174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2351 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2351  hypothetical protein  100 
 
 
130 aa  270  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.387375  normal  0.674763 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3114  hypothetical protein  93.02 
 
 
130 aa  254  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0274298  normal  0.392807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3606  protein of unknown function DUF35  89.15 
 
 
130 aa  243  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215549  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5005  hypothetical protein  80 
 
 
129 aa  217  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264526  normal  0.0828633 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3806  hypothetical protein  50.39 
 
 
132 aa  147  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4153  hypothetical protein  47.62 
 
 
132 aa  147  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280027  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4412  hypothetical protein  48.39 
 
 
132 aa  141  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000585754  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2662  hypothetical protein  51.54 
 
 
136 aa  141  4e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1501  hypothetical protein  46.72 
 
 
133 aa  140  8e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5500  hypothetical protein  52.5 
 
 
132 aa  137  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3828  hypothetical protein  44.8 
 
 
132 aa  137  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4786  hypothetical protein  49.59 
 
 
144 aa  135  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.259655  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4566  putative thiolase subunit  44 
 
 
132 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00449482  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1758  hypothetical protein  50 
 
 
130 aa  132  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.799098  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5096  hypothetical protein  47.5 
 
 
128 aa  114  5e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5254  hypothetical protein  37.21 
 
 
133 aa  108  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1602  hypothetical protein  36.43 
 
 
143 aa  97.8  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4045  hypothetical protein  33.86 
 
 
141 aa  92.8  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.589309 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3402  hypothetical protein  39.37 
 
 
136 aa  93.2  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0631046 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1979  protein of unknown function DUF35  35.48 
 
 
137 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0353441  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1687  hypothetical protein  36.29 
 
 
137 aa  90.1  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0475632  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1880  hypothetical protein  35.48 
 
 
137 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0682045 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3587  hypothetical protein  35.48 
 
 
137 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2932  hypothetical protein  35.48 
 
 
137 aa  87.8  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.241273  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0235  hypothetical protein  31.78 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.737012  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0510  hypothetical protein  36.92 
 
 
143 aa  85.5  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2010  hypothetical protein  32.54 
 
 
137 aa  82.8  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.392361  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4179  hypothetical protein  35.07 
 
 
145 aa  82.4  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0859  hypothetical protein  33.33 
 
 
132 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0302426  normal  0.401608 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2745  nucleic-acid-binding protein containing a Zn-ribbon  29.92 
 
 
135 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0775897 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5301  hypothetical protein  30.6 
 
 
143 aa  79.7  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.653983 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4493  hypothetical protein  32.33 
 
 
148 aa  79.7  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2101  hypothetical protein  33.85 
 
 
139 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.416637  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0860  hypothetical protein  31.25 
 
 
138 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5112  hypothetical protein  33.88 
 
 
132 aa  77.4  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000923569  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3311  hypothetical protein  31.75 
 
 
135 aa  76.3  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.367067 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5281  hypothetical protein  33.9 
 
 
146 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8196  hypothetical protein  30.08 
 
 
319 aa  74.7  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1832  hypothetical protein  30.08 
 
 
138 aa  73.9  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0184205  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5278  hypothetical protein  32.52 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2337  protein of unknown function DUF35  34.13 
 
 
149 aa  72.4  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4265  hypothetical protein  26.19 
 
 
146 aa  72.4  0.000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16799  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1994  hypothetical protein  31.78 
 
 
120 aa  72  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253194  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6482  hypothetical protein  31.09 
 
 
146 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0899  hypothetical protein  33.05 
 
 
131 aa  70.5  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.312493  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3511  hypothetical protein  33.01 
 
 
131 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7489  hypothetical protein  30.3 
 
 
139 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840415  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3692  hypothetical protein  31.78 
 
 
550 aa  68.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3765  hypothetical protein  31.78 
 
 
550 aa  68.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.981168 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2934  hypothetical protein  33.05 
 
 
144 aa  69.3  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.431872  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2378  hypothetical protein  28.95 
 
 
143 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.301734  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1804  hypothetical protein  31.01 
 
