226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0535 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0535  hypothetical protein  100 
 
 		 331 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3832  permease  94.26 
 
 		 331 aa  609  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3958  permease  93.96 
 
 		 331 aa  607  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0492  permease  93.66 
 
 		 331 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0534  permease  92.45 
 
 		 331 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3776  permease  93.05 
 
 		 331 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3497  permease  92.15 
 
 		 331 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3190  permease  78.98 
 
 		 335 aa  536  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1725  permease  77.78 
 
 		 337 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1221  permease  72.89 
 
 		 332 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3357  putative permease  78.25 
 
 		 336 aa  502  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.138974  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2333  permease  72.89 
 
 		 332 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.685877  normal  0.0887616 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3818  permease  72.89 
 
 		 332 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1828  permease  72.78 
 
 		 330 aa  468  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.22223  normal  0.735803 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1810  permease  69.85 
 
 		 328 aa  437  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0486  permease  68.77 
 
 		 338 aa  433  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0589  permease  64.95 
 
 		 332 aa  418  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1442  permease  57.36 
 
 		 371 aa  351  8e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1870  permease  49.85 
 
 		 319 aa  320  3e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.788351  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0110  permease  47.38 
 
 		 321 aa  298  7e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1427  putative permease  47.2 
 
 		 322 aa  294  1e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0153  hypothetical protein  46.54 
 
 		 323 aa  286  4e-76  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3673  permease  43.83 
 
 		 351 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1707  permease  42.77 
 
 		 352 aa  282  7.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3647  permease  41.38 
 
 		 364 aa  279  4e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.5727 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2777  permease-like  43.08 
 
 		 363 aa  275  7e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2282  permease  42.36 
 
 		 330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.954207 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2181  permease  42.15 
 
 		 319 aa  273  3e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000463978  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3620  permease  42.59 
 
 		 351 aa  271  9e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2555  permease  41.08 
 
 		 349 aa  269  5.9999999999999995e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000127833  hitchhiker  0.00212732 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0049  permease  42.15 
 
 		 353 aa  268  7e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1704  hypothetical protein  41.72 
 
 		 341 aa  265  8e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.91407 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0438  permease  39.13 
 
 		 315 aa  264  1e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4202  transporter  40.67 
 
 		 352 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1089  permease  41.69 
 
 		 366 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1027  transporter  41.38 
 
 		 366 aa  262  8e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2566  permease  42.55 
 
 		 324 aa  262  8e-69  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.931351 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2023  permease  40.79 
 
 		 350 aa  261  1e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0398  hypothetical protein  39.68 
 
 		 344 aa  261  1e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.679708  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2955  hypothetical protein  40.68 
 
 		 315 aa  260  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1875  permease  38.36 
 
 		 315 aa  261  2e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1709  hypothetical protein  40.06 
 
 		 323 aa  260  2e-68  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00218353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1474  permease  40.58 
 
 		 353 aa  259  4e-68  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.614025  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2844  permease  40.07 
 
 		 348 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693493  normal  0.0127415 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1178  permease  38.24 
 
 		 315 aa  259  7e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.330417  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1117  permease  39.87 
 
 		 352 aa  258  1e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.107708 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1783  permease  43.08 
 
 		 362 aa  257  2e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0464  permease  41.23 
 
 		 350 aa  257  2e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00000958774  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3419  permease  41.23 
 
 		 354 aa  256  5e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4600  permease  40.33 
 
 		 345 aa  255  6e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3942  permease  40.92 
 
 		 354 aa  255  7e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0265  permease  37.74 
 
 		 367 aa  255  8e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.803514 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4062  permease  40.31 
 
 		 377 aa  255  9e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.78082  normal  0.984142 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1645  permease  41.54 
 
 		 350 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.701842  normal  0.852279 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3722  permease-like  40.44 
 
 		 381 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2196  permease  40.38 
 
 		 317 aa  251  9.000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000111416  normal  0.407571 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0934  permease  37.54 
 
 		 319 aa  251  1e-65  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00064116  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0548  permease  40 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000695477  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1935  permease  41.23 
 
 		 353 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4014  permease  43.08 
 
 		 370 aa  249  3e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.519367  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1223  permease  39.32 
 
 		 334 aa  248  9e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0507  permease  38.19 
 
 		 356 aa  248  1e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0519  permease  39.44 
 
 		 315 aa  246  4e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3659  permease  45.45 
 
 		 349 aa  245  8e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3641  permease  37.85 
 
 		 348 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3415  permease  40.31 
 
 		 351 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5316  permease  42.12 
 
 		 354 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.465068  normal  0.121906 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2048  permease  38.49 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1430  permease  44.48 
 
 		 318 aa  240  2.9999999999999997e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.611447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2949  permease  39.33 
 
 		 351 aa  239  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0728  permease  40.86 
 
 		 353 aa  239  5.999999999999999e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2640  permease  35.47 
 
 		 323 aa  236  4e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1092  permease  40.19 
 
 		 337 aa  235  7e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000361743  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0335  permease  38.06 
 
 		 331 aa  233  3e-60  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.943617  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2565  permease  37.27 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000010966  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0857  permease  36.91 
 
 		 315 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.398013  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4076  permease  41.54 
 
 		 349 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0164237  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1408  permease  41.56 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.598043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0849  permease  35.44 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000568724 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1299  permease  37.27 
 
 		 338 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.201061  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1066  permease  37.86 
 
 		 337 aa  216  4e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1109  permease  39.19 
 
 		 284 aa  216  4e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0819  permease  38.49 
 
 		 318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.350869  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1204  permease  38.17 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0751  permease  38.8 
 
 		 318 aa  212  9e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0731  permease  35.6 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000936228  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4283  permease  36.25 
 
 		 337 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0966  permease  31.08 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000479758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0864  permease  32.55 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0015  permease  34.85 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.684774  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3989  putative permease  31.15 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.531766  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3797  putative permease  29.91 
 
 		 333 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.236031 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3427  permease  29.13 
 
 		 356 aa  158  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000478015  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2503  permease  35.21 
 
 		 318 aa  155  9e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.523202  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2425  hypothetical protein  29.07 
 
 		 294 aa  151  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.395757  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0147  putative permease  28.57 
 
 		 359 aa  149  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0357  permease  33 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08200  permease  28.61 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000119775  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0083  putative permease  29.45 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1217  permease  28.44 
 
 		 332 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>