More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5696 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5696  calcium-binding protein  100 
 
 
249 aa  500  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.086452  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  38.58 
 
 
293 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.58 
 
 
293 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  40.73 
 
 
292 aa  168  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.55 
 
 
293 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  41.32 
 
 
296 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  39.84 
 
 
303 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  39.6 
 
 
294 aa  158  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  40.39 
 
 
291 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  39.2 
 
 
294 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  37.45 
 
 
297 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.34 
 
 
300 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  37.9 
 
 
309 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  38.19 
 
 
309 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.12 
 
 
304 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  37.3 
 
 
312 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  38.27 
 
 
296 aa  134  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  41.67 
 
 
300 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  41.67 
 
 
300 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  36.4 
 
 
289 aa  132  6.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.22 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5175  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.89 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0979633  normal  0.105367 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5444  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.27 
 
 
295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00675978 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0235  gluconolactonase  35.16 
 
 
323 aa  118  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.68 
 
 
301 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.33 
 
 
569 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.11 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.68 
 
 
301 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.96 
 
 
293 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  36.8 
 
 
289 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.43 
 
 
316 aa  112  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.36 
 
 
302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  35.66 
 
 
316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3138  gluconolactonase  34.11 
 
 
279 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.840697  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0044  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.62 
 
 
296 aa  108  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3876  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.11 
 
 
279 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  33.06 
 
 
546 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.1 
 
 
287 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  33.49 
 
 
308 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.71 
 
 
308 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  33.79 
 
 
291 aa  106  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4675  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  39.39 
 
 
318 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02040  gluconolactonase  34.29 
 
 
298 aa  105  6e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  32.92 
 
 
296 aa  105  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.59 
 
 
296 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0604  gluconolactonase  38.7 
 
 
288 aa  103  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.148481  normal  0.0638316 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.65 
 
 
281 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  29.15 
 
 
288 aa  103  4e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2750  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.53 
 
 
280 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2881  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.04 
 
 
302 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.204717  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  29.84 
 
 
290 aa  102  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.6 
 
 
289 aa  102  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.44 
 
 
292 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  29.15 
 
 
288 aa  102  6e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  31.56 
 
 
311 aa  102  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.8 
 
 
311 aa  101  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3322  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.25 
 
 
294 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2862  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.04 
 
 
302 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0267306 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  37.43 
 
 
283 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  32.39 
 
 
309 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2812  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.04 
 
 
302 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.82 
 
 
285 aa  99.8  4e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2995  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.04 
 
 
302 aa  99.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.5 
 
 
300 aa  99.4  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3342  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.58 
 
 
294 aa  99  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.88627  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17570  gluconolactonase  34.71 
 
 
280 aa  99  7e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0137637  normal  0.639926 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  33.99 
 
 
295 aa  98.6  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.18 
 
 
302 aa  98.2  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1381  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  36.36 
 
 
286 aa  97.1  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.759773  normal  0.429128 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2883  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.61 
 
 
302 aa  97.1  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.300083 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.84 
 
 
302 aa  97.4  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51450  gluconolactonase  36.81 
 
 
284 aa  97.1  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0919  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.57 
 
 
294 aa  97.1  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.2 
 
 
299 aa  96.7  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.84 
 
 
302 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  35.84 
 
 
300 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.4 
 
 
295 aa  96.3  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  28.63 
 
 
300 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4476  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.16 
 
 
290 aa  95.9  5e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0784664  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0517  gluconolactonase  31.95 
 
 
311 aa  96.3  5e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  29.44 
 
 
292 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.9 
 
 
300 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.77 
 
 
330 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  30.92 
 
 
294 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.8 
 
 
284 aa  95.1  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.48 
 
 
293 aa  94  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41751  predicted protein  33.49 
 
 
328 aa  94.4  2e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0000000044531  hitchhiker  0.0048622 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.99 
 
 
291 aa  92  7e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2130  Smp-30/Cgr1 family protein, putative  31.4 
 
 
395 aa  92  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.111532  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2046  putative Smp-30/Cgr1 family protein  31.4 
 
 
395 aa  92  8e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00767899  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.3 
 
 
312 aa  91.7  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2637  senescence marker protein-30 family protein  27.94 
 
 
290 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0164591  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  28.83 
 
 
303 aa  91.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  28.83 
 
 
300 aa  91.3  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  27.93 
 
 
300 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.17 
 
 
292 aa  90.5  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  30.25 
 
 
312 aa  90.1  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0784  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.19 
 
 
302 aa  90.1  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  27.93 
 
 
300 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3078  gluconolactonase  31 
 
 
290 aa  89  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.118457  normal  0.0313509 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>