89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0284 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0284  putative outer membrane protein  100 
 
 		 216 aa  427  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2139  hypothetical protein  41.12 
 
 		 197 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.811527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1699  hypothetical protein  38.36 
 
 		 198 aa  108  7.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.013391  normal  0.0555253 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1376  putative outer membrane protein  40.48 
 
 		 200 aa  98.6  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550237  normal  0.19273 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2718  outer membrane protein  40.48 
 
 		 200 aa  98.6  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.700569  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  33.17 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  33.33 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0849  putative outer membrane protein  35.38 
 
 		 199 aa  75.5  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  32.89 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1955  outer membrane protein, putative  37.65 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.077824  normal  0.659935 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  28.03 
 
 		 240 aa  72  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  27.35 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  27.35 
 
 		 230 aa  71.2  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  27.22 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  28.33 
 
 		 261 aa  70.5  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  29.61 
 
 		 240 aa  69.7  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0345  hypothetical protein  31.96 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  30.54 
 
 		 236 aa  68.2  0.00000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  30.65 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  31.44 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  29.38 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0841  putative outer membrane protein  30.14 
 
 		 242 aa  62.4  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  32.6 
 
 		 206 aa  62.4  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  31.88 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  31.28 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.73 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  30.94 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  28.97 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0415  outer membrane protein  30.19 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  30.7 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  26.79 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3083  putative outer membrane protein  28.82 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.186031 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  28.57 
 
 		 254 aa  59.3  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4560  outer membrane protein  31.71 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.400354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0866  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  28.65 
 
 		 243 aa  57.8  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0649997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.48 
 
 		 207 aa  57  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  30.41 
 
 		 248 aa  56.2  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.49 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  29.48 
 
 		 250 aa  53.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  27.7 
 
 		 244 aa  52.8  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  27.49 
 
 		 255 aa  52.8  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7235  putative outer membrane protein  27.41 
 
 		 193 aa  51.6  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  28.77 
 
 		 240 aa  51.6  0.000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  26.51 
 
 		 237 aa  51.6  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  26.99 
 
 		 254 aa  50.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  30.46 
 
 		 452 aa  51.2  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2464  hypothetical protein  28.7 
 
 		 239 aa  50.4  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.541836  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  29.63 
 
 		 236 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  26.9 
 
 		 250 aa  50.1  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  29.65 
 
 		 447 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  25.84 
 
 		 237 aa  49.7  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0473  Carbohydrate-selective porin OprB  30.6 
 
 		 689 aa  49.3  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.693985  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  26.5 
 
 		 255 aa  49.7  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0346  hypothetical protein  26.63 
 
 		 196 aa  48.5  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0733  outer membrane protein  27.98 
 
 		 209 aa  48.5  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.130321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  30.81 
 
 		 449 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  26.59 
 
 		 237 aa  47  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4129  putative outer membrane protein  26.42 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.894734  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2756  putative outer membrane protein  30.6 
 
 		 247 aa  46.6  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0841875  normal  0.703235 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  26.38 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2735  hypothetical protein  26.78 
 
 		 570 aa  46.2  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2714  outer membrane protein  29.73 
 
 		 243 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155382  normal  0.61221 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1214  omp25/ropB family outer membrane protein  33.02 
 
 		 300 aa  46.2  0.0004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.09355e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  25.88 
 
 		 240 aa  46.2  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  26.67 
 
 		 207 aa  45.8  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3614  putative outer membrane protein  29.38 
 
 		 235 aa  45.8  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  27.57 
 
 		 213 aa  45.8  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  29.12 
 
 		 201 aa  45.4  0.0006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2978  outer membrane protein, putative  28.25 
 
 		 188 aa  45.4  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0242323  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2756  putative outer membrane protein  29.63 
 
 		 241 aa  45.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  30.25 
 
 		 234 aa  45.4  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  27.73 
 
 		 283 aa  44.3  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  28.89 
 
 		 661 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1337  putative outer membrane protein  26.37 
 
 		 241 aa  44.3  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  29.21 
 
 		 453 aa  44.3  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1666  OmpA-like transmembrane region  29.31 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1088  porin  31.95 
 
 		 211 aa  43.5  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000040892 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  30.05 
 
 		 997 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1973  OmpA-like transmembrane region  32.54 
 
 		 216 aa  43.1  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  30.05 
 
 		 207 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2780  hypothetical protein  26.85 
 
 		 570 aa  42.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.531202  normal  0.746954 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0819  porin  30 
 
 		 204 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0719605  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  26.59 
 
 		 274 aa  43.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2080  putative outer-membrane protein precursor  26.86 
 
 		 251 aa  42.4  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366829  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1234  porin  30.56 
 
 		 211 aa  42.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.248035  hitchhiker  0.0000166827 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1979  Outer membrane autotransporter barrel  37.29 
 
 		 947 aa  42.4  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0897948  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  28.81 
 
 		 454 aa  42.4  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  27.38 
 
 		 236 aa  42.4  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  25.15 
 
 		 207 aa  42  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>