95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3313 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3313  hypothetical protein  100 
 
 		 121 aa  248  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2106  hypothetical protein  81.15 
 
 		 122 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.283808  normal  0.0319762 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3951  hypothetical protein  69.49 
 
 		 121 aa  166  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.26677  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3568  hypothetical protein  59.83 
 
 		 118 aa  148  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4005  hypothetical protein  45.45 
 
 		 134 aa  104  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.214613  normal  0.145061 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3885  hypothetical protein  41.9 
 
 		 117 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3973  hypothetical protein  38.46 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.370228 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0859  hypothetical protein  39.42 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0302426  normal  0.401608 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6630  hypothetical protein  36.7 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0233518  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7489  hypothetical protein  31.19 
 
 		 139 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0128  hypothetical protein  35.51 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0146  protein of unknown function DUF35  35.51 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2337  protein of unknown function DUF35  31.58 
 
 		 149 aa  58.2  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0854  protein of unknown function DUF35  27.18 
 
 		 116 aa  56.6  0.0000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0219431  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0235  hypothetical protein  40.24 
 
 		 136 aa  56.6  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.737012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1994  hypothetical protein  35.79 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1832  hypothetical protein  30 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0184205  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5775  protein of unknown function DUF35  32.23 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0423668  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0553  hypothetical protein  34.94 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0635  hypothetical protein  34.94 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.525049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1501  hypothetical protein  27.08 
 
 		 133 aa  54.3  0.0000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0530  hypothetical protein  34.94 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1644  hypothetical protein  34.94 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.982412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1695  hypothetical protein  34.94 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1671  hypothetical protein  34.94 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5254  hypothetical protein  28.3 
 
 		 133 aa  54.3  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0843  hypothetical protein  37.33 
 
 		 145 aa  53.5  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4412  hypothetical protein  36.84 
 
 		 132 aa  52.8  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000585754  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5453  hypothetical protein  36.49 
 
 		 152 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0654575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5850  hypothetical protein  36.49 
 
 		 152 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0806522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5301  hypothetical protein  32.05 
 
 		 143 aa  52.4  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.653983 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4045  hypothetical protein  28.72 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.589309 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0178  hypothetical protein  33.01 
 
 		 134 aa  51.6  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.82614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3323  protein of unknown function DUF35  38.46 
 
 		 125 aa  51.6  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00494403  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5278  hypothetical protein  35.56 
 
 		 135 aa  51.6  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3587  hypothetical protein  33.33 
 
 		 137 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1687  hypothetical protein  34.62 
 
 		 137 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0475632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2010  hypothetical protein  34.67 
 
 		 137 aa  50.8  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.392361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3511  hypothetical protein  33.7 
 
 		 131 aa  50.4  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1979  protein of unknown function DUF35  33.33 
 
 		 137 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0353441  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0343  hypothetical protein  31.37 
 
 		 119 aa  50.1  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5644  hypothetical protein  34.94 
 
 		 152 aa  50.1  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1758  hypothetical protein  30.69 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.799098  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4606  hypothetical protein  35.96 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4633  hypothetical protein  30.56 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2932  hypothetical protein  31.25 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241273  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0317  protein of unknown function DUF35  28.97 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4072  hypothetical protein  32.73 
 
 		 142 aa  49.3  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1972  nucleic-acid-binding protein containing a Zn-ribbon-like protein  27.36 
 
 		 150 aa  48.5  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1602  hypothetical protein  23.36 
 
 		 143 aa  47.8  0.00006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0351  hypothetical protein  30.53 
 
 		 141 aa  47.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000546433  hitchhiker  0.00000644081 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4265  hypothetical protein  28.3 
 
 		 146 aa  47  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3255  putative short chain dehydrogenase  34.83 
 
 		 413 aa  47  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.695501  normal  0.516031 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4132  hypothetical protein  31.25 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479777  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1880  hypothetical protein  33.33 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0682045 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4070  hypothetical protein  35.29 
 
 		 153 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.322816  normal  0.86135 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5005  hypothetical protein  24.76 
 
 		 129 aa  45.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal  0.0828633 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2788  hypothetical protein  30.61 
 
 		 132 aa  45.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159844  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0060  protein of unknown function DUF35  32.31 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3402  hypothetical protein  32.53 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0631046 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2745  nucleic-acid-binding protein containing a Zn-ribbon  29.52 
 
 		 135 aa  45.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0775897 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2582  hypothetical protein  34.95 
 
 		 123 aa  45.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.709226  normal  0.0256768 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0860  hypothetical protein  27.55 
 
 		 138 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0023  hypothetical protein  28.42 
 
 		 130 aa  44.7  0.0005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2675  hypothetical protein  31.82 
 
 		 417 aa  43.9  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2152  hypothetical protein  29.17 
 
 		 311 aa  43.9  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2276  hypothetical protein  32.38 
 
 		 123 aa  43.9  0.0008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.501265 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 		 418 aa  43.5  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3482  protein of unknown function DUF35  27.78 
 
 		 319 aa  43.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.893274  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5096  hypothetical protein  30.19 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3114  hypothetical protein  26.42 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0274298  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2351  hypothetical protein  26.42 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.387375  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2662  hypothetical protein  27.66 
 
 		 136 aa  42.4  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1073  hypothetical protein  32.71 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51200  hypothetical protein  33.33 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.719355  hitchhiker  0.00000582925 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3806  hypothetical protein  27.27 
 
 		 132 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4369  hypothetical protein  33.33 
 
 		 127 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0149  hypothetical protein  27.52 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1804  hypothetical protein  25.68 
 
 		 140 aa  42  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.983 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2138  hypothetical protein  27.1 
 
 		 321 aa  42  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4153  hypothetical protein  31.31 
 
 		 132 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280027  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5112  hypothetical protein  31.19 
 
 		 132 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000923569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1903  hypothetical protein  27.12 
 
 		 132 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.539737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3225  hypothetical protein  30.39 
 
 		 145 aa  41.2  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.730825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3214  hypothetical protein  30.39 
 
 		 145 aa  41.2  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.907218  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3276  hypothetical protein  30.39 
 
 		 145 aa  41.2  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0377  hypothetical protein  26.67 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.253705  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1009  hypothetical protein  29.59 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00901236 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0528  hypothetical protein  25.53 
 
 		 129 aa  41.6  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.825077  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0460  hypothetical protein  26.67 
 
 		 130 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0490887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3606  protein of unknown function DUF35  24.53 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215549  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6844  hypothetical protein  29.9 
 
 		 121 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1497  protein of unknown function DUF35  29.55 
 
 		 417 aa  40.8  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1459  hypothetical protein  26.67 
 
 		 130 aa  40.8  0.007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0340  protein of unknown function DUF35  25.81 
 
 		 134 aa  40.4  0.009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.0000262786  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>