More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4244 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3057  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 295 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2695  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  normal  0.563748 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2130  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.52 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.809904  hitchhiker  0.00950877 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0811  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 296 aa  199  7e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0879  transcriptional regulator, LysR-family  36.77 
 
 		 292 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001561  transcriptional regulator LysR family  36.43 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05499  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1817  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 296 aa  190  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1242  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.120176 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 297 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 297 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  37.15 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.32 
 
 		 302 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 313 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 305 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 310 aa  135  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3380  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.53239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 322 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.2 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 298 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.39 
 
 		 304 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 364 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.96 
 
 		 297 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 304 aa  122  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 315 aa  122  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  31.96 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.41 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>