More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2858 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  96.77 
 
 		 526 aa  952    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  96.77 
 
 		 526 aa  952    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  96.77 
 
 		 526 aa  952    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  100 
 
 		 517 aa  1025    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  96.58 
 
 		 526 aa  942    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  97.31 
 
 		 521 aa  947    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  96.96 
 
 		 526 aa  953    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  96.96 
 
 		 526 aa  953    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  70.18 
 
 		 553 aa  628  1e-179  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  70.06 
 
 		 538 aa  617  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  55.78 
 
 		 512 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  52.7 
 
 		 495 aa  499  1e-140  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  48.05 
 
 		 533 aa  463  1e-129  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.37 
 
 		 495 aa  348  2e-94  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  41.24 
 
 		 489 aa  330  5.0000000000000004e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  39.33 
 
 		 491 aa  329  7e-89  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  39.14 
 
 		 493 aa  324  2e-87  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.65 
 
 		 489 aa  318  1e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  40.84 
 
 		 499 aa  312  1e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  42.36 
 
 		 491 aa  311  2e-83  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  40.62 
 
 		 484 aa  305  9.000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  37.05 
 
 		 480 aa  301  2e-80  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  38.98 
 
 		 487 aa  296  9e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  40.17 
 
 		 484 aa  295  2e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  40.54 
 
 		 486 aa  294  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  38.52 
 
 		 483 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  43.09 
 
 		 486 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  43.86 
 
 		 488 aa  288  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  41.85 
 
 		 463 aa  288  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  44.24 
 
 		 484 aa  288  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  41.57 
 
 		 486 aa  286  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  41.57 
 
 		 486 aa  286  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  41.57 
 
 		 486 aa  286  9e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  42.54 
 
 		 486 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  41.78 
 
 		 482 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  42.01 
 
 		 493 aa  282  1e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  39.69 
 
 		 486 aa  282  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  38.97 
 
 		 483 aa  279  8e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  37.04 
 
 		 483 aa  279  8e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  36.45 
 
 		 491 aa  278  1e-73  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  40.45 
 
 		 484 aa  278  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  40.45 
 
 		 484 aa  278  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  41.03 
 
 		 481 aa  263  6e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  36.68 
 
 		 477 aa  250  5e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  39.09 
 
 		 470 aa  249  8e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.71 
 
 		 537 aa  245  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  38.58 
 
 		 506 aa  243  7.999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  42.06 
 
 		 492 aa  241  2.9999999999999997e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  40 
 
 		 531 aa  237  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.93 
 
 		 477 aa  229  6e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  36.76 
 
 		 477 aa  229  7e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  42.98 
 
 		 483 aa  228  2e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  42.98 
 
 		 483 aa  228  2e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.66 
 
 		 477 aa  227  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  39.33 
 
 		 497 aa  224  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  37.07 
 
 		 478 aa  224  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  41.57 
 
 		 428 aa  223  6e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  41.52 
 
 		 512 aa  223  7e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  38.72 
 
 		 488 aa  218  2e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  36.46 
 
 		 476 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  36.46 
 
 		 476 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  35.73 
 
 		 476 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.32 
 
 		 477 aa  210  4e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.72 
 
 		 478 aa  210  6e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  35.92 
 
 		 479 aa  201  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  34.95 
 
 		 477 aa  200  6e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  35.1 
 
 		 499 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  36.47 
 
 		 478 aa  196  9e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  35.38 
 
 		 460 aa  195  2e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  34.97 
 
 		 493 aa  190  7e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  46.4 
 
 		 572 aa  183  8.000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  34.18 
 
 		 494 aa  180  4.999999999999999e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.19 
 
 		 440 aa  176  9.999999999999999e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  31.08 
 
 		 646 aa  172  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  35.54 
 
 		 748 aa  168  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  32.15 
 
 		 489 aa  167  4e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  34.98 
 
 		 662 aa  167  5e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  37.46 
 
 		 737 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  34.27 
 
 		 669 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2459  NADH dehydrogenase (quinone)  30.47 
 
 		 480 aa  164  4.0000000000000004e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.38611  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  31.58 
 
 		 672 aa  162  1e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  31.36 
 
 		 431 aa  159  1e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  35.96 
 
 		 666 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  31.54 
 
 		 662 aa  158  3e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  33.75 
 
 		 1245 aa  157  6e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  28.46 
 
 		 499 aa  156  7e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  35.96 
 
 		 666 aa  156  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0776  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.73 
 
 		 448 aa  155  1e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.986701  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  33.05 
 
 		 1265 aa  155  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  32.9 
 
 		 671 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  31.9 
 
 		 669 aa  154  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  33.13 
 
 		 650 aa  154  5e-36  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  31.47 
 
 		 501 aa  153  7e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  29.84 
 
 		 1265 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  32.11 
 
 		 669 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  29.32 
 
 		 644 aa  151  2e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  34.72 
 
 		 674 aa  151  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  36.42 
 
 		 665 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.43 
 
 		 661 aa  150  4e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  34.03 
 
 		 674 aa  150  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>