More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3066 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  614  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  80 
 
 		 295 aa  510  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 320 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 295 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 320 aa  444  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 295 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  71.09 
 
 		 295 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 320 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  71.09 
 
 		 295 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  70.17 
 
 		 297 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  70.41 
 
 		 301 aa  436  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  70.85 
 
 		 309 aa  429  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  68.03 
 
 		 296 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.75 
 
 		 294 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 		 294 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.41 
 
 		 294 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.33 
 
 		 307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 311 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.81 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 311 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 295 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.11 
 
 		 293 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.29 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 		 320 aa  186  6e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3949  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.211824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.18 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.91 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  34.26 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 		 348 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 302 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.35 
 
 		 322 aa  171  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.4 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.4 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 		 329 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  33.57 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.68 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.95 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.18 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0669  transcriptional regulator LysR family  33.9 
 
 		 299 aa  169  6e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.4 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  168  9e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0596  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.26 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.327486 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004316  transcriptional regulator LysR family  32.98 
 
 		 293 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.610995  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0157  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000802537 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.24 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8482  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.736171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0176  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.175853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.05 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>