More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2996 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 274 aa  554  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  556  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  71.53 
 
 		 295 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 283 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 288 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 295 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 287 aa  153  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 289 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  34.96 
 
 		 311 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  34.96 
 
 		 311 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 289 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 287 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 287 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 287 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 289 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 289 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 305 aa  141  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 286 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 299 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 288 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 295 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 294 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  33.96 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.92 
 
 		 316 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  34.08 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 293 aa  126  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  29.44 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 288 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 286 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35.68 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 302 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 297 aa  119  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 308 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.94 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 290 aa  116  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.96 
 
 		 308 aa  115  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  32.3 
 
 		 308 aa  116  5e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0026  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 295 aa  115  7.999999999999999e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.615193  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0030  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0029  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 299 aa  115  8.999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.266984  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  32.88 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  31.84 
 
 		 323 aa  112  6e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  29.34 
 
 		 314 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  29.6 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 308 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.04 
 
 		 290 aa  106  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.95 
 
 		 290 aa  106  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  106  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>