More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0588 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
327 aa  671    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.95 
 
 
304 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.28 
 
 
304 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.97 
 
 
304 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.42 
 
 
306 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  62.95 
 
 
304 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  64.38 
 
 
306 aa  394  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  63.4 
 
 
306 aa  391  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  61.76 
 
 
309 aa  390  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.54 
 
 
307 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.1 
 
 
307 aa  362  4e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  60.56 
 
 
301 aa  343  2e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1385  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.23 
 
 
306 aa  252  7e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00125626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3163  NAD dependent epimerase/dehydratase  42.23 
 
 
306 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1969  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.84 
 
 
306 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5752  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.39 
 
 
321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6116  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.39 
 
 
321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6598  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.06 
 
 
321 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456488 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.11 
 
 
333 aa  215  9e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.351702 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6087  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  37.95 
 
 
317 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.25518  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38 
 
 
314 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.13 
 
 
314 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB02230  conserved hypothetical protein  39.01 
 
 
303 aa  188  9e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0219255  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08032  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G02240)  36.73 
 
 
314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.019625  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.29 
 
 
308 aa  158  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.97 
 
 
300 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.21 
 
 
297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3414  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.83 
 
 
303 aa  139  6e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.8 
 
 
298 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1313  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.73 
 
 
276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.88 
 
 
293 aa  133  5e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.69 
 
 
293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.09 
 
 
281 aa  126  6e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.52 
 
 
298 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.93 
 
 
299 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.67 
 
 
305 aa  125  1e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.16 
 
 
285 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.23 
 
 
295 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
296 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.97 
 
 
296 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.45 
 
 
285 aa  122  6e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.88 
 
 
286 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.52 
 
 
285 aa  120  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.58 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.83 
 
 
278 aa  118  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.89 
 
 
288 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.51 
 
 
291 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.23 
 
 
294 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.96 
 
 
272 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.9 
 
 
281 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.41 
 
 
290 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.45 
 
 
294 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.39 
 
 
287 aa  115  8.999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.28 
 
 
296 aa  115  8.999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.16 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.21 
 
 
278 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.01 
 
 
294 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.93 
 
 
461 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0776  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.47 
 
 
295 aa  112  9e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.87 
 
 
295 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.42 
 
 
307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.12 
 
 
301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.67 
 
 
291 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.77 
 
 
298 aa  109  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.86 
 
 
285 aa  109  6e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.63 
 
 
270 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.85 
 
 
292 aa  108  9.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.48 
 
 
285 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.43 
 
 
291 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.23 
 
 
281 aa  107  3e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.12 
 
 
291 aa  107  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2331  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.75 
 
 
299 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00891805  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.1 
 
 
285 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2888  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.56 
 
 
291 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.124362  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.15 
 
 
287 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.39 
 
 
299 aa  105  9e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  28.67 
 
 
294 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  28.47 
 
 
294 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.42 
 
 
301 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3463  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.88 
 
 
294 aa  105  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.67 
 
 
284 aa  104  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.158917  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29 
 
 
280 aa  104  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.24 
 
 
294 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.515711 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01946  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase subunit, NAD(P)-binding, of dTDP-L-rhamnose synthase  28.93 
 
 
299 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.81 
 
 
284 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.97 
 
 
292 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01935  hypothetical protein  28.93 
 
 
299 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.34 
 
 
278 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.22 
 
 
283 aa  103  3e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4057  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.25 
 
 
297 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.558933 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.19 
 
 
297 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.67 
 
 
286 aa  103  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.14 
 
 
294 aa  103  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.47 
 
 
287 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.62 
 
 
294 aa  103  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1426  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.8 
 
 
288 aa  102  6e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.41063  hitchhiker  0.00349813 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.18 
 
 
280 aa  102  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.33 
 
 
306 aa  102  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.94 
 
 
287 aa  102  9e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1193  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.32 
 
 
299 aa  102  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.984118  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>