More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0604 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.9 
 
 		 515 aa  644    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.14 
 
 		 578 aa  659    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  66.03 
 
 		 535 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.84 
 
 		 525 aa  644    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.61 
 
 		 550 aa  651    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  74.19 
 
 		 494 aa  672    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.71 
 
 		 526 aa  642    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 		 491 aa  993    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  71.16 
 
 		 513 aa  677    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.84 
 
 		 525 aa  646    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  72.63 
 
 		 549 aa  649    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  72.31 
 
 		 549 aa  645    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  73.24 
 
 		 511 aa  694    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.64 
 
 		 477 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  63.16 
 
 		 496 aa  609  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2135  DEAD/DEAH box helicase-like  69.43 
 
 		 435 aa  609  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06483  hypothetical protein  62.48 
 
 		 527 aa  600  1e-170  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  68.1 
 
 		 445 aa  591  1e-168  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  63.98 
 
 		 495 aa  591  1e-167  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000619  ATP-dependent RNA helicase RhlE  60.96 
 
 		 522 aa  589  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0985  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  64.02 
 
 		 463 aa  585  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1024  ATP-dependent RNA helicase RhlE  74.29 
 
 		 451 aa  586  1e-166  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  60.98 
 
 		 533 aa  586  1e-166  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  72.73 
 
 		 452 aa  584  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  63.3 
 
 		 516 aa  569  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  73.68 
 
 		 429 aa  570  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.15 
 
 		 443 aa  565  1e-160  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01497  ATP-dependent RNA helicase RhlE  59.96 
 
 		 480 aa  555  1e-157  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1125  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  66.11 
 
 		 466 aa  544  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  59.21 
 
 		 540 aa  523  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  58.37 
 
 		 476 aa  520  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  57.69 
 
 		 462 aa  519  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  59.7 
 
 		 543 aa  520  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  61.98 
 
 		 540 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.02 
 
 		 455 aa  518  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  66.49 
 
 		 506 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  67.62 
 
 		 565 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  59.31 
 
 		 515 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.67 
 
 		 560 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  60.59 
 
 		 477 aa  513  1e-144  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  66.14 
 
 		 454 aa  510  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.14 
 
 		 454 aa  510  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  67.2 
 
 		 522 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  66.4 
 
 		 452 aa  509  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  66.14 
 
 		 455 aa  510  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  66.14 
 
 		 453 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  66.14 
 
 		 453 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  66.14 
 
 		 454 aa  510  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  66.14 
 
 		 454 aa  510  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  66.14 
 
 		 453 aa  510  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  66.14 
 
 		 454 aa  511  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  66.14 
 
 		 454 aa  510  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  66.14 
 
 		 454 aa  510  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  66.14 
 
 		 453 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  66.14 
 
 		 453 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  65.54 
 
 		 484 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  63.66 
 
 		 456 aa  508  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  60.51 
 
 		 398 aa  506  9.999999999999999e-143  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.07 
 
 		 479 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  57.72 
 
 		 515 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  57.72 
 
 		 515 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.87 
 
 		 454 aa  508  9.999999999999999e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.49 
 
 		 480 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.96 
 
 		 486 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.7 
 
 		 485 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.96 
 
 		 486 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  65.7 
 
 		 485 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  65.7 
 
 		 485 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  65.7 
 
 		 485 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  65.7 
 
 		 485 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  65.96 
 
 		 486 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  65.96 
 
 		 480 aa  504  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.53 
 
 		 479 aa  498  1e-140  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.57 
 
 		 471 aa  499  1e-140  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  66.32 
 
 		 453 aa  500  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.18 
 
 		 488 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.78 
 
 		 426 aa  497  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  58.6 
 
 		 425 aa  496  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  65.17 
 
 		 482 aa  498  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2810  ATP-dependent RNA helicase RhlE  59.25 
 
 		 451 aa  498  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2898  ATP-dependent RNA helicase RhlE  59.25 
 
 		 451 aa  498  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  56.78 
 
 		 477 aa  494  9.999999999999999e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1798  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.4 
 
 		 599 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164038 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4757  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.16 
 
 		 581 aa  490  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  65.67 
 
 		 473 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  54.91 
 
 		 635 aa  485  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  62.63 
 
 		 574 aa  486  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3682  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.16 
 
 		 601 aa  487  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  54.55 
 
 		 639 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  62.83 
 
 		 418 aa  483  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.83 
 
 		 418 aa  483  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2609  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.58 
 
 		 577 aa  483  1e-135  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1199  DEAD/DEAH box helicase domain protein  61.58 
 
 		 578 aa  483  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2902  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.58 
 
 		 598 aa  479  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368123 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.37 
 
 		 628 aa  480  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.01 
 
 		 571 aa  478  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0304  hypothetical protein  60.21 
 
 		 414 aa  476  1e-133  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.94 
 
 		 629 aa  478  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  61.48 
 
 		 579 aa  475  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.96 
 
 		 626 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>