More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0513 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 228 aa  455  1e-127  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  53 
 
 		 224 aa  215  4e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  52.07 
 
 		 224 aa  213  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 233 aa  206  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 230 aa  202  5e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 230 aa  202  5e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3286  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.68 
 
 		 228 aa  201  5e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.167791  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  52.47 
 
 		 230 aa  202  5e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1595  two component transcriptional regulator  50.92 
 
 		 227 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.526383  normal  0.570373 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  52.05 
 
 		 230 aa  199  3e-50  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  50.89 
 
 		 231 aa  199  3e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0187  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 231 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1351  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.93 
 
 		 225 aa  193  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00188361  unclonable  0.0000000206018 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11051  two component system transcriptional regulator trcR  46.93 
 
 		 257 aa  193  2e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0990  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.08 
 
 		 222 aa  193  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000957791  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1098  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1212  two component transcriptional regulator  47.93 
 
 		 232 aa  192  5e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0899901  normal  0.616229 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1247  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.49 
 
 		 235 aa  191  7e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.464606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  47.51 
 
 		 228 aa  189  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3453  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 224 aa  190  2e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  47 
 
 		 240 aa  190  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3411  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.591115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1131  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 226 aa  188  7e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  47.11 
 
 		 236 aa  187  8e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.46 
 
 		 237 aa  187  9e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 229 aa  186  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0759  two component transcriptional regulator  45.7 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128917  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1291  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.32 
 
 		 222 aa  186  4e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0389  winged helix family two component transcriptional regulator  46.08 
 
 		 224 aa  184  7e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.667669  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  41.44 
 
 		 229 aa  184  8e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  48.9 
 
 		 283 aa  184  8e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3002  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 		 230 aa  184  8e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.67465  normal  0.369251 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0994  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.32 
 
 		 227 aa  184  9e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.337893  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0440  two component transcriptional regulator  44.24 
 
 		 225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.747409  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2632  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.36 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0717  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.64 
 
 		 226 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000154116  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0904  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.34 
 
 		 254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.936287  normal  0.32173 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  45.91 
 
 		 227 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  44.05 
 
 		 236 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  44.04 
 
 		 224 aa  181  7e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0015  two component transcriptional regulator  42.99 
 
 		 228 aa  181  7e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.24 
 
 		 224 aa  181  9.000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.5 
 
 		 227 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0132  response regulator receiver protein  46.22 
 
 		 231 aa  180  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3036  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.1 
 
 		 273 aa  181  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.106658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.94 
 
 		 225 aa  181  1e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 		 231 aa  180  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1377  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000301655 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4693  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.59 
 
 		 220 aa  181  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.33 
 
 		 236 aa  181  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000182155 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1205  two component transcriptional regulator  42.4 
 
 		 222 aa  181  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2675  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.92 
 
 		 234 aa  180  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.661044  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  44.5 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3383  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 224 aa  180  2e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4549  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.25 
 
 		 221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.703481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.67 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2130  response regulator receiver  44.1 
 
 		 252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539517  hitchhiker  0.00279069 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 		 224 aa  178  4.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1345  response regulator receiver  40.54 
 
 		 227 aa  178  5.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.71904 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0321  two component transcriptional regulator  44.16 
 
 		 406 aa  178  7e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2552  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.49 
 
 		 230 aa  178  7e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000276879  normal  0.180215 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21620  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.55 
 
 		 238 aa  177  8e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.019443  normal  0.0473518 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 228 aa  177  9e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  44.68 
 
 		 246 aa  177  9e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  48.39 
 
 		 225 aa  177  9e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0485  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  46.19 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.537934  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 225 aa  177  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0124  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 227 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.352403 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4710  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.54 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0109  response regulator receiver  42.66 
 
 		 225 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000662688  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 226 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5178  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.3 
 
 		 225 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.341313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 225 aa  176  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  42.34 
 
 		 227 aa  176  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.6 
 
 		 233 aa  177  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 233 aa  176  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  43.89 
 
 		 226 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2277  two component transcriptional regulator  43.67 
 
 		 248 aa  175  5e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.113906  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3673  response regulator receiver  39.73 
 
 		 227 aa  174  7e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31270  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  45.7 
 
 		 221 aa  174  8e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.014564  normal  0.249814 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  44.49 
 
 		 271 aa  174  9e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.442824  normal  0.485424 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5383  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.95 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.651671 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  41.18 
 
 		 223 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0191  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 244 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2296  two component transcriptional regulator  44.93 
 
 		 255 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398969  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2675  DNA-binding response regulator  42.01 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0180828  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0752  hypothetical protein  44.8 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  40.55 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.78 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.41 
 
 		 227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.767242 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.11 
 
 		 237 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0461  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.735267  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0523  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.11 
 
 		 224 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>