123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1766 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  100 
 
 		 460 aa  967    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1616  glutamate decarboxylase  49.64 
 
 		 488 aa  398  9.999999999999999e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.170706  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  45.69 
 
 		 457 aa  399  9.999999999999999e-111  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1145  glutamate decarboxylase  48.23 
 
 		 461 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1162  glutamate decarboxylase  48.23 
 
 		 461 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.824661 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1172  glutamate decarboxylase  48.23 
 
 		 461 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615591  normal  0.0977769 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13469  glutamate decarboxylase gadB  47.15 
 
 		 460 aa  375  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.294595  hitchhiker  0.000990947 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  45.31 
 
 		 489 aa  369  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  41.91 
 
 		 464 aa  368  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  43.87 
 
 		 464 aa  368  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  41.03 
 
 		 464 aa  367  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  43.91 
 
 		 468 aa  365  1e-99  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  41.5 
 
 		 464 aa  363  5.0000000000000005e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8660  glutamate decarboxylase  45.22 
 
 		 463 aa  362  8e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  44.14 
 
 		 461 aa  362  9e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  44.78 
 
 		 470 aa  360  3e-98  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  43.97 
 
 		 461 aa  356  5e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  40.9 
 
 		 466 aa  353  2.9999999999999997e-96  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  42.86 
 
 		 473 aa  352  5.9999999999999994e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  44.55 
 
 		 468 aa  351  2e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  41.32 
 
 		 468 aa  348  8e-95  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2315  glutamate decarboxylase  40.43 
 
 		 464 aa  348  8e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  44 
 
 		 515 aa  348  1e-94  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1483  glutamate decarboxylase  45.6 
 
 		 463 aa  348  1e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.66379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  41.99 
 
 		 479 aa  347  3e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  46.1 
 
 		 466 aa  346  4e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  41.71 
 
 		 466 aa  343  5e-93  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4935  glutamate decarboxylase  45.29 
 
 		 468 aa  340  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  37.6 
 
 		 557 aa  336  5e-91  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  37.6 
 
 		 557 aa  336  5e-91  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4374  glutamate decarboxylase  43.46 
 
 		 466 aa  335  7e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2341  glutamate decarboxylase  41.81 
 
 		 466 aa  332  1e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0367356  normal  0.0856253 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01451  glutamate decarboxylase B, PLP-dependent  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2153  glutamate decarboxylase  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.139052  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1578  glutamate decarboxylase GadB  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3720  glutamate decarboxylase GadA  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1682  glutamate decarboxylase GadB  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4005  glutamate decarboxylase  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0200  glutamate decarboxylase  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.718769 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2164  glutamate decarboxylase  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.19141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1680  glutamate decarboxylase GadA  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3820  glutamate decarboxylase GadB  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143383 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2106  glutamate decarboxylase GadA  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4879  glutamate decarboxylase GadB  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01464  hypothetical protein  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03318  hypothetical protein  41.15 
 
 		 466 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1756  glutamate decarboxylase GadB  40.91 
 
 		 466 aa  329  7e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347541  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0149  glutamate decarboxylase  41.19 
 
 		 496 aa  328  1.0000000000000001e-88  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.283505  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  40.09 
 
 		 521 aa  321  9.999999999999999e-87  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  39.16 
 
 		 455 aa  320  1.9999999999999998e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  34.82 
 
 		 569 aa  307  3e-82  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  25.54 
 
 		 603 aa  121  3e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.48 
 
 		 468 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  25.89 
 
 		 384 aa  113  6e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  28.88 
 
 		 379 aa  110  7.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  25.81 
 
 		 369 aa  105  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.99 
 
 		 514 aa  104  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.91 
 
 		 361 aa  102  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  23.51 
 
 		 572 aa  100  6e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  26.53 
 
 		 349 aa  100  7e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  24.53 
 
 		 498 aa  99.8  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  24.53 
 
 		 473 aa  99.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  24.22 
 
 		 473 aa  99  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  24.19 
 
 		 473 aa  97.8  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  24.26 
 
 		 485 aa  97.1  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  24.07 
 
 		 473 aa  96.7  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  28.23 
 
 		 365 aa  95.1  2e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  23.82 
 
 		 473 aa  95.1  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.18 
 
 		 403 aa  95.5  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  24.49 
 
 		 442 aa  95.5  2e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  23.82 
 
 		 473 aa  95.1  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.37 
 
 		 513 aa  94.4  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  28.72 
 
 		 355 aa  94.7  3e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  25.82 
 
 		 546 aa  93.2  9e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.64 
 
 		 365 aa  92.4  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  26.91 
 
 		 365 aa  92  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.66 
 
 		 474 aa  92  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.79 
 
 		 472 aa  90.9  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.61 
 
 		 498 aa  90.1  7e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.93 
 
 		 474 aa  89.7  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  25.99 
 
 		 349 aa  88.2  3e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  27.02 
 
 		 483 aa  87.4  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  32.46 
 
 		 384 aa  87  7e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.34 
 
 		 498 aa  86.7  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  29.3 
 
 		 605 aa  85.9  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  31 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  28.89 
 
 		 605 aa  84.7  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  25.78 
 
 		 395 aa  84.7  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  30.34 
 
 		 384 aa  85.1  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  25 
 
 		 390 aa  83.6  0.000000000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.48 
 
 		 411 aa  83.2  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.94 
 
 		 500 aa  82.4  0.00000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  24.65 
 
 		 472 aa  82  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  31.58 
 
 		 384 aa  82.4  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  27.8 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.33 
 
 		 499 aa  78.6  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.86 
 
 		 374 aa  78.2  0.0000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  21.08 
 
 		 478 aa  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>