100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2169 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2169  hypothetical protein  100 
 
 		 309 aa  636    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.199565 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  28.52 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  28.29 
 
 		 310 aa  125  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  28.29 
 
 		 310 aa  125  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  28.29 
 
 		 310 aa  125  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  28.39 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  27.63 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  28.62 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  26.69 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  26.77 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  27.83 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  27.83 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  27.83 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  27.83 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  27.83 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  27.96 
 
 		 310 aa  123  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  27.18 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  26.3 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  27.21 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  28.25 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  27.97 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  27.97 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  26.05 
 
 		 294 aa  112  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  26.23 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  25.24 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  26.71 
 
 		 298 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  26.67 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  26.67 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  26.67 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  26.67 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  26.67 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  26.67 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  26.67 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  26.35 
 
 		 315 aa  99.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  26.35 
 
 		 315 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  26.35 
 
 		 315 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  26.35 
 
 		 315 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  26.35 
 
 		 315 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  23.95 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  26.03 
 
 		 316 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  23.95 
 
 		 291 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  24.03 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  25.71 
 
 		 316 aa  96.3  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  25.16 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  25.56 
 
 		 320 aa  91.7  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  25.84 
 
 		 315 aa  90.9  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  24.05 
 
 		 315 aa  89.7  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  26.63 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  26.63 
 
 		 318 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  24.76 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  26.43 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  26.11 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  26.5 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  23.79 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  22.51 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  24.38 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  23.32 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  24.17 
 
 		 302 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  24.36 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  20.65 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  22.44 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  21.3 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  21.07 
 
 		 293 aa  60.5  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  22.44 
 
 		 287 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  20.95 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  23.64 
 
 		 287 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  21.61 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  22.01 
 
 		 287 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  21.07 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  20.45 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  21.15 
 
 		 287 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  20.19 
 
 		 287 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  24.59 
 
 		 287 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  21.36 
 
 		 297 aa  55.8  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  23.2 
 
 		 287 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  20.45 
 
 		 298 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  21.88 
 
 		 307 aa  49.3  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  22.87 
 
 		 308 aa  48.5  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  19.66 
 
 		 315 aa  47.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  21.71 
 
 		 299 aa  47.4  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3070  hypothetical protein  34.85 
 
 		 300 aa  45.4  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  18.33 
 
 		 315 aa  45.4  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1573  UspA domain protein  24.14 
 
 		 149 aa  45.8  0.001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  20.44 
 
 		 289 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2992  hypothetical protein  26.12 
 
 		 148 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.485783  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0169  hypothetical protein  34.29 
 
 		 151 aa  44.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3036  UspA domain-containing protein  26.12 
 
 		 148 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.258477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3007  UspA domain-containing protein  26.12 
 
 		 148 aa  44.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.015244 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  20.36 
 
 		 320 aa  44.7  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0607  putative universal stress-related protein  26.92 
 
 		 155 aa  43.9  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.135512 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3141  hypothetical protein  38.6 
 
 		 297 aa  43.9  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2660  hypothetical protein  20.45 
 
 		 288 aa  43.5  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.82122  normal  0.708398 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4273  UspA domain protein  25 
 
 		 155 aa  43.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.664066 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5116  UspA domain protein  35 
 
 		 231 aa  43.1  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3294  universal stress protein  20.39 
 
 		 296 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.949607  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  24.44 
 
 		 145 aa  42.4  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  21.35 
 
 		 318 aa  42.7  0.009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  21.11 
 
 		 293 aa  42.4  0.009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3551  UspA domain-containing protein  27.01 
 
 		 147 aa  42.7  0.009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.161738 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0592  UspA domain protein  24.83 
 
 		 139 aa  42.4  0.009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  hitchhiker  0.000217039  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>