77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0489 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0489  branched-chain amino acid transport  100 
 
 		 107 aa  210  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0581449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0476  branched-chain amino acid transport  97.2 
 
 		 107 aa  205  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0569  hypothetical protein  86.92 
 
 		 107 aa  163  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0498  branched-chain amino acid transport  64.49 
 
 		 107 aa  116  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.388953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0562  hypothetical protein  61.9 
 
 		 107 aa  105  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0669  branched-chain amino acid transport  57.14 
 
 		 107 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.83471 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4636  branched-chain amino acid transport  40.19 
 
 		 111 aa  82  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2658  branched-chain amino acid transport  56.19 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.576231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2018  branched-chain amino acid transport  56.19 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2629  branched-chain amino acid transport  56.19 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3875  branched-chain amino acid transport  44.55 
 
 		 117 aa  80.5  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2676  branched-chain amino acid transport  54.29 
 
 		 107 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2549  branched-chain amino acid transport  54.29 
 
 		 107 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0554296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5960  hypothetical protein  54.29 
 
 		 107 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.139211 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0662  hypothetical protein  52.38 
 
 		 107 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103029  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3278  branched-chain amino acid transport  51.89 
 
 		 107 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.619269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2423  hypothetical protein  51.43 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0832  AzlD family protein  51.43 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0836  AzlD family protein  51.43 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0659337  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0590  hypothetical protein  51.43 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0036  hypothetical protein  51.43 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0295  hypothetical protein  51.43 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.856609  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1273  branched-chain amino acid transport  41.51 
 
 		 111 aa  73.2  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0458  branched-chain amino acid transport  52.38 
 
 		 107 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.325942 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0688  hypothetical protein  49.06 
 
 		 107 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.242768 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3534  branched-chain amino acid transport  38.83 
 
 		 108 aa  68.2  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.450335  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5109  branched-chain amino acid transport  34.58 
 
 		 111 aa  67.8  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0376343  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0354  branched-chain amino acid transport  37.14 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0971347 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4079  branched-chain amino acid transport  35.05 
 
 		 166 aa  62.4  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2208  branched-chain amino acid transport  39.58 
 
 		 112 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0507422  normal  0.484467 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0829  branched-chain amino acid transport  31.43 
 
 		 111 aa  62.8  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0803  branched-chain amino acid transport  38.54 
 
 		 107 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769737  normal  0.181034 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0093  branched-chain amino acid transport  35.35 
 
 		 103 aa  61.2  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0975  branched-chain amino acid transport  38.3 
 
 		 112 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00167089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0971  branched-chain amino acid transport  38.3 
 
 		 112 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00496866  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0388  branched-chain amino acid transport  39.58 
 
 		 108 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2937  branched-chain amino acid transport  38.3 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00590698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1047  hypothetical protein  36.17 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473278  normal  0.977869 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1690  hypothetical protein  36.17 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0542077  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1961  branched-chain amino acid transport  36.19 
 
 		 109 aa  57.8  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4208  hypothetical protein  40.43 
 
 		 112 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000158916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0403  branched-chain amino acid transport  39.58 
 
 		 108 aa  57  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.661242 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4055  branched-chain amino acid transport  32.35 
 
 		 111 aa  57  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.461564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3400  branched-chain amino acid transport  32.35 
 
 		 111 aa  57  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.737178  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1095  branched-chain amino acid transport  40.43 
 
 		 112 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000116861  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1054  branched-chain amino acid transport  40.43 
 
 		 112 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416307  normal  0.939947 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0616  branched-chain amino acid transport  40.43 
 
 		 112 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441128  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1416  branched-chain amino acid transport  38.32 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.456547  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0512  hypothetical protein  37.93 
 
 		 108 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.700284  normal  0.0494056 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0288  hypothetical protein  44.34 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0149216 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2853  hypothetical protein  27.18 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.438366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0494  hypothetical protein  38.14 
 
 		 107 aa  53.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0008  branched-chain amino acid transport  33.33 
 
 		 107 aa  52  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1380  branched-chain amino acid transport  34.38 
 
 		 119 aa  51.2  0.000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.551237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38170  hypothetical protein  30.69 
 
 		 104 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00099917 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3972  branched-chain amino acid transport  31.78 
 
 		 108 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.573883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3054  branched-chain amino acid transport  36.79 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3249  hypothetical protein  30.3 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.131531  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2108  branched-chain amino acid transport  30.93 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343037 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4692  branched-chain amino acid transport  36.54 
 
 		 111 aa  50.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3298  hypothetical protein  28.71 
 
 		 104 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06281  hypothetical protein  34.65 
 
 		 103 aa  47.4  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3294  branched-chain amino acid transport  40.78 
 
 		 109 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0522  branched-chain amino acid transport  32 
 
 		 116 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1189  putative branched-chain amino acid transport protein  32.67 
 
 		 106 aa  44.3  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0460  branched-chain amino acid transport  33.65 
 
 		 113 aa  44.7  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1990  branched-chain amino acid transport  30 
 
 		 104 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.638482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1469  branched-chain amino acid transport  36.45 
 
 		 107 aa  43.5  0.0009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.656646  normal  0.0172198 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2173  branched-chain amino acid transport  30.69 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4093  hypothetical protein  27 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1896  branched-chain amino acid transport  31 
 
 		 104 aa  42  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3236  branched-chain amino acid transport  31.68 
 
 		 100 aa  41.2  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0069593  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2540  hypothetical protein  27.4 
 
 		 114 aa  41.2  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.137358  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2384  branched chain amino acid ABC transporter  29 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.316334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01820  branched-chain amino acid transport  30.51 
 
 		 100 aa  40.4  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.300489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2569  branched-chain amino acid transport  28.26 
 
 		 95 aa  40.4  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3311  branched-chain amino acid transport  29 
 
 		 104 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.993943  normal  0.35173 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>