105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2533 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2533  sugar isomerase (SIS)  100 
 
 
386 aa  798    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2600  sugar isomerase (SIS)  98.45 
 
 
386 aa  785    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.792182  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2699  sugar isomerase (SIS)  97.93 
 
 
386 aa  783    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1196  phosphosugar isomerase  54.14 
 
 
397 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.570521 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3577  sugar isomerase (SIS)  46.92 
 
 
380 aa  324  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.311129  normal  0.344534 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0318  sugar isomerase (SIS)  43.98 
 
 
387 aa  311  1e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.500662  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3435  AgaS family sugar isomerase  45.43 
 
 
384 aa  311  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03003  tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase  45.43 
 
 
384 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0569  sugar isomerase, AgaS family  45.43 
 
 
384 aa  310  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117489  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3618  AgaS family sugar isomerase  45.43 
 
 
384 aa  310  2e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02954  hypothetical protein  45.43 
 
 
384 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3328  AgaS family sugar isomerase  45.43 
 
 
384 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0562  AgaS family sugar isomerase  45.43 
 
 
384 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4453  putative sugar isomerase, AgaS family  45.43 
 
 
384 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.24237  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2392  sugar isomerase, AgaS family  45.16 
 
 
384 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1904  tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase, putative  39.84 
 
 
395 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.767502  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1639  tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase  39.58 
 
 
395 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2578  sugar isomerase AgaS  43.98 
 
 
388 aa  303  4.0000000000000003e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.962598  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2108  putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase  39.48 
 
 
388 aa  292  7e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2961  putative sugar isomerase  39.64 
 
 
390 aa  287  2.9999999999999996e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2644  sugar isomerase domain-containing protein  39.38 
 
 
390 aa  285  1.0000000000000001e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0115  phosphosugar isomerase  39.64 
 
 
388 aa  282  6.000000000000001e-75  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  4.6706899999999995e-20 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0075  sugar isomerase (SIS)  39.32 
 
 
377 aa  280  3e-74  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3815  sugar isomerase (SIS)  38.8 
 
 
384 aa  270  4e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.994709  normal  0.536429 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3375  putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase AgaS  40.46 
 
 
388 aa  266  4e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.521298 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0941  putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase AgaS  40.52 
 
 
388 aa  264  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0993  AgaS family sugar isomerase  40.52 
 
 
388 aa  264  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.491243  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2758  sugar isomerase (SIS)  38.6 
 
 
376 aa  258  1e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1062  sugar isomerase (SIS)  37.86 
 
 
388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.316402  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0147  sugar isomerase (SIS)  34.39 
 
 
384 aa  248  1e-64  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1707  sugar isomerase (SIS)  39.89 
 
 
384 aa  243  3e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0665  sugar isomerase (SIS)  29.44 
 
 
400 aa  165  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0139  Glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  25.42 
 
 
354 aa  79  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4761  sugar isomerase (SIS)  28.06 
 
 
317 aa  71.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5362  sugar isomerase (SIS)  28.51 
 
 
317 aa  66.2  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.56285 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0693  sugar isomerase (SIS)  28.99 
 
 
302 aa  61.2  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3243  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  26.09 
 
 
620 aa  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0185472  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5899  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  24.14 
 
 
639 aa  50.4  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0113  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  21.64 
 
 
330 aa  50.4  0.00005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3290  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  25.17 
 
 
602 aa  50.4  0.00005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1553  sugar isomerase (SIS)  23.62 
 
 
309 aa  49.7  0.00008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.119273  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0115  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  21.93 
 
 
330 aa  49.7  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2658  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  24.38 
 
 
612 aa  49.3  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241068  normal  0.144051 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4464  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  24.93 
 
 
612 aa  48.5  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.582003  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0832  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  23.2 
 
 
353 aa  48.1  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1517  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.53 
 
 
608 aa  47.8  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0607297 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01415  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.09 
 
 
615 aa  47.8  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.411178  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0323  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.21 
 
 
586 aa  48.1  0.0003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3839  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  47.8  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251004 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4166  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.2 
 
 
608 aa  47.4  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2822  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.85 
 
 
610 aa  47.4  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4598  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.6 
 
 
606 aa  47.4  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3948  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  26.32 
 
 
614 aa  47  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0194112  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001643  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing)  24.33 
 
 
610 aa  47  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0244363  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0252  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  23.46 
 
 
580 aa  46.6  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0822  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.28 
 
 
616 aa  46.6  0.0008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0379  sugar isomerase (SIS)  28.14 
 
 
329 aa  46.2  0.0009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4463  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  25.14 
 
 
609 aa  46.2  0.0009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1727  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.36 
 
 
599 aa  45.8  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.20079  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0039  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.06 
 
 
610 aa  46.2  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0992  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.36 
 
 
599 aa  46.2  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.237004  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4892  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.54 
 
 
609 aa  45.8  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.664271  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2741  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.97 
 
 
611 aa  45.1  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.214537 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3743  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  45.1  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3639  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.32 
 
 
609 aa  45.4  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000255668  normal  0.139839 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4361  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.284496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3951  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  45.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.101747  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4481  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  45.1  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000322632 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0808  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.97 
 
 
609 aa  45.1  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03884  Glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase  26.21 
 
 
610 aa  45.1  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1372  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.26 
 
 
613 aa  45.1  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.742215  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4741  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  44.7  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3920  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.121785  normal  0.0336662 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4012  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0405163  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4125  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.513895  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1512  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.81 
 
 
609 aa  44.3  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1433  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  21.53 
 
 
611 aa  44.7  0.003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000916025 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1005  sugar isomerase (SIS)  29.85 
 
 
336 aa  43.9  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4040  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.59 
 
 
609 aa  44.3  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0641  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.76 
 
 
636 aa  43.9  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325267  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4602  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.67 
 
 
616 aa  43.9  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0121  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.06 
 
 
609 aa  43.9  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000396759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4360  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0471215  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4234  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.64 
 
 
609 aa  43.9  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.235934  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4502  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.782513  normal  0.138544 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1676  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.77 
 
 
604 aa  43.9  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4305  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.07 
 
 
609 aa  44.3  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.312496  hitchhiker  0.000000000243426 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4559  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.26 
 
 
613 aa  44.3  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.313422  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4036  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.66 
 
 
629 aa  43.9  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.529211 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5170  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  26.26 
 
 
609 aa  43.9  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000225496  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0125  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.73 
 
 
614 aa  43.9  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0620  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.76 
 
 
636 aa  43.9  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0270  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.77 
 
 
609 aa  43.5  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0772  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  24.34 
 
 
608 aa  43.5  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.900207  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00831  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.23 
 
 
610 aa  43.5  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1001  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  24.92 
 
 
626 aa  43.5  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0131  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.79 
 
 
612 aa  43.5  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.533815  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2618  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.37 
 
 
608 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00120627 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5427  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.45 
 
 
611 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15944  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1910  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.7 
 
 
608 aa  43.1  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0701162  normal  0.896342 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>