		 151 aa  116  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 		 153 aa  116  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  47.17 
 
 		 151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 		 168 aa  114  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  48.21 
 
 		 161 aa  114  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  45.37 
 
 		 120 aa  112  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  47.66 
 
 		 122 aa  111  3e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  43.24 
 
 		 136 aa  110  5e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  41.35 
 
 		 158 aa  99.8  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0695  30S ribosomal protein S6  40 
 
 		 109 aa  94  6e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.308714  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0308  30S ribosomal protein S6  39.05 
 
 		 109 aa  93.6  8e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.389439  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  35.11 
 
 		 98 aa  78.6  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2591  30S ribosomal protein S6  34.95 
 
 		 121 aa  73.6  0.0000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 		 95 aa  73.2  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 95 aa  72  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  35.71 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  35.71 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  72.8  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5267  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000406973  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  35.4 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  33.93 
 
 		 122 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  34.34 
 
 		 134 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  33.93 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  33.93 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5334  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000242081  hitchhiker  0.000000688979 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  33.93 
 
 		 130 aa  71.2  0.000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3417  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 95 aa  70.5  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000905863  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  34.34 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5625  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000119733  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5601  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 95 aa  70.5  0.000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 		 131 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04067  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3793  ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00794169  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4733  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.387811  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4669  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0711098  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4751  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.502035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3813  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  33.04 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4761  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4671  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  35.11 
 
 		 118 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4444  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4659  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4809  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.16196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5716  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.394601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3546  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 95 aa  69.3  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 		 139 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3586  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 		 137 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0940753  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 		 131 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  33.93 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  33.93 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2216  ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 94 aa  68.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3064  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.234735  normal  0.218428 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1094  ribosomal protein S6  31.58 
 
 		 106 aa  68.6  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.380454  normal  0.02861 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  29.82 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  32.43 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  31.53 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  31.58 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  31.53 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>