67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2139 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2139  hypothetical protein  100 
 
 		 197 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.811527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1376  putative outer membrane protein  81.59 
 
 		 200 aa  254  4e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.19273 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2718  outer membrane protein  80.5 
 
 		 200 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.700569  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1699  hypothetical protein  49.49 
 
 		 198 aa  155  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.013391  normal  0.0555253 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1955  outer membrane protein, putative  44.79 
 
 		 207 aa  115  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.077824  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0284  putative outer membrane protein  40.09 
 
 		 216 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0849  putative outer membrane protein  35.92 
 
 		 199 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0345  hypothetical protein  38.62 
 
 		 206 aa  89.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3083  putative outer membrane protein  27.88 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.186031 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  30.32 
 
 		 237 aa  68.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.08 
 
 		 236 aa  67.4  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  29.87 
 
 		 237 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  29.31 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  33.03 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2978  outer membrane protein, putative  34.88 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0242323  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  29.65 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  31.22 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  31.96 
 
 		 236 aa  61.6  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  30.39 
 
 		 236 aa  61.2  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  29.73 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  31.2 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  31.84 
 
 		 204 aa  60.1  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  38.55 
 
 		 229 aa  58.9  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  27.67 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  25.77 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  43.28 
 
 		 228 aa  54.7  0.0000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  41.79 
 
 		 228 aa  54.3  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  31.19 
 
 		 254 aa  54.3  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  44.78 
 
 		 236 aa  54.3  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  28.74 
 
 		 255 aa  53.5  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0932  hypothetical protein  30.05 
 
 		 205 aa  53.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.544275  normal  0.834774 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  38.46 
 
 		 228 aa  52.8  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  28.65 
 
 		 251 aa  52.8  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  31.47 
 
 		 247 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.7 
 
 		 243 aa  52  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  28.43 
 
 		 243 aa  51.6  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  35.29 
 
 		 230 aa  50.8  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  35.29 
 
 		 230 aa  50.8  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  29.29 
 
 		 238 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  30.05 
 
 		 255 aa  49.3  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  28.71 
 
 		 242 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  27.78 
 
 		 207 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  25.27 
 
 		 244 aa  48.9  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  32.86 
 
 		 238 aa  48.5  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  29.31 
 
 		 452 aa  47.4  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4129  putative outer membrane protein  30.21 
 
 		 250 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.894734  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2763  putative outer-membrane protein precursor  27.64 
 
 		 251 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  27 
 
 		 453 aa  45.8  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0346  hypothetical protein  28.48 
 
 		 196 aa  45.8  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  27.4 
 
 		 997 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  25.21 
 
 		 240 aa  45.1  0.0006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1543  putative outer-membrane protein  28.9 
 
 		 258 aa  45.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.403441  normal  0.192756 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  30.49 
 
 		 193 aa  45.1  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  29.57 
 
 		 237 aa  45.1  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  26.21 
 
 		 240 aa  45.1  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  28.9 
 
 		 241 aa  44.3  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3182  outer membrane protein, putative  32.35 
 
 		 196 aa  44.7  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  29.53 
 
 		 212 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0901  outer membrane autotransporter  27.04 
 
 		 638 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  26.85 
 
 		 258 aa  43.1  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  24.86 
 
 		 206 aa  43.1  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  26.09 
 
 		 254 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2464  hypothetical protein  31.12 
 
 		 239 aa  43.1  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.541836  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4375  putative outer-membrane protein  25.54 
 
 		 251 aa  42.4  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  24.63 
 
 		 241 aa  42  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  28 
 
 		 245 aa  41.6  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  24.37 
 
 		 250 aa  41.2  0.01  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>