More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3719 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  612  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  61.97 
 
 		 310 aa  378  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 304 aa  316  3e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 306 aa  308  5e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  54.58 
 
 		 306 aa  308  8e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 299 aa  295  4e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  46.6 
 
 		 307 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  46.94 
 
 		 309 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 302 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  51.37 
 
 		 304 aa  278  7e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.9 
 
 		 307 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  51.37 
 
 		 304 aa  277  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 309 aa  276  3e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 299 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  52.71 
 
 		 307 aa  271  9e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 307 aa  271  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 313 aa  271  1e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  47.23 
 
 		 307 aa  269  4e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  46.64 
 
 		 319 aa  265  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 305 aa  258  8e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 304 aa  258  9e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 323 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.08 
 
 		 311 aa  255  7e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 309 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 310 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 319 aa  251  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 307 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 307 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 309 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 296 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 309 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 310 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  38.72 
 
 		 311 aa  239  4e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 310 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 310 aa  234  9e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 323 aa  234  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 321 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 325 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 310 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 325 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  37.97 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 310 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  42.38 
 
 		 331 aa  228  8e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  42.38 
 
 		 331 aa  228  9e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 320 aa  228  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  36.45 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 310 aa  227  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 327 aa  220  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 324 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 302 aa  207  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 304 aa  205  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 303 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 303 aa  202  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 301 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.2 
 
 		 311 aa  186  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 301 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 327 aa  185  8e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>