135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1062 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1062  sugar isomerase (SIS)  100 
 
 
388 aa  796    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.316402  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0115  phosphosugar isomerase  56.41 
 
 
388 aa  441  9.999999999999999e-123  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  4.6706899999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2108  putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase  55.04 
 
 
388 aa  429  1e-119  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0075  sugar isomerase (SIS)  48.39 
 
 
377 aa  330  2e-89  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1639  tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase  40.71 
 
 
395 aa  295  8e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1904  tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase, putative  40.71 
 
 
395 aa  295  1e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.767502  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2961  putative sugar isomerase  40.81 
 
 
390 aa  281  2e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2644  sugar isomerase domain-containing protein  40.05 
 
 
390 aa  276  6e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3577  sugar isomerase (SIS)  42.25 
 
 
380 aa  263  4e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.311129  normal  0.344534 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2392  sugar isomerase, AgaS family  43.73 
 
 
384 aa  263  4.999999999999999e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03003  tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase  41.73 
 
 
384 aa  256  7e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3618  AgaS family sugar isomerase  41.73 
 
 
384 aa  256  7e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02954  hypothetical protein  41.73 
 
 
384 aa  256  7e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2600  sugar isomerase (SIS)  37.6 
 
 
386 aa  255  8e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.792182  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0569  sugar isomerase, AgaS family  41.47 
 
 
384 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.117489  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3328  AgaS family sugar isomerase  41.47 
 
 
384 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0562  AgaS family sugar isomerase  41.47 
 
 
384 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3435  AgaS family sugar isomerase  41.73 
 
 
384 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2533  sugar isomerase (SIS)  37.86 
 
 
386 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2699  sugar isomerase (SIS)  36.98 
 
 
386 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0147  sugar isomerase (SIS)  37.83 
 
 
384 aa  253  5.000000000000001e-66  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2578  sugar isomerase AgaS  38.77 
 
 
388 aa  250  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.962598  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4453  putative sugar isomerase, AgaS family  40.94 
 
 
384 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.24237  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0318  sugar isomerase (SIS)  38.6 
 
 
387 aa  249  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.500662  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2758  sugar isomerase (SIS)  39.26 
 
 
376 aa  247  3e-64  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3375  putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase AgaS  40 
 
 
388 aa  243  3.9999999999999997e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.521298 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0941  putative tagatose-6-phosphate ketose/aldose isomerase AgaS  40.55 
 
 
388 aa  243  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0993  AgaS family sugar isomerase  40.55 
 
 
388 aa  243  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.491243  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1196  phosphosugar isomerase  35.19 
 
 
397 aa  229  5e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.570521 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3815  sugar isomerase (SIS)  38.36 
 
 
384 aa  226  7e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.994709  normal  0.536429 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1707  sugar isomerase (SIS)  33.76 
 
 
384 aa  206  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0665  sugar isomerase (SIS)  29.49 
 
 
400 aa  172  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0115  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  27.4 
 
 
330 aa  71.2  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0113  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  27.4 
 
 
330 aa  69.3  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0139  Glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  24.05 
 
 
354 aa  68.2  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4761  sugar isomerase (SIS)  26.8 
 
 
317 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5362  sugar isomerase (SIS)  25.83 
 
 
317 aa  60.8  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.56285 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1238  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  25.96 
 
 
613 aa  60.5  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.851914  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4418  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  23.26 
 
 
607 aa  59.7  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.442755  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16620  predicted phosphosugar isomerase  26.32 
 
 
294 aa  57  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.816556  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1709  sugar isomerase (SIS)  25.42 
 
 
305 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0582  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.32 
 
 
607 aa  55.1  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0623132  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0547  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.32 
 
 
607 aa  55.1  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00123836  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5427  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.35 
 
 
611 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15944  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5508  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  23.8 
 
 
608 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.301702 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3539  sugar isomerase (SIS)  27.11 
 