 
140 aa  68.6  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.983 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3705  hypothetical protein  31.78 
 
 
550 aa  68.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.724372  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2138  hypothetical protein  30.95 
 
 
321 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5539  hypothetical protein  34.17 
 
 
141 aa  68.2  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6630  hypothetical protein  33.05 
 
 
120 aa  67.4  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0233518  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3932  protein of unknown function DUF35  33.66 
 
 
144 aa  67.4  0.00000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4268  hypothetical protein  29.51 
 
 
140 aa  66.6  0.00000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.450465 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0843  hypothetical protein  30.95 
 
 
145 aa  65.5  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4171  hypothetical protein  29.69 
 
 
548 aa  65.5  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0042  hypothetical protein  28.07 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0051  hypothetical protein  28.07 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0173713  normal  0.0421472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2152  hypothetical protein  26.92 
 
 
311 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0032  hypothetical protein  28.07 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.662095  normal  0.14279 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3214  hypothetical protein  30.84 
 
 
145 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.907218  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3276  hypothetical protein  30.84 
 
 
145 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2840  protein of unknown function DUF35  33.9 
 
 
132 aa  62.8  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00189293  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3225  hypothetical protein  30.84 
 
 
145 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.730825  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4054  hypothetical protein  30.33 
 
 
151 aa  62  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0163629  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5775  protein of unknown function DUF35  28.3 
 
 
129 aa  62  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0423668  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2363  hypothetical protein  34.29 
 
 
130 aa  62  0.000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0343  hypothetical protein  28.95 
 
 
119 aa  61.2  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.619973  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0582  hypothetical protein  30.97 
 
 
137 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00877368  normal  0.438267 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1903  hypothetical protein  31.86 
 
 
132 aa  60.8  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.539737  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2483  hypothetical protein  28.91 
 
 
548 aa  61.2  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.207424 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2360  hypothetical protein  34.4 
 
 
131 aa  60.8  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2821  hypothetical protein  28.33 
 
 
315 aa  60.5  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.875118  normal  0.0237416 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2788  hypothetical protein  26.23 
 
 
132 aa  60.5  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159844  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3482  protein of unknown function DUF35  29.84 
 
 
319 aa  59.7  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.893274  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4017  hypothetical protein  29.82 
 
 
155 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188869  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4020  hypothetical protein  30.83 
 
 
141 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.909625 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0317  protein of unknown function DUF35  34.51 
 
 
124 aa  58.9  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0155  hypothetical protein  34.23 
 
 
130 aa  59.3  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4323  hypothetical protein  29.57 
 
 
541 aa  58.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.51495 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0178  hypothetical protein  32.04 
 
 
134 aa  58.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.82614  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0892  hypothetical protein  29.75 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.204366  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5453  hypothetical protein  25.38 
 
 
152 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0654575  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5850  hypothetical protein  25.38 
 
 
152 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0806522  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8760  protein of unknown function DUF35  31.58 
 
 
140 aa  58.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.108371 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0905  hypothetical protein  29.31 
 
 
135 aa  58.5  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00718711  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4072  hypothetical protein  30.08 
 
 
142 aa  58.2  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0528  hypothetical protein  32.69 
 
 
129 aa  58.5  0.00000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.825077  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1310  hypothetical protein  31.73 
 
 
151 aa  58.5  0.00000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120998 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0351  hypothetical protein  30.36 
 
 
141 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000546433  hitchhiker  0.00000644081 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0149  hypothetical protein  32.2 
 
 
129 aa  57.4  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1073  hypothetical protein  29.81 
 
 
128 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0397  hypothetical protein  32.35 
 
 
177 aa  57.4  0.00000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1438  3-hydroxybutyryl-CoA epimerase  28.97 
 
 
576 aa  57.4  0.00000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.410853  normal  0.0151032 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0836  hypothetical protein  30.69 
 
 
189 aa  57.4  0.00000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0340  protein of unknown function DUF35  29.57 
 
 
134 aa  57  0.00000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.0000262786  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>