146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1250 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  46.62 
 
 		 783 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  46.67 
 
 		 783 aa  659    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3539  DNA-directed DNA polymerase  46.54 
 
 		 783 aa  657    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  43.27 
 
 		 789 aa  642    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  46.28 
 
 		 786 aa  638    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  54.22 
 
 		 808 aa  851    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  46.47 
 
 		 786 aa  639    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  43.63 
 
 		 787 aa  638    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3734  DNA polymerase II  46.48 
 
 		 787 aa  652    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  46.18 
 
 		 793 aa  658    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0104  DNA polymerase II  46.79 
 
 		 783 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  58.88 
 
 		 807 aa  929    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  44.14 
 
 		 794 aa  650    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  54.01 
 
 		 821 aa  861    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  46.1 
 
 		 789 aa  651    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  46.18 
 
 		 794 aa  653    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  44.05 
 
 		 786 aa  635    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  56.42 
 
 		 810 aa  886    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  56.53 
 
 		 810 aa  889    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2629  DNA polymerase II  55.71 
 
 		 792 aa  872    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.085046  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  46.29 
 
 		 788 aa  656    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  46.18 
 
 		 794 aa  653    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  55.84 
 
 		 810 aa  876    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  55.32 
 
 		 809 aa  881    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  100 
 
 		 801 aa  1652    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  46.4 
 
 		 783 aa  646    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  46.42 
 
 		 783 aa  655    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0065  DNA polymerase II  46.35 
 
 		 783 aa  654    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  46.16 
 
 		 783 aa  652    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  55.67 
 
 		 809 aa  881    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  46.06 
 
 		 794 aa  657    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333031 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2482  DNA polymerase II  56.33 
 
 		 795 aa  877    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.205655  hitchhiker  0.00219855 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0607  DNA polymerase II  46.89 
 
 		 820 aa  650    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.427603  normal  0.519282 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  55.16 
 
 		 797 aa  871    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  46.67 
 
 		 783 aa  659    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  45.45 
 
 		 787 aa  673    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  46.35 
 
 		 786 aa  641    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  55.57 
 
 		 809 aa  883    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  46.21 
 
 		 789 aa  637    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  45.97 
 
 		 788 aa  652    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  44.6 
 
 		 816 aa  662    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0064  DNA polymerase II  46.42 
 
 		 783 aa  656    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.406876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0062  DNA polymerase II  46.54 
 
 		 783 aa  655    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00931565  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  58.94 
 
 		 793 aa  927    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  59.32 
 
 		 799 aa  944    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  46.53 
 
 		 783 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  55.45 
 
 		 809 aa  881    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  46.55 
 
 		 791 aa  653    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  46.08 
 
 		 789 aa  635    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  46.79 
 
 		 786 aa  645    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  46.08 
 
 		 789 aa  635    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3597  DNA polymerase II  46.54 
 
 		 783 aa  657    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000326268 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  46 
 
 		 792 aa  632  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  45.72 
 
 		 788 aa  634  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  45.61 
 
 		 791 aa  630  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  45.6 
 
 		 787 aa  629  1e-179  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  46.48 
 
 		 790 aa  630  1e-179  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  45.04 
 
 		 787 aa  626  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  46.05 
 
 		 787 aa  628  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  44.12 
 
 		 809 aa  626  1e-178  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  45.33 
 
 		 816 aa  623  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  46.24 
 
 		 788 aa  621  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  46.83 
 
 		 786 aa  618  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  45.81 
 
 		 787 aa  617  1e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  46.31 
 
 		 790 aa  613  9.999999999999999e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  41.38 
 
 		 818 aa  599  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  45.44 
 
 		 788 aa  598  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  44.06 
 
 		 788 aa  594  1e-168  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6015  DNA polymerase II  42.08 
 
 		 795 aa  569  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  41.38 
 
 		 790 aa  563  1.0000000000000001e-159  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  40.03 
 
 		 782 aa  523  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4180  DNA polymerase II  47.73 
 
 		 270 aa  241  5e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.461299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1499  DNA-directed DNA polymerase  27.34 
 
 		 912 aa  171  3e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  27.69 
 
 		 784 aa  170  8e-41  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  28.22 
 
 		 786 aa  169  1e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0375  DNA polymerase B region  30.28 
 
 		 1353 aa  164  9e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  27.42 
 
 		 781 aa  161  5e-38  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1156  DNA polymerase B region  26.5 
 
 		 818 aa  159  2e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.809491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  25.75 
 
 		 785 aa  158  4e-37  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0798  DNA polymerase B region  26.49 
 
 		 812 aa  155  4e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.189737  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1740  DNA polymerase B region  26.92 
 
 		 795 aa  153  1e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.883106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  28.09 
 
 		 783 aa  151  4e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0616  hypothetical protein  28.22 
 
 		 796 aa  150  9e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  26.32 
 
 		 794 aa  144  6e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0177  DNA polymerase B region  26.57 
 
 		 929 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  25.94 
 
 		 784 aa  142  3e-32  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  27.72 
 
 		 1058 aa  136  1.9999999999999998e-30  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1108  DNA polymerase B region  24.92 
 
 		 821 aa  135  3e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.42537  normal  0.497226 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  24.65 
 
 		 780 aa  134  6.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  24.29 
 
 		 780 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  25.32 
 
 		 810 aa  132  3e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  25.33 
 
 		 781 aa  132  3e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  26.66 
 
 		 982 aa  130  8.000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  25.94 
 
 		 941 aa  130  9.000000000000001e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  25.84 
 
 		 783 aa  130  9.000000000000001e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  24.29 
 
 		 910 aa  127  7e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07325  catalytic subunit of DNA polymerase delta (Eurofung)  26.72 
 
 		 1044 aa  127  1e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  25.83 
 
 		 932 aa  126  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  24.88 
 
 		 811 aa  127  1e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63206  DNA polymerase delta catalytic subunit (DNA polymerase III)  25.18 
 
 		 1070 aa  123  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.442314 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>