More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_22180 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_22180  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  100 
 
 
432 aa  889  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000141857  normal  0.0200421 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1177  DNA-directed DNA polymerase  59.76 
 
 
448 aa  500  1e-140  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.515065  normal  0.177083 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1670  DNA-directed DNA polymerase  45.71 
 
 
419 aa  382  1e-105  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  9.99976e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2007  UMUC domain protein DNA-repair protein  45.95 
 
 
413 aa  372  1e-101  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.470929  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2083  DNA-directed DNA polymerase  47.39 
 
 
399 aa  366  1e-100  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.968018  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2316  DNA-directed DNA polymerase  44.29 
 
 
411 aa  356  4e-97  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0224  DNA-directed DNA polymerase  45.92 
 
 
413 aa  337  3e-91  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  37.13 
 
 
395 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2727  DNA-directed DNA polymerase  35.32 
 
 
400 aa  238  2e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115509  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3921  DNA-directed DNA polymerase  33.75 
 
 
432 aa  233  5e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.019973  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  36.06 
 
 
409 aa  233  6e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  34.24 
 
 
399 aa  227  3e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  1.31963e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  37.09 
 
 
395 aa  227  4e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1154  DNA-directed DNA polymerase  35.82 
 
 
417 aa  227  4e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.7173e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  36.02 
 
 
400 aa  220  4e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  35.41 
 
 
423 aa  217  3e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  32.13 
 
 
409 aa  213  4e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  36.04 
 
 
410 aa  213  4e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  35.26 
 
 
411 aa  213  6e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  36.44 
 
 
408 aa  213  7e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  32.57 
 
 
410 aa  212  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  34.05 
 
 
371 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  35.2 
 
 
407 aa  209  7e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  34.5 
 
 
414 aa  209  7e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  36.18 
 
 
409 aa  209  8e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  34.26 
 
 
409 aa  207  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  33.7 
 
 
414 aa  201  2e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  33.25 
 
 
412 aa  201  3e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0282  DNA-directed DNA polymerase  33.15 
 
 
421 aa  200  4e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  36.29 
 
 
380 aa  199  6e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  33.16 
 
 
413 aa  199  1e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  34.42 
 
 
369 aa  196  7e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  7.22148e-10  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2364  DNA-directed DNA polymerase  35.16 
 
 
409 aa  196  8e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.259486  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4166  DNA polymerase IV  32.83 
 
 
412 aa  194  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4366  DNA polymerase IV  32.83 
 
 
412 aa  194  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3889  DNA polymerase IV  32.83 
 
 
412 aa  194  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4051  DNA polymerase IV  32.83 
 
 
412 aa  194  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0979  DNA polymerase IV  31.39 
 
 
412 aa  193  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4256  DNA polymerase IV  31.31 
 
 
412 aa  194  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0566938  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3897  DNA polymerase IV  32.83 
 
 
412 aa  193  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2840  DNA polymerase IV  32.41 
 
 
412 aa  193  5e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.527026  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  31.96 
 
 
412 aa  193  5e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  37.6 
 
 
378 aa  192  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  32.92 
 
 
391 aa  191  2e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  35.41 
 
 
419 aa  191  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  35.1 
 
 
419 aa  191  2e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4277  DNA polymerase IV  31.96 
 
 
412 aa  190  4e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.727972  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  33.17 
 
 
390 aa  190  4e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  37.01 
 
 
381 aa  189  6e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  35.25 
 
 
356 aa  188  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  35.39 
 
 
355 aa  188  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  33.24 
 
 
371 aa  188  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  32.01 
 
 
408 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  35.75 
 
 
363 aa  187  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  33.81 
 
 
372 aa  185  1e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  35.04 
 
 
359 aa  185  1e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  35.57 
 
 
354 aa  185  1e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  31.93 
 
 
390 aa  184  2e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  36.25 
 
 
409 aa  184  3e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  35.51 
 
 
385 aa  183  6e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  36.31 
 
 
359 aa  182  7e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  36.86 
 
 
359 aa  182  9e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  32.82 
 
 
384 aa  181  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  31.71 
 
 
425 aa  179  6e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  34.43 
 
 
359 aa  179  6e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  30.61 
 
 
393 aa  179  9e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  32.23 
 
 
385 aa  179  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  37.31 
 
 
363 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  29.12 
 
 
453 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  34.65 
 
 
373 aa  177  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  34.39 
 
 
378 aa  178  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  33.52 
 
 
368 aa  177  3e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  31.55 
 
 
424 aa  177  3e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  38.31 
 
 
373 aa  177  3e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  30.15 
 
 
445 aa  176  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  30.15 
 
 
445 aa  176  9e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  33.5 
 
 
410 aa  175  2e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  33.71 
 
 
396 aa  174  2e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  32.49 
 
 
425 aa  174  2e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  29.68 
 
 
389 aa  175  2e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  35.8 
 
 
365 aa  174  3e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  32.49 
 
 
360 aa  174  3e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5685  DNA polymerase IV  30.98 
 
 
424 aa  173  7e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273553 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  32.6 
 
 
375 aa  173  7e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  33.96 
 
 
466 aa  172  7e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 
397 aa  172  8e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3810  DNA polymerase IV  34.34 
 
 
428 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0803828  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  32.05 
 
 
399 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  30.65 
 
 
435 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  32.39 
 
 
357 aa  171  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  30.77 
 
 
364 aa  171  3e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.17 
 
 
407 aa  170  4e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  31.78 
 
 
418 aa  169  6e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  32.69 
 
 
418 aa  169  7e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  31 
 
 
419 aa  169  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  29.41 
 
 
431 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  31.55 
 
 
386 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  32.1 
 
 
357 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  28.5 
 
 
425 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  32.97 
 
 
356 aa  167  3e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>