 
310 aa  53.5  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.632744  normal  0.722718 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1517  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.87 
 
 
608 aa  53.1  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0607297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2418  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  24.42 
 
 
608 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.316108  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1357  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  23.45 
 
 
591 aa  53.1  0.000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0104  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.04 
 
 
609 aa  51.2  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000521795  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1512  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.12 
 
 
609 aa  51.2  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0125  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.04 
 
 
614 aa  51.2  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5196  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.43 
 
 
611 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.118188  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5409  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.08 
 
 
611 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.323982  hitchhiker  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5291  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.08 
 
 
611 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.268199  normal  0.456401 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3643  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.22 
 
 
607 aa  50.4  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.317971  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0270  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.48 
 
 
609 aa  50.4  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2618  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.53 
 
 
608 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00120627 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4166  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.49 
 
 
608 aa  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6211  sugar isomerase (SIS)  24.36 
 
 
289 aa  50.1  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0562474  normal  0.429531 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3375  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  23.95 
 
 
608 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2934  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.49 
 
 
608 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.729718  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2676  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.95 
 
 
622 aa  49.7  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2502  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.11 
 
 
603 aa  49.7  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0810967  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2606  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.86 
 
 
608 aa  49.7  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.659057  normal  0.799621 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5726  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.01 
 
 
610 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2854  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  24.18 
 
 
608 aa  48.9  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1164  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.11 
 
 
603 aa  49.7  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402042  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5803  sugar isomerase (SIS)  26.5 
 
 
300 aa  49.3  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0306872 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3931  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  25.91 
 
 
607 aa  48.9  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2057  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.67 
 
 
608 aa  48.5  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.776595  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0428  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.14 
 
 
603 aa  48.9  0.0002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2017  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  26.11 
 
 
603 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.851837  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4602  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  21.35 
 
 
616 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0039  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.1 
 
 
610 aa  48.5  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1826  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  24.33 
 
 
608 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00831  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.16 
 
 
610 aa  48.1  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0808  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.86 
 
 
609 aa  48.5  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0085  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.6 
 
 
611 aa  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.800313  normal  0.506708 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0379  sugar isomerase (SIS)  24.53 
 
 
329 aa  47.8  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001643  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase (isomerizing)  23.16 
 
 
610 aa  47.4  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0244363  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4694  sugar isomerase (SIS)  41.27 
 
 
304 aa  47.4  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0605238  normal  0.835328 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4266  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  25.89 
 
 
607 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4100  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  25.89 
 
 
607 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2580  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  27.84 
 
 
610 aa  47.4  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3423  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  25.89 
 
 
607 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2624  glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  24.74 
 
 
343 aa  47  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2453  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  22.39 
 
 
606 aa  47  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.633572  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0288  sugar isomerase (SIS)  25.55 
 
 
309 aa  47.4  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.519548 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1553  sugar isomerase (SIS)  23.48 
 
 
309 aa  47  0.0005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.119273  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1910  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  22.46 
 
 
608 aa  47.4  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0701162  normal  0.896342 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3041  glutamine-fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  26.56 
 
 
350 aa  47  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0238474  hitchhiker  0.000203733 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0727  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.14 
 
 
602 aa  46.6  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0400  Glutamine--fructose-6-phosphate transaminase (isomerizing)  26.67 
 
 
347 aa  46.6  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0121  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  23.18 
 
 
609 aa  46.2  0.0009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000396759  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0015  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  26.55 
 
 
610 aa  45.8  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29300  glutamine--fructose-6-phosphate transaminase  26.69 
 
 
621 aa  45.8  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1778  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  25.61 
 
 
602 aa  45.8  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.285931  normal  0.0291099 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0247  sugar isomerase (SIS)  42.86 
 
 
309 aa  46.2  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.670776  normal  0.203514 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2361  sugar isomerase (SIS)  45.61 
 
 
295 aa  45.8  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.176802 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>