More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1255 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  483  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 239 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 237 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 248 aa  119  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 214 aa  119  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  40.72 
 
 		 240 aa  118  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 248 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 217 aa  115  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  39.3 
 
 		 227 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  33.63 
 
 		 248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  39.09 
 
 		 244 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 217 aa  112  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  37.09 
 
 		 234 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 216 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 236 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 216 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 236 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 236 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  37.56 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  36.14 
 
 		 215 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 280 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 238 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  36.82 
 
 		 219 aa  105  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 220 aa  105  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 238 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  35.89 
 
 		 238 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 266 aa  101  9e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 221 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 249 aa  99  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 		 226 aa  97.1  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  96.3  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 245 aa  95.1  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 262 aa  93.6  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 234 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  35 
 
 		 234 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  32 
 
 		 237 aa  91.7  9e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  38.04 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 244 aa  90.5  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 239 aa  88.6  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 237 aa  85.9  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2902  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.270812  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 246 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.33 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.33 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.33 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.33 
 
 		 221 aa  78.6  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.33 
 
 		 221 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.49 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  31.37 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  28.04 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.04 
 
 		 221 aa  73.6  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4647  transcriptional regulator, GntR family  34.84 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 260 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 		 229 aa  72.4  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.57 
 
 		 221 aa  72  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  30.52 
 
 		 242 aa  72  0.000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  27.57 
 
 		 221 aa  72  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 240 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 241 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  29.89 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 236 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  32 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1938  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 228 aa  69.7  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  29.6 
 
 		 241 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 267 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 241 aa  68.9  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 229 aa  68.9  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 247 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  30.53 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 230 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0205  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 268 aa  66.6  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.134484 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 232 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1266  transcriptional regulator, GntR family  31.52 
 
 		 228 aa  65.1  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4726  transcriptional regulator, GntR family  25.85 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0963465  normal  0.842406 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1827  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000849458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1681  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>