More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05363 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  100 
 
 
296 aa  600  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  76.03 
 
 
300 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  76.03 
 
 
300 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  63.95 
 
 
291 aa  364  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  62.33 
 
 
293 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  61.3 
 
 
293 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  59.93 
 
 
294 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  60.62 
 
 
293 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  60.27 
 
 
294 aa  348  7e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  61.43 
 
 
300 aa  346  2e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  62.84 
 
 
296 aa  346  3e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  59.73 
 
 
297 aa  342  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  59.25 
 
 
292 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  58.67 
 
 
312 aa  325  4.0000000000000003e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  59.79 
 
 
303 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  56.12 
 
 
309 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  56.12 
 
 
309 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1874  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  56.52 
 
 
208 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.263365 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  43.52 
 
 
295 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  36.39 
 
 
288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  36.05 
 
 
288 aa  193  3e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  38.44 
 
 
291 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  37.38 
 
 
546 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  39.72 
 
 
308 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  40 
 
 
299 aa  179  4e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.29 
 
 
569 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  39.56 
 
 
295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.15 
 
 
289 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.3 
 
 
311 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  37.46 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.29 
 
 
285 aa  166  4e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  41.2 
 
 
289 aa  166  4e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.91 
 
 
304 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.69 
 
 
299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  39.13 
 
 
293 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  39.71 
 
 
312 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  39.4 
 
 
296 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  38.31 
 
 
303 aa  160  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.58 
 
 
304 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.01 
 
 
308 aa  160  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  34.47 
 
 
290 aa  158  9e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.45 
 
 
300 aa  158  9e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.54 
 
 
296 aa  156  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3876  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.3 
 
 
279 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3138  gluconolactonase  38.95 
 
 
279 aa  153  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840697  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  33.46 
 
 
309 aa  152  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  37.32 
 
 
311 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  35.14 
 
 
292 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0235  gluconolactonase  38.46 
 
 
323 aa  149  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  35.47 
 
 
303 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.46 
 
 
300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.2 
 
 
295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3322  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.91 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  33.46 
 
 
300 aa  147  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.92 
 
 
309 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.85 
 
 
293 aa  145  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  34.32 
 
 
300 aa  145  9e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.16 
 
 
302 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  35.27 
 
 
304 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.03 
 
 
302 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.89 
 
 
292 aa  143  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4476  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.94 
 
 
290 aa  143  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0784664  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.01 
 
 
316 aa  143  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  37.64 
 
 
316 aa  143  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  32.72 
 
 
300 aa  143  4e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.72 
 
 
574 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  35.96 
 
 
289 aa  142  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  33.95 
 
 
300 aa  142  9e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  33.95 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  33.83 
 
 
303 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.92 
 
 
312 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  35.37 
 
 
328 aa  140  3e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  32.64 
 
 
300 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.24 
 
 
302 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4675  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  44.44 
 
 
318 aa  139  6e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.57 
 
 
301 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.57 
 
 
301 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.93 
 
 
300 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.52 
 
 
302 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2536  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.98 
 
 
346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.92 
 
 
280 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3180  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  35.47 
 
 
346 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2670  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.96 
 
 
574 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.142476  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5696  calcium-binding protein  38.27 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.086452  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.38 
 
 
287 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5175  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.33 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0979633  normal  0.105367 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2862  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.29 
 
 
302 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0267306 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2812  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.29 
 
 
302 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2995  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.29 
 
 
302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  36.04 
 
 
315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.47 
 
 
292 aa  132  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.72 
 
 
281 aa  132  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  35.97 
 
 
294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02040  gluconolactonase  38.91 
 
 
298 aa  132  1.0000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2883  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.93 
 
 
302 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.300083 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00470  conserved hypothetical protein  33.95 
 
 
315 aa  130  3e-29  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5842  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.88 
 
 
311 aa  129  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2881  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.93 
 
 
302 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.204717  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.7 
 
 
289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.9 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>