More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3899 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3899  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 		 310 aa  620  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.492177  normal  0.232429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4223  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  95.16 
 
 		 310 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.249037 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5448  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.75 
 
 		 306 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.424863  normal  0.0455036 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4137  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  58.28 
 
 		 307 aa  296  2e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2930  L-serine dehydratase, putative  55.45 
 
 		 305 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2762  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  56.11 
 
 		 305 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.951768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2842  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.12 
 
 		 305 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.298093 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0340  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.51 
 
 		 306 aa  265  7e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.46 
 
 		 305 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1229  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.84 
 
 		 306 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.591536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0776  L-serine ammonia-lyase  50 
 
 		 330 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1257  L-serine ammonia-lyase  50 
 
 		 330 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.43523  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7663  putative L-serine ammonia-lyase  49.67 
 
 		 354 aa  248  9e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3585  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.15 
 
 		 310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00950446 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1148  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.84 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.177832  normal  0.237793 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1136  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.51 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4400  L-serine ammonia-lyase  50.5 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3526  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.769029  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02390  serine family amino acid catabolism-related protein, putative  41.32 
 
 		 331 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30154  predicted protein  39.22 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.621842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_5354  predicted protein  51.09 
 
 		 313 aa  205  9e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.86415  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00180  L-serine ammonia-lyase, putative  36.07 
 
 		 425 aa  202  7e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54974  predicted protein  37.5 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0332644 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04217  hypothetical pyridoxal phosphate requiring enzyme (Eurofung)  39.24 
 
 		 360 aa  175  7e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  34.98 
 
 		 514 aa  159  8e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  34.2 
 
 		 509 aa  148  1.0000000000000001e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  34.5 
 
 		 520 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  33.33 
 
 		 506 aa  145  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  33.33 
 
 		 506 aa  145  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.88 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  0.218028 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  31.8 
 
 		 511 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  32.01 
 
 		 504 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  32.01 
 
 		 504 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1558  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  36.95 
 
 		 322 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.813791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  32.36 
 
 		 503 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4221  threonine dehydratase  35.41 
 
 		 504 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0951  threonine dehydratase  33.23 
 
 		 517 aa  136  4e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1467  threonine dehydratase  33.23 
 
 		 517 aa  136  5e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  32.14 
 
 		 507 aa  136  5e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  33.91 
 
 		 505 aa  135  7.000000000000001e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  32.02 
 
 		 418 aa  135  9.999999999999999e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  32.26 
 
 		 515 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4123  threonine dehydratase  31.51 
 
 		 510 aa  133  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  33.55 
 
 		 515 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5381  threonine dehydratase  33.11 
 
 		 504 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  31.06 
 
 		 509 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3278  threonine dehydratase  35.07 
 
 		 531 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  31.68 
 
 		 501 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  31.85 
 
 		 501 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3125  L-threonine ammonia-lyase  30.56 
 
 		 526 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00487268  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  31.99 
 
 		 403 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  33.86 
 
 		 507 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  30.92 
 
 		 511 aa  129  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0299  threonine dehydratase  30.92 
 
 		 511 aa  129  6e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.380007  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5202  threonine dehydratase  32.34 
 
 		 504 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5056  threonine dehydratase  32.34 
 
 		 504 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.381788  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5149  threonine dehydratase  32.01 
 
 		 504 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.436778 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0549  threonine dehydratase, biosynthetic  32.89 
 
 		 504 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.597687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2774  threonine dehydratase  31.51 
 
 		 506 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.199104  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0316  threonine dehydratase  32.34 
 
 		 504 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.167113 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1177  threonine dehydratase  34.1 
 
 		 523 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  31.89 
 
 		 403 aa  126  5e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1083  threonine dehydratase  28.62 
 
 		 529 aa  124  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715043  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  30.8 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48270  threonine dehydratase  33.01 
 
 		 504 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2490  threonine dehydratase  34.19 
 
 		 519 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  28.95 
 
 		 402 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  28.47 
 
 		 402 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15381  threonine dehydratase  34.59 
 
 		 514 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.313826 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3223  threonine dehydratase, biosynthetic  33.68 
 
 		 512 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4161  threonine dehydratase  33.67 
 
 		 516 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03866  L-serine dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07810)  35.02 
 
 		 444 aa  123  3e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3446  threonine dehydratase  33.55 
 
 		 530 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  27.83 
 
 		 403 aa  123  3e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2318  threonine dehydratase  33.55 
 
 		 519 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0733  threonine dehydratase  29.43 
 
 		 515 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.880513  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4756  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 514 aa  122  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.547271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  32.17 
 
 		 503 aa  122  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03650  threonine dehydratase  33 
 
 		 514 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00482179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4204  threonine dehydratase, biosynthetic  33 
 
 		 514 aa  122  8e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806906  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3989  threonine dehydratase  33 
 
 		 514 aa  122  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03599  hypothetical protein  33 
 
 		 514 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00379045  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4230  threonine dehydratase  33 
 
 		 515 aa  122  8e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  30.72 
 
 		 332 aa  122  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  29.22 
 
 		 514 aa  122  9e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2619  threonine dehydratase  33.55 
 
 		 337 aa  122  9e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399285 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  28.04 
 
 		 403 aa  121  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2492  threonine dehydratase  35.85 
 
 		 510 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  29.82 
 
 		 408 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6117  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  52.25 
 
 		 198 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.621787  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  27.67 
 
 		 403 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2124  threonine dehydratase  29.8 
 
 		 507 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.619437  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2736  threonine dehydratase  29.8 
 
 		 507 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4139  threonine dehydratase  32.67 
 
 		 515 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0936158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4147  threonine dehydratase  32.67 
 
 		 514 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2763  threonine dehydratase  29.47 
 
 		 507 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4295  threonine dehydratase  32.67 
 
 		 514 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5206  threonine dehydratase  32.67 
 
 		 514 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3032  threonine dehydratase, biosynthetic  32.99 
 
 		 550 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.08767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4284  threonine dehydratase  32.67 
 
 		 514 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.976418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